Diphtheria toxin deconstruction Motivos mdulos simples de combinaciones
Diphtheria toxin deconstruction
Motivos: módulos simples de combinaciones de estructura secundaria ( a veces se asocian a una función) Dominios: agrupación de motivos de plegado característico (pueden o no ser unidades de plegado autónomo; pueden o no estar asociados a una función) Estructura terciaria: combinación de dominios
Tipos de dominios • • alfa beta alfa+beta alfa/beta
Motivo: alfa-loop-alfa
Figure 17: The complexation of calcium in EF hands
Conservation of calcium binding loop in EF-hand motifs
Figure 24: Effects of calcium binding of the structure of the EF -hand domain of spectrin
CRO repressor Motivo: alfa-turn-alfa
trp repressor
Leucine_rich repeat
Dominio manojo de hélices Human growth hormone
Dominio globina
myoglobin Dominio globina
Motivo beta hairpin
3 motivos, un dominio, una proteína streptococcal protein G
HLA DQ, una molécula del MHC
Porine
Porine
Motivo beta-alfa-beta
TIM barrel: closed Rosmann fold
fosforibosil antranilato isomerasa +indol glicerol fosfato sintasa
Flavodoxina: open Rossman fold
SCOP: Structural Classification of Proteins. 1. 67 release 24037 PDB Entries (15 May 2004). 65122 Domains. 1 Literature Reference (excluding nucleic acids and theoretical models) Class Number of folds Number of superfamilies Number of families All alpha proteins 202 342 550 All beta proteins 141 280 529 Alpha and beta proteins (a/b) 130 213 593 Alpha and beta proteins (a+b) 260 386 650 Multi-domain proteins 40 40 55 Membrane and cell surface proteins 42 82 91 Small proteins 72 104 162 Total 887 1447 2630 Familias: homología de secuencia >30% (común origen evolutivo), o menor homología pero similar estructura y función. Superfamilias: baja homología secuencial pero similar estructura (probable común origen evolutivo)
c 3 c 2 c 1 w f y Residue name Atomos: 27 parametros (9 atomos) Ángulos torsionales: 6 parámetros
Distribuición de c 1 en una proteína con 500 residuos
Distribuición de c 2 en una proteína con 500 residuos
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