Dizi Karlatrma Dr Hilal AY Dizi Karlatrma Yeni

Dizi Karşılaştırma Dr. Hilal AY

Dizi Karşılaştırma Yeni dizilerin açımlanması …. Filogenetik analizler Nükleotid ve protein dizilerinin karşılaştırılması Proteinler için model yapılar oluşturulması Ekspresyon çalışmalarının tasarımı

Dizi Karşılaştırma

Dizi Karşılaştırma Homolog • Homoloji, dizilerin müşterek bir evrimsel tarihe ve buna bağlı olarak ortak bir atasal diziye sahip olduğunu göstermektedir Ortolog • Farklı türlerin aynı işlevi gösteren homolog proteinleri (örn. İnsanlarda ve farelerde bir sinyal iletim yolağındaki ilgili kinazlar) ortolog olarak adlandırılmaktadır Paralog • Aynı türde farklı işlevlere sahip olan homolog proteinler (örn. İnsanlarda farklı sinyal üretim yolaklarında görevli iki kinaz) ise paralog olarak nitelendirilmektedir

Dizi Karşılaştırma

Dizi Karşılaştırma Özdeşlik (identity) • Bir dizideki aynı aminoasitlerin veya nükleotidlerin toplam aminoasit veya nükleotid sayısına oranıdır. • Tanımlanmış özel bir modele veya benzerlik matrisine dayanmaz. Benzerlik (similarity) • Benzerliğin belirlenebilmesi için ilk olarak dizilerin yapıtaşlarının birbirine olan benzerlik derecesi tanımlanmalıdır. • Bu, aynı zamanda değişim veya skorlama matrisi olarak bilinen benzerlik matrisleri kullanılarak yapılmaktadır. • Benzerlik matrisleri, zaman içerisinde bir dizinin başka bir diziye dönüşme olasılığını göstermektedir. • Şüphesiz bu durum geçen zamana ve nükleotidlerin mutasyon oranına bağlıdır.

Özdeş diziler

Özdeş diziler

Özdeş diziler

Nükleotid hizalama

Nükleotid hizalama

Bütünsel (global) hizalama – Bölgesel (local) hizalama

Çoklu hizalama (multiple alignment) – nükleotid dizisi

Çoklu hizalama (multiple alignment) – aminoasit dizisi

Protein dizileri

Protein dizileri Kodon: GAT / GAC Kodon: GAA / GAG Triptofan (Trp) [W] Kodon: TGG

Protein dizileri Aminoasit yer değiştirme matrisleri (aminoacid substitution matrices) PAM (position accepted mutation) Block Substitution Matrix

Aminoasit hizalama

Dizi hizalama programları

Dizi hizalama programları

Filogenetik ağaçlar