FAQ Foire aux questions JeanFranois Dufayard Marilyne Summo

FAQ Foire aux questions Jean-François Dufayard, Marilyne Summo, Felix Homa

Ajout de fichier

Détection automatique de format de fichier • Problème • Vous avez ajouté un fichier dont le format n’a pas été reconnu (roadmaps) • Solution • (1) Cliquez sur le stylo et (2) changer le format (change data type new type) 1 2

Liens cassés • Problème • Un de mes fichiers Galaxy dont l’accès m’a été donné à partir des Librairies partagées n’est plus accessible (bug à une exécution) • Explication • Le fichier correspond à un lien symbolique qui a été rompu • Solution • Remettre le fichier déplacé ou supprimé à son emplacement d’origine • Supprimer et recréer un nouveau lien symbolique valide

Taille limite de fichier • Chaque processus est limité à 6 Go de RAM => Limite de taille implicite pour les fichiers en entrées • Pas de limite pour le stockage (pour l’instant) – Supprimez les historiques dont vous n’avez plus besoin

Historiques

Nommage des historiques • Donner des noms explicites • Plusieurs historiques peuvent avoir le même nom

Fichiers cachés • Les fichiers cachés apparaissent § Lors de la suppression d’un fichier § Après l’exécution d’un workflow

Suppression de l’historique courant • Delete • Suppression réversible. • Delete permanently • Suppression définitive

Suppression des historiques

Affichez les historiques supprimés

Copier les données de l’historique vers le server • Veuillez contacter le service bioinformatique

Workflows

Fichier de sortie Si rien n’est coché tout est coché

Briques manquantes • Ne pas essayer de modifier le workflow • Contacter la plateforme bioinformatique

QCM pour un champion

Je dispose de données NGS sur mon pc que j’aimerais analyser via galaxy, que faire ? q. Je commence par charger les fichiers dans un nouvel historique q. J’attends quelqu’un me contacte q. Je ü Je contacte l’équipe ID ID

J’ai un workflow tellement génial que… q. Je le partage immédiatement avec tout le monde q üJe le garde que pour moi q. Je ü Je le le partage uniquement avec mes amis/collègues

J’ai besoin d’un outils qui n’est pas sur galaxy q. Tant pis, Je cherche un autre galaxy q. Je brule un cierge et j’attends q ü Je me renseigne auprès de mes collègues et en cas de besoin, je contacte l’équipe Bioinformatique

J’utilise un outil que je ne connais pas du tout… q. Pas grave, je laisse les valeurs par défauts üq. Je lis la documentation associée q. Je ü Je me me renseigne auprès de de mes collègues q. Allo ü Allo les bioinfos…

J’ai plusieurs historiques de plus de 20 Go q. Classe, c’est la preuve que je m’investis beaucoup dans mon travail q. Je suis courtois, je supprime pour faire de la place aux autres q. Je demande à archiver les fichiers essentiels avant de ü supprimer