Diphtheria toxin deconstruction Motivos mdulos simples de combinaciones
Diphtheria toxin deconstruction
Motivos: módulos simples de combinaciones de estructura secundaria ( a veces se asocian a una función) Dominios: agrupación de motivos de plegado característico (pueden o no ser unidades de plegado autónomo; pueden o no estar asociados a una función) Estructura terciaria: combinación de dominios
Tipos de dominios • • alfa beta alfa+beta alfa/beta
Motivo: alfa-loop-alfa
Figure 17: The complexation of calcium in EF hands
Conservation of calcium binding loop in EF-hand motifs
Figure 24: Effects of calcium binding of the structure of the EF -hand domain of spectrin
CRO repressor Motivo: alfa-turn-alfa
trp repressor
Leucin_rich repeat
Dominio manojo de hélices Human growth hormone
Dominio globina
myoglobin Dominio globina
Motivo beta hairpin
streptococcal protein G
HLA DQ, una molécula del MHC
Porine
Porine
Motivo beta-alfa-beta
TIM barrel: closed Rosmann fold
fosforibosil antranilato isomerasa +indol glicerol fosfato sintasa
Flavodoxina: open Rossman fold
SCOP: Structural Classification of Proteins. 1. 67 release 24037 PDB Entries (15 May 2004). 65122 Domains. 1 Literature Reference (excluding nucleic acids and theoretical models ) Number of folds Number of superfamilies Number of families All alpha proteins 202 342 550 All beta proteins 141 280 529 Alpha and beta proteins (a/b) 130 213 593 Alpha and beta proteins (a+b) 260 386 650 Multi-domain proteins 40 40 55 Membrane and cell surface proteins 42 82 91 Small proteins 72 104 162 Total 887 1447 2630 Class
Ermacora Thanks Alberto Podjarny
- Slides: 71