ETLorientierter Samply MDR Einsatz am DKFZ MDR Symposium

ETL-orientierter Samply. MDR Einsatz am DKFZ MDR Symposium, 30. 09. 2020 Rumyana Proynova DKFZ – Abt. Ückert, Medizinische Informatik in der translationalen Onkologie (MITRO) r. proynova@dkfz. de

Author: Rumyana Proynova Division: MITRO @ DKFZ 30. 09. 2020 Dateintegration • Partner • 5+7 • Mehrere Quellsysteme • 211 GB Daten • ETL mit Samply. MDR 2/20/2021 | Page 2 r. proynova@dkfz. de Datenanalyse • Unterschiedliche Ausprägungen • Tableau • R-Shiny apps • Kundengeschriebene Skripte

Author: Rumyana Proynova Division: MITRO 30. 09. 2020 Aus dem Data Warehouse Aus dem MDR 2/20/2021 | Page 3 r. proynova@dkfz. de

Author: Rumyana Proynova Division: MITRO Neuentwicklung MDR M 5 30. 09. 2020 Jul 2020 Jetzt Start M 5 • Backend Grüne. Wiese. Entwicklung • Frontend • API v 4 • API v 5 • Migration 2/20/2021 | Page 4 r. proynova@dkfz. de Ende 2020 2021 - Umstellung MITRO ETL auf M 5 Weiterentwicklung

Author: Rumyana Proynova Division: MITRO 30. 09. 2020 URIs, Gruppen, Versionierung mitromdr/ haematologie/ v 2. 1/patient/geburtsdatum MDR Instanz Data dictionary Tabelle Datenelement Version DD Samply. MDR M 5 Identifier URNs URIs urn: mdr 10: dataelement: (siehe oben) 3907 Gruppen Beliebig verschachtelbar Versionierung Alles außer Namespace Nur Data Dictionary versioniert 2/20/2021 | Page 5 r. proynova@dkfz. de Data dictionary → Tabelle → Datenelement → ? Ausprägung

Author: Rumyana Proynova Division: MITRO Semantic Web statt ISO 11179 30. 09. 2020 Elementbenennung Slots Samply. MDR: Designation + Definition Samply. MDR: Schlüssel-Wert-Paare MDR M 5 – SKOS kompatibel MDR M 5: RDF Triple 2/20/2021 | Page 6 r. proynova@dkfz. de

Author: Rumyana Proynova Division: MITRO 30. 09. 2020 2/20/2021 | Page 7 r. proynova@dkfz. de

Author: Rumyana Proynova Division: MITRO 30. 09. 2020 Mapping – neu in M 5 • Aktuell • Regeln werden gespeichert als Freitext • Mapping auf Elementebene • Zukünftig • Regeln als Java. Script, und der ETL-Prozess kann sie ausführen • Mapping für einzelne Katalogcodes 2/20/2021 | Page 8 r. proynova@dkfz. de

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Author: Rumyana Proynova Division: MITRO 30. 09. 2020 Ausblick • MDR M 5 bildet den benötigten Umfang vom Samply. MDR ab • MDR M 5 übernimmt die Schlüsselrolle im MITRO ETL • Erweiterung in Richtung Semantic Web • Verstärkte Zusammenarbeit mit Stakeholdern • Ausweitung auf weitere Use Cases 2/20/2021 | Page 10 r. proynova@dkfz. de

Author: Rumyana Proynova Division: MITRO Danke schön! 30. 09. 2020 IMBEI in Mainz: M 5 Team am DKFZ: Ursprüngliche Entwicklung Samply. MDR Wartung von Samply. MDR Neuentwicklung M 5 MIG in Frankfurt: Med. Informatik am FAU, GBA Team (verteilt): Weiterentwicklung der Samply. MDR 2/20/2021 | Page 11 r. proynova@dkfz. de Erfolgreiche Einführung der Samply. MDR In mehreren Projekten

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Technologie: Samply Author: Rumyana Proynova Division: MITRO M 5 30. 09. 2020 Interface: REST Auch schreibend Import/Export: XML JSON Datenbank: Postgre. SQL Backend: Java Neo 4 j 2/20/2021 | Page 13 r. proynova@dkfz. de Frontend: Java server faces Später auch RDF/OWL

Author: Rumyana Proynova Division: MITRO ESR-DTH Today 30. 09. 2020 2/20/2021 | Page 14 r. proynova@dkfz. de

Author: Rumyana Proynova Division: MITRO 30. 09. 2020 2/20/2021 | Page 15 r. proynova@dkfz. de

Author: Rumyana Proynova Division: MITRO 30. 09. 2020 2/20/2021 | Page 16 r. proynova@dkfz. de

Author: Rumyana Proynova Division: MITRO Example 2 30. 09. 2020 Todesdatum, anonymisiert auf Jahr Nur befüllt für Patienten, die ein Todesdatum haben 2/20/2021 | Page 17 r. proynova@dkfz. de

Author: Rumyana Proynova Division: MITRO Nutzerprofile ESR-DTH 30. 09. 2020 Customers MITRO champion key user analyst sporadic user documentary developer Nutzt MDR Hat auch Bedarf an Metadaten 2/20/2021 | Page 18 r. proynova@dkfz. de