DNS TEKSTI UN VIRSTEKSTI KDA NOZME IR INFORMCIJAS
- Slides: 53
DNS TEKSTI UN VIRSTEKSTI KĀDA NOZĪME IR INFORMĀCIJAS FORMAI ? Indriķis Muižnieks, 2012. g. 14. decembris
NUKLEĪNSKĀBES 1869. g. Frīdrihs Mišers (Mischer) leikocītu kodolos atklāj nukleīnu
DNS struktūras un replikācijas principu atšifrēšana Rozalinda Franklina Moriss Vilkins DNS kristālu iegūšana, rentgenstaru kristalogrāfija
DNS struktūras un replikācijas principu atšifrēšana DNS veido vairāki pavedieni, tā ir spirāliska molekula
DNS struktūras un replikācijas principu atšifrēšana Džeimss Vatsons Frensis Kriks
DNS struktūras un replikācijas principu atšifrēšana Vatsona & Krika DNS struktūras modelis : dubultspirāle 3’ 5’ 21 Å 3’ 5’ Bāzu Nukleotīdu Spirāles solis (helical turn) pāris = pāris 10, 5 b. p, 34 angstrēmi (Å)
Zelta griezums DNS struktūrā http: //goldennumber. net/dna. htm
DNS MOLEKULA skats no gala
DNS VEIDO GENOMA TEKSTU. TĀ APJOMS:
No kā sastāv cilvēka genoma teksts ?
Gēni – vārdi genoma tekstā
Cilvēka genoms – 3, 1 miljardi nukleotīdu pāru; 3, 2 pikogrami un 2 metri DNS; 750 MB informācijas
Genoma nolasīšanas metodes
Genoma nolasīšanas metodes
Genoma nolasīšanas metodes
PERSONISKIE GENOMA PROJEKTI Samuel Levy, et al. (Craig Venter) The Diploid Genome Sequence of an Individual Human PLo. S BIOLOGY October 2007 | Volume 5 | Issue 2113 10 | e 254 David A. Wheeler, et al. (James Watson) The complete genome of an individual by massively parallel DNA sequencing Nature 452, 872 -876 (17 April 2008) Jeffrey M. Kidd, et al. Mapping and sequencing of structural variation from eight human genomes Nature 453, 56 -64 (1 May 2008) October 31, 2012 An integrated map of genetic variation from 1092 human genomes An Integrated map of genetic variation from 1092 human genomes is now available from Nature and can be downloaded directly from the ftp site.
JONU PUSVADĪTĀJU SEKVENĒŠANA –ION TORRENT TECHNOLOGIES
January 10, 2012 Life Technologies Benchtop Ion Proton Sequencer will sequence human genomes in one day for less than $1000 by yearend and Illumina will have a competing sub-$1000 per human genome sequencer by yearend The Ion Proton™ Sequencer is ideal for sequencing both exomes — regions in the DNA that code for protein — and human genomes. The Ion Proton™ I Chip, ideal for sequencing exomes, will be available mid-2012. The Ion Proton™ II Chip, ideal for sequencing whole human genomes, will be available about six months later. In addition, the Ion Proton™ One. Touch™ system automates template prep and a stand-alone Ion Proton™ Torrent Server performs the primary and secondary data analysis.
Nanopore DNA sequencing technique promises entire genome in minutes or your money back
Knome Software Makes Sense of the Genome The startup’s software takes raw genome data and creates a usable report for doctors. June 12, 2012 Advances in DNA sequencing technology have sharply reduced the amount of time and money required to identify all three billion base pairs of DNA in a person’s genome. But the use of genomic information for medical decisions is still limited because the process creates such large volumes of data. Less than five years ago, Knome, based in Cambridge, Massachusetts, made headlines by offering what seemed then like a low price— $350, 000—for a genome sequencing and profiling package. The same service now costs just a few thousand dollars.
DZĪVĪBAS TĒVAREIZE TRANSKRIPCIJA DNS REPLIKĀCIJA RNS TRANSLĀCIJA Proteīns
GĒNU INŽENIERIJA
GĒNU INŽENIERIJA: KONSTRUĒŠANA 2 D GĒNS –VĀRDS DNAS TEKSTĀ- NUKLEOTĪDU SECĪBA, KAS KODĒ PROTEĪNA STRUKTŪRU O P KODĒJOŠĀ DAĻA T GĒNA DARBĪBU REGULĒ: P - promoters, nukleīnskābes rajons, kurā sākas gēna informācijas pārrakstīšana par m. RNS O - operators, nukleīnskābes rajons, kas regulē promotera aktivitāti T - terminators, nukleīnskābes rajons, kurā tiek pārtraukta gēna transkripcija
GĒNU INŽENIERIJA: KONSTRUĒŠANA 2 D
ĢENĒTISKĀ INFORMĀCIJA DARBOJAS 3 D TELPĀ DNS SPIRĀLES UN SUPERSPIRĀLES: Savītā (plektonomiskā) superspiralizācija Apvītā (toroīdā) superspiralizācija
PLAZMĪDU TOPOLOĢIJA Izmaiņas plazmīdu DNS topoloģijā rada enzīmi – topoizomerāzes, topoloģijas izmaiņas var radīt arī lokālu DNS denaturēšanos
SUPERSPIRALIZĀCIJU raksturo saistības skaitlis (linking number: Lk = Tw + Wr) un superspiralizācijas blīvums (supercoling density : = Lk / Lk 0 )
Superspiralizācija šūnā tiek regulēta
Interkalējošie savienojumi ietekmē superspiralizāciju. Et. Br molekulas iespiešanās starp DNS bāzu pāru plaknēm samazina rotācijas leņķi starp tām par ~ 26 o
Interkalējoši savienojumi vispirms atritina negatīvi superspiralizētu DNS, pēc tam ievieš pozitīvus superspirāles vijumus Pozitīvas supersiralizācijas gadījumā DNS attālums strap DNS bāzu pāru plaknēm samazinās
Superspiralizācijas blīvumu var novērtēt elektroforēzē interkalējošo savienojumu klātbūtnē
DNS/DNS hibridizācijas (Southern blot) izmantošana DNS superspiralizācijas pētīšanai DNS izdalīta no atsevišķām kolonijām
DNS/DNS hibridizācijas (Southern blot) izmantošana DNS superspiralizācijas pētīšanai Ar Eth. Br krāsots gēls 2 D gēls (dažādas Ch. Q konc. ) Tā paša gēla Sb ar ori rajona zondi
DNS konformācija: A; B; Z formas
DNS elementu ģeometrija vērpe = twist W sagāzums = roll t savērsums = tilt P Secīgo bāzu pāru mijiedarbības enerģija – stacking energy Persistences garums – polimera elastīguma mērs: attālums, ārpus kura robežām nav iespējams prognozēt polimēra ass orientācijas izmaiņas. DNS persistences garums ~ 50 nm jeb ~ 150 b. p.
Leishmania un citas tripanosomas satur vienu mitohondriju, kurā atrodams liels daudzums mitohondriālās jeb t. s. kinetoplasta DNS. http: //dna. kdna. ucla. edu/parasite_course-old/kdna/subchapters/kdna 1. htm
SEKVENCES ATKARĪGA DNS STRUKTŪRAS LIEKŠANA Liekti DNS fragmenti PAAG elektroforēzē kustas lēnāk nekā tikpat gari taisni fragmenti
SEKVENCES ATKARĪGA DNS STRUKTŪRAS LIEKŠANA Liekto DNS segmentu kartēšana
SEKVENCES ATKARĪGA DNS STRUKTŪRAS LIEKŠANA Liekto DNS segmentu modelēšana
SEKVENCES ATKARĪGA DNS STRUKTŪRAS LIEKŠANA Liekto DNS segmentu modelēšana
SEKVENCES ATKARĪGA DNS STRUKTŪRAS LIEKŠANA Liekto DNS segmentu kartēšana Curved regions in p. BR 322, as determined by electron microscopy; Muzard G. et al. EMBO J. , 9, 1289, 1990 Salīdzinošā p. BR 322 DNS liekšanas intensitāte; O/bp. Twister 2. 0 datormodelis
Replikācijas stabilitāte un superspiralizācija
Replikācijas stabilitāte un superspiralizācija Plazmīdas saglabāšanai būtiski svarīgi ir panākt efektīvu replikāciju augšanas cikla sākuma posmā
p. RU 984 sastāvā klonētu sintētisku oligonukleotīdu sekvenču ģeometrija 5’- TATGAAAAGCTTTTAAAAGCTTTTAG-3’ 5’- TATGTTTTGCAAAATTTTGCAAAAAG- 3’
Samazināts superspiralizācijas blīvums sekmē replikāciju
PLAZMĪDU GĒNU DARBĪBA
Samazināts suprspiralizācijas blīvums sekmē ekspresiju
PLAZMĪDU IEKŠMOLEKULĀRĀ REKOMBINĀCIJA ori
Plazmīdu satsāvā esošie tiešie sekvences atkārtojumi (direct repeats, DR) bieži rekombinē
Samazināts suprspiralizācijas blīvums sekmē rekombināciju CCC formas Lineārās plazmīdas Eth. Br pēc elektroforēzes Eth. Br gelā
KOPSAVILKUMS Ar saliektu DNS segmentu palīdzību ir iespējams veidot DNS superspiralizācijas īpašības. Superspiralizācijas blīvuma samazināšana sekmē: replikāciju; ekspresiju; rekombināciju. DNS INFORMĀCIJĀ FORMAI IR IZŠĶIROŠA NOZĪME RELAKSĒSIMIES !
- Bep geliştirme birimi görevleri
- Kısa ve uzun dönemli amaç örnekleri
- Kısa dönemli amaç nasıl yazılır
- Kda skjema
- Uda, kda örnekleri
- Audiovisuaalisen tekstin analyysi
- Ohjaileva teksti
- Abstrakti teksti
- Argumentaatioanalyysi
- Merja torvinen
- Sidossanat
- Tutkimusongelma esimerkki
- Fraaseja englannin aineeseen
- Metateksti
- Teknikat e tekstit argumentues
- Satu tekstilajina
- Etisalat dns
- Features of dns
- Dns kettős spirál
- Dns server
- Dns
- Dns performance testing
- Qqdnsserver
- Dns security extension
- Ix dns
- Wha is dns
- Ee dns
- Dns sever
- Iodine dns tunnel tutorial
- Comprobando dns
- Zeek dns log
- Dns transport layer protocol
- Gēnu inženierija
- Dns session
- Response policy zone
- Pfsense dhcp relay
- Dns vulnerabilities
- Bind glue record
- Hinet dns 反解
- Fortiguard ddns
- Importance of dns
- Rpz timeline
- Cirkuláris dns
- Secastro
- Le dns
- Iterative query vs recursive query
- Mts biznis standard 1
- Dns server korea
- Dns computer center
- Egypt dns
- Wwwusacom
- Dns chip
- Dns 53 udp
- Solaris dns