DNA Mikroarrayler SNP analizleri Prof Dr Hill zda

DNA Mikroarrayler: SNP analizleri Prof. Dr. Hilâl Özdağ

DNA Mikrodizin Genomik Dizi 5´ SNP T/G 3´ SNP prob = 25 baz Perfect Match Mismatch Allel ‘A’ Perfect Match Mismatch Allel ‘B’

DNA Mikrodizin SNP C/A TAGCCATCGGTA N GTA C TCAATGATCAGCT ATCGGTAGCCAT G AGTTACTA ATCGGTAGCCAT C CAT G AGTTACTA PM Allel MM Allel A A ATCGGTAGCCAT T CAT G AGTTACTA ATCGGTAGCCAT A CAT G AGTTACTA PM Allel MM Allel B B

DNA Mikrodizin -4 -2 PM A -1 0 1 3 4 • • 7 Prob Çift Seti (Kuartet) SNP başına 56 olasılık Oryantasyon başına 28 Dağıtılmış yerleşim MMA Düz zincir PM B MMB PM A MMA PM B MMB 5’ 3’ 3’ 5’ Ters zincir

DNA Mikrodizin 1 2 3 4 5 6 7 PMA PMA MMA MMA PMB PMB MMB MMB • 14 kuartet değerlendirilip en iyi 10 tanesi herbir TNP’yi temsil etmek üzere seçilir. • Seçilen bu 10 kuartet herbir TNP’nin varlığını hem düz hem de ters zincirde inceler. • Tek bir TNP’yi sorgulamak üzere toplam 40 prob kullanılmaktadır.

Tek Primer Amplifikasyonu ile Karmaşıklığın Ortadan Kaldırılması

DNA Mikrodizin 250 ng Genomik DNA Xba Xba RE muamelesi Tek primer ile amplifikasyon Adaptörün bağlanması 4 PCR Reaksiyonu Fragmentasyon ve işaretleme Hibridizasyon Ve Tarama

DNA Mikrodizin Mikrosatellit 10 K # Marker 400 10, 000 Çözünürlülük 10 c. M (10 MB) 1 c. M (1 MB) * # PCR Reak/örnek # PCR Primer/örnek 200 (2 x multipleks) 800 Süre (400 örnek) > 8 hafta 4 -6 hafta Belirteç başına DNA Deney başına DNA 40 ng 16, 000 ng . 025 ng 250 ng 4 1

DNA Mikrodizin Farklılıklar 100 k 10 K Dizin sayısı 2 1 Enzim sayısı 2: Xba 1 ve Hind. III 1: Xba 250 ng X 2 enzim = 500 ng 250 ng PCR Amplifikasyon Boyutu 250 -2000 bp 250 -1000 bp Fragmente edilecek miktar 40 ug 20 ug Yüksek çözünülürlüklü tarama Rutin tarama 0. 06 U/u. L 0. 048 U/u. L DM Algoritma ve GTT MPAM ve GDAS 2. 0 Asosiyasyon çalışmaları Bağlantı Başlangıç DNA miktarı Tarama Fragmentasyon reaktifinin konsantrasyonu Algoritma ve yazılım Ana uygulama alanı TNP’ler Perlegen ve Kamu

DNA Mikrodizin

DNA Mikrodizin

DNA Mikrodizin

DNA Mikrodizin <> <>

Resequencing Tiling Strategy

A C Düz zincir G T T C G C A

Custom. Seq™ Resequencing Dizinleri A C G T AGCGT A C G T ACCGT • Çip başına 30 kb çift zincirli DNA dizilimi okunabiliyor. Toplam 60 kb.

Custom. Seq™ Deney Protokolü Kontrol Kalıp/Primerler Genomik DNA Kısa Ölçekli PCR Uzun Ölçekli PCR Miktar tayini-Örneklerin Karıştırılması Fragmentasyon reaktifi Fragment İşaret Hibridizasyon için oligo kontrolleri Hibridizasyon Veri analizi

Deney Akışı İlgilen genlerin belirlenmesi Genomik DNA Karıştırma ve Fragmentasyon DNA fragmentleri PCR Ürünleri İşaretleme Geceboyu hibridizasyon B B Tarama Yıkama İstasyonu: Yıkama/Boyama B B B Sondan işaretli fragmentler

Affymetrix Custom. Seq™ Arrays 2. 5 Days Biological Sample >chr 21: 29595444 -29636248 gtggcatgatcttggctcactgcagttcaagcaattctcctgccttagc cccctgagtagctgggattacaggtgcctgctaccaccctcagctaat tttttgtatttttaatagagacggggtttcaccatgttggccaggctggtc tcgaactcctgacctcgtgattcgtctgcctcggccttccaaagtgctg ggagtacaggcatgagccaccgcacccggcctgtatatcttttttaaa aggaaaagaacatatcccagaagtttccaactgagtttccctctgggt caataccagaattgggggtcttcagctcacccctaaactcatca ttgataagcagaatgaccatggctggtttagaca………. ~30 Kb Probe Array Wash & Stain Scan

DNA Analiz Yazılımı Cihaz Kontrolü. DAT dosyasının oluşturulması GCOS . CEL dosyasının oluşturulması. CHP veri karşılaştırılması Gene. Chip DNA Analysis Software 2. 0 (GDAS)