Drosophila Solexa data analysis Ahsan 325 Promoter Promoter

Drosophila Solexa data analysis Ahsan 3/25

Promoter 領域の解析（１） 従来の定義と問題 • Promoter 領域の定義？ – 普通、転写開始点を挟んで(-100 bp, +100 bp)の間の領 域をpromoter 領域として定義する(ref 1, ref 2)。 • Promoter module を調べる？ – Promoter 領域のmotif 配列を調べて, 張り付く転写因 子からpromoter moduleを考える。 今回はTIS(翻訳開始点)から上流のゲノム領域内にあるタグをその遺 伝子の発現量として考えている。 よって、各タグの先頭を転写開始点（TSS)としててしまうと解析は難しく なる。 Ref 1: Smale ST: Core promoters: active contributors to combinatorial gene expression. Genes Dev 2001, 15: 2503 -2508 Ref 2: Butler JEF, Kadonaga JT: The RNA polymerase II core promoter: a key component in the regulation of gene expression. Genes Dev 2002, 16: 2583 -2592

解析結果 • 解析その１： – TATA box, Initiator, downstream promoter elements (DSP)が張り付く領域をしらべた。 • TATA( 5’-TATAAA-3’) • DSP motif(30 bp downstream from TSS : G-A/T-C-G ) • Initiator motif (YYAN(T/A)YY ) Y: C/T – 他のelements も見る必要がる。