PCR l PCR sonuçlarının iyi çıkması için optimizasyonu gerekir http: //academic. brooklyn. cuny. edu/biology/bio 4 fv/page/genetic-engin/pcr. html
Örnekler l PCR sorun giderme yolları… t primer spesifikliğini arttırmak t PCR ürün kalitesini arttırmak t PCR ürününü arttırmak
l PCR sorun gidermenin kullanılmayacağı yerler… t DNA ekstraksiyonu t recombinant DNA yapmak t DNA kalitesi
PCR başarısını etkileyen Faktörler l DNA extractionu için kullanılan doku tipi l DNA’nın kalite ve kantitesi l Çoğaltılan DNA fragmantının uzunluğu l Primer spesifikliği
PCR Sorun giderme Stratejileri l primer bağlanma sıcaklığını optimize etmek Cycle Temperatures Reasoning 94 o - 55 o - 72 o İyi eşleşme 94 o - 48 o - 68 o zayıf 94 o - 45 o - 65 o “avlama” 94 o - 40 o - 65 o Primer çalışıp çalışmadığını kontrol etmek için?
Sorun giderme l Uzamış annealing zamanı t template DNA’ya tutunması için primerlere daha uzun süre verme t PCR ürün kalitesini arttırma! t Azalan primer specifikliği artan smear bandlara yolaçar
Sorun giderme l Aşamalı olarak annealing ve extension sicaklığını arttırmak yada azaltmak t Taq polymerase optimum extension sicaklığında daha iyi çalışır t Final extension aşaması gerekebilir
Sorun giderme l Diğer parametreler: t Magnesium Chloride (Mg. Cl 2) concentration t DNA template concentration t d. NTP concentration t Primer concentration