FEG FEG 1PM 3 QMSerAlaMM 100 stepsMDFEG Sample

FEG最適化の利用 FEGのテスト計算 1　(PM 3) QM領域は、Serのみで、AlaはMM領域 100 stepsのMDによるFEG(水分子なし) Sample NEBルーチンには、IMIN=1, INEB=1でないと入らない。 INEB=0がdefault &cntrl NTORP=2, NCHAIN=2,

ステップ数と収束状況の確認 100 steps/MM 1000 steps/MM

非結合性の相互作用を含め、かつQM領域の計算にはGaussian 03を用いて確認 FEGのテスト計算 2　(RHF/STO-3 G) QM領域は、Serのみで、Ala+52 waterはMM領域 100 stepsのMDによるFEG Sample 2 &cntrl gaussianのヘッダー

GLY+478 water moleculesでのFEG最適化計算 glycine (RHF/STO-3 G) HCAII &cntrl NTORP=2, NCHAIN=2, MTSTAT(1)=3, MTSTAT(2)=3, NHCPAR=0, NTT=5,

nebの初期ビーズと環境生成　(imin=1, ineb=2, nbeads=4, maxcyc=20) 1 2 3 4

トリプシン-BPTIアシル化反応への適用 Ala 238 ES構造のFEG計算 omega 002: 100 stepsによる100 cycle計算 RHF/STO-3 G 3429 (Ala. I

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FEG最適化の利用 FEGのテスト計算 1　(PM 3) QM領域は、Serのみで、AlaはMM領域 100 stepsのMDによるFEG(水分子なし) Sample NEBルーチンには、IMIN=1, INEB=1でないと入らない。 INEB=0がdefault &cntrl NTORP=2, NCHAIN=2, MTSTAT(1)=3, MTSTAT(2)=3, NHCPAR=0, NTT=5, NTF=1, CUT=8. 0, SCEE=1. 2, IMIN=1, NTMIN=4, NSTLIM=100, NRUN=1, NSNB=10, INIT=3, DT=0. 001, MAXCYC=100, NTB=0, NTF=1, NTC=1, NTX=1, INIT=3, TEMPI=300. 0, TIMLIM=99999. , NTPR=1, NTWX=1, NTWV=000, NTWE=1, NTWXM=0, NTWVM=0, NTWEM=0, IBELLY=0, IFQT=1, NQT=13, MODCHG=1, KMAX=0, INEB=1, nbeads=1, &end 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 0. 0000 nbeads=1もしくは、2の場合、FEG計算を実行する。 nbeads=3以上で、2個の構造を結ぶNEB計算を実行できる。 IMIN=0: standard MD IMIN=1, INEB=0: standard optimization IMIN=1, INEB=1, nbeads=1: FEG optimization IMIN=1, INEB=1, nbeads>=3: FEG-NEB optimization INEB=2, 3: 全ページ参照 NSTLIM回のMD平均力を用いたMAXCYC回の最適化を実行する。最適化が、MAXCYCステップに到達するか、もしくは構造が収束した場合に、実行が終了する。 keywordファイル GEO-OK GRAD ANALYT PRECISE PM 3 CHARGE=1 MMOK

ステップ数と収束状況の確認 100 steps/MM 1000 steps/MM

非結合性の相互作用を含め、かつQM領域の計算にはGaussian 03を用いて確認 FEGのテスト計算 2　(RHF/STO-3 G) QM領域は、Serのみで、Ala+52 waterはMM領域 100 stepsのMDによるFEG Sample 2 &cntrl gaussianのヘッダー NTORP=2, NCHAIN=2, MTSTAT(1)=3, MTSTAT(2)=3, %nosave NHCPAR=0, NTT=5, NTF=1, CUT=8. 0, SCEE=1. 2, IMIN=1, NTMIN=4, NSTLIM=100, NRUN=1, NSNB=10, INIT=3, %nproc=2 DT=0. 001, MAXCYC=100, NTB=1, %rwf=elec. rwf NTF=1, NTC=1, NTX=1, INIT=3, TEMPI=10. 0, %mem=200 MB TIMLIM=99999. , NTPR=1, NTWX=1, NTWV=000, NTWE=1, NTWXM=0, NTWVM=0, NTWEM=0, IBELLY=0, IFQT=1, NQT=13, MODCHG=1, #p rhf/sto-3 g charge density=current nosymm prop=(read, field) force iop(6/13=1) KMAX=0, INEB=1, nbeads=1, &end 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 QM/MM 0. 0000 11

GLY+478 water moleculesでのFEG最適化計算 glycine (RHF/STO-3 G) HCAII &cntrl NTORP=2, NCHAIN=2, MTSTAT(1)=3, MTSTAT(2)=3, NHCPAR=0, NTT=5, NTF=1, CUT=8. 0, SCEE=1. 2, IMIN=1, NTMIN=4, NSTLIM=100, NRUN=1, NSNB=10, INIT=3, DT=0. 001, MAXCYC=50, NTB=1, NTF=1, NTC=1, NTX=1, INIT=3, TEMPI=10. 0, TIMLIM=99999. , NTPR=1, NTWX=1, NTWV=000, NTWE=1, NTWXM=0, NTWVM=0, NTWEM=0, IBELLY=0, IFQT=1, NQT=10, MODCHG=0, KMAX=0, INEB=1, nbeads=1, &end 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

nebの初期ビーズと環境生成　(imin=1, ineb=2, nbeads=4, maxcyc=20) 1 2 3 4

トリプシン-BPTIアシル化反応への適用 Ala 238 ES構造のFEG計算 omega 002: 100 stepsによる100 cycle計算 RHF/STO-3 G 3429 (Ala. I 16) substrate 3427 Lys 237 (Lys. I 15) Ser 177 (Ser 195) His 40 (His 57) 4原子の変位を反応座標に選ぶ Asp 84 (Asp 102) 3427(Lys 237(C)), 3429(Ala 238(N)), 2541(Ser 177(OG)), 2535(Ser 177(HG)) catalytic triad 2541 2542