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Gen. Bank

Gen. Bank ¿Qué es Genbank? Gen. Bank es la base de datos de secuencias genéticas del NIH. Contiene todas las secuencias de ADN de acceso público y, además, incluye anotaciones. Las secuencias están distribuídas en 3 BD: Nucleotide, EST y GSS http: //www. ncbi. nlm. nih. gov/genbank/

Gen. Bank NAR (Database Issue)

Gen. Bank International Nucleotide Sequence Database Collaboration

Gen. Bank Cada dos meses sale una nueva versión de Gen. Bank. La versión 206 (15 de Febrero de 2015) contiene más de 181 millones de secuencias Más o menos cada 18 meses se duplica el número de secuencias de Gen. Bank Es posible descargar la base de datos completa desde el sitio ftp del NCBI. ftp: //ftp. ncbi. nih. gov/genbank El crecimiento de Gen. Bank

Gen. Bank También crece el número de usuarios de Gen. Bank

Gen. Bank Hay varias formas de enviar secuencias a Gen. Bank ¿Cómo envío una secuencia a Gen. Bank?

Gen. Bank (12) (8) Cada secuencia pertenece a una de las 20 divisiones de Gen. Bank

Gen. Bank Hay varias formas de acceder a las secuencias de nucleótidos almacenadas en Gen Bank: (1) a través de la base de datos Nucleotide, (2) a través de la herramienta BLAST o (3) a través de programas específicos desarrollados por el NCBI. ¿Cómo accedo a una secuencia de Gen. Bank?

Gen. Bank Puedo acceder a las secuencias almacenadas en Gen. Bank a través de la base de datos Nucleotide. http: //www. ncbi. nlm. nih. gov/nucleotide/ Acceso directo: La base de datos Nucleotide

Gen. Bank Puedo acceder a las secuencias almacenadas en Gen. Bank a través de la base de datos EST. http: //www. ncbi. nlm. nih. gov/nucest/ Acceso directo: La base de datos EST

Gen. Bank Puedo acceder a las secuencias almacenadas en Gen. Bank a través de la base de datos GSS. http: //www. ncbi. nlm. nih. gov/nucgss/ Acceso directo: La base de datos GSS

Gen. Bank http: //blast. ncbi. nlm. nih. gov/Blast. cgi Acceso indirecto: desde la herramienta BLAST

Gen. Bank Resultados de una búsqueda en BLAST Pincha aquí para acceder al registro de Gen. Bank correspondiente a una de las secuencias que ha encontrado BLAST Acceso indirecto desde la página de resultados

Gen. Bank Pincha aquí para seleccionar Gen. Bank Pincha aquí para acceder al fichero de Gen. Bank correspondiente al gen que codifica esta proteína Acceso indirecto: desde un registro de la BD Uni. Prot. KB

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Gen. Bank Puedes seleccionar otras bases de datos Introduce aquí el término de la búsqueda Inicia la búsqueda Información sobre el NCBI Documentación sobre el NCBI Otras bases de datos http: //www. ncbi. nlm. nih. gov/nucleotide

Gen. Bank Para buscar secuencias en Gen Bank se puede introducir el nombre de una proteína, de un gen o del autor que envió la secuencia. También se puede introducir directamente el número de acceso. Si se ponen términos compuestos, entre comillas. Cómo hacer una búsqueda sencilla

Gen. Bank Aquí se introduce el término queremos buscar: colicin Inicio la búsqueda NUCLEOTIDE: Búsqueda rápida

Gen. Bank También ha encontrado secuencias EST y GSS 104720 secuencias encontradas Esta búsqueda no ha sido muy productiva Hay que definir mejor los términos de la búsqueda para que me sea útil Resultados de la búsqueda

Gen. Bank Los términos compuestos se ponen entre comillas Inicio de la búsqueda Búsqueda más detallada con un término compuesto

Gen. Bank 73 secuencias encontradas Resultados de la búsqueda clasificados por organismo Selecciona las secuencias de Escherichia coli Puedes filtrar los resultados de la búsqueda Búsqueda más detallada con un término compuesto

Gen. Bank Inicio de la búsqueda Puedo introducir más de un término y usar los operadores lógicos (AND, OR, NOT) Búsqueda con varios términos usando operadores lógicos

Gen. Bank Pincha aquí para cambiar el formato de presentación de los resultados de la búsqueda Pincha aquí para acceder a la secuencia Selecciona la secuencia que quieres ver

Gen. Bank Se puede cambiar el formato de presentación de los resultados

Gen. Bank Enlaces a otras bases de datos Registro de Gen. Bank seleccionado

Gen. Bank Búsqueda avanzada

Gen. Bank Introduce un operador lógico Introduce aquí los términos de la búsqueda Añade otro término de búsqueda Términos de búsqueda avanzada

Gen. Bank Los registros almacenados en la base de datos Gen. Bank constan de varios apartados: 1. - Encabezamiento: información general sobre el registro (identificadores, número de acceso, descripción del gen y del organismo de donde procede) 2. - Referencias bibliográficas 3. - Tabla de características (Features table) 4. - Secuencia de nucleótidos (en código de una letra) Contenido de un registro de Gen. Bank

Gen. Bank Encabezamiento Referencias bibliográficas La última referencia (en este caso es la 2) incluye detalles sobre quién ha enviado la secuencia a la base de datos Encabezamiento y referencias bibliográficas

Gen. Bank Tipos de característica Se detalla la ubicación exacta (location) de cada tipo de característica y se añaden uno o más calificadores (qualifiers). También hay enlaces a otras BD. Tabla que reúne las características de la secuencia Tabla de características (Features table)

Gen. Bank Secuencia de nucleótidos. Cada línea contiene 60 nucleótidos agrupados en 6 bloques de 10. El tipo de letra es “Courier” para que cada línea ocupe siempre la misma anchura. Símbolo que indica que se ha llegado al final del registro La secuencia de nucleótidos

Gen. Bank Pincha aquí para ver la secuencia mediante un gráfico interactivo Pincha aquí para obtener la secuencia en formato FASTA El formato FASTA es aceptado por la mayoría de los programas de análisis de secuencias Otras formas de ver la secuencia

Gen. Bank Línea de definición: En la primera línea se incluye una escueta definición de la secuencia. Siempre empieza por el símbolo > Secuencia ininterrumpida de nucleótidos (70 por cada línea) Es posible que te interese guardar esta secuencia en tu ordenador. Puedes hacer corta y pega y guardarla en un fichero Word. La secuencia de nucleótidos en formato FASTA

Gen. Bank Región vista en pantalla Zoom Hebra directa 5’ 3’ (forward) Hebra complementaria (complement) Hebra directa (5’ 3’) y proteína que codifica. La hebra complementaria también puede codificar proteínas. Gráfico interactivo de la secuencia

Gen. Bank Forward: Cualquier secuencia escrita en sentido (5’ 3’) 5’-gaggagaagtctgccgttactgccctgtgg-3’ Reverse: la secuencia anterior escrita en sentido (3’ 5’) 3’-ggtgtcccgtcattgccgtctgaagaggag-5’ Complement: la secuencia complementaria escrita en sentido (3’ 5’) 5’-gaggagaagtctgccgttactgccctgtgg-3’ 3’-ctcctcttcagacggcaatgacgggacacc-5’ Reverse-complement: la secuencia complementaria escrita en sentido (5’ 3’) 5’-gaggagaagtctgccgttactgccctgtgg-3’ 5’-ccacagggcagtaacggcagacttctcctc-3’ Forward, reverse, complement and reverse-complement

Gen. Bank La hebra que sirve de molde para la transcripción es la hebra antisentido. También se llama hebra no codificante, hebra (-) o hebra de Watson. La hebra complementaria, que no sirve de molde para la transcripción, es la hebra con sentido. Su secuencia es igual a la del transcrito RNA (cambiando U por T). También se llama hebra codificante, hebra (+) o hebra de Crick. ¿Qué sentido tiene todo esto?

Gen. Bank Pinchando en cada característica (feature), la puedes ver con todo detalle Se puede ver cada característica por separado

Gen. Bank Se resalta la región de la secuencia de nucleótidos que corresponde a la CDS (empieza por ATG y termina en TAA) Pincha aquí para obtener la región seleccionada en formato FASTA Enlaces a otras BD que ofrecen información relacionada Pincha aquí para seleccionar otra característica Pincha aquí para ver los detalles relacionados con la característica seleccionada Pincha aquí para obtener la región seleccionada en el formato de Gen. Bank Vista detallada de una característica (CDS)

Gen. Bank Cómo guardar una copia del registro en tu ordenador

Gen. Bank Pincha aquí para hacerte con una copia del registro Seleccionar la parte del registro que te interesa Pincha aquí para crear un fichero con tu selección Pincha aquí para seleccionar el formato en que quieres almacenar el registro Cómo guardar una copia del registro en tu ordenador

Gen. Bank Capítulo 2: How most people use Bioinformatics Capítulo 3: Using nucleotide sequences databases Bibliografía