DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE DUNE INFECTION URINAIRE ecbu anne universitaire

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DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE D’UNE INFECTION URINAIRE: -ecbu année universitaire 2015/16. allag h. 1

DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE D’UNE INFECTION URINAIRE: -ecbu année universitaire 2015/16. allag h. 1

I- PHYSIOPATHOLOGIE L’urine est normalement stérile. Seul l’urètre distal est colonisé par une flore

I- PHYSIOPATHOLOGIE L’urine est normalement stérile. Seul l’urètre distal est colonisé par une flore périnéale. 2

PYELONEPHRITE CYSTITE 3

PYELONEPHRITE CYSTITE 3

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A- voies de contamination Trois voies sont possibles: • Voie ascendante ( la +

A- voies de contamination Trois voies sont possibles: • Voie ascendante ( la + fréquent): Contamination du méat urinaire à partir de la flore fécale et périnéale. (beaucoup plus chez la femme en raison de l’urètre court) • Voie hématogène : Suite à une bactériémie. • Voie iatrogène-nosocomiale: Suite à des manœuvres instrumentales (endoscopiques, sondage) ou interventions chirurgicales portant sur les voies urinaires. 5

B- Les facteurs prédisposant ü Présence d’un obstacle sur les voies excrétrices (calcul rénal

B- Les facteurs prédisposant ü Présence d’un obstacle sur les voies excrétrices (calcul rénal ou vésical) ü L’hypertrophie prostatique. ü Une malformation favorisant la stase urinaire (reflux urétral + + +) ü La grossesse. ü Le diabète. ü Le sujet âgé. ü Problèmes neurologiques avec 6 retentissement sur la vessie.

C-INDICE DE FREQUENCE DES GERMES UROPATHOGENES Bactéries E. coli %communautaire %hospitalière 75 – 90

C-INDICE DE FREQUENCE DES GERMES UROPATHOGENES Bactéries E. coli %communautaire %hospitalière 75 – 90 60 – 70 3 -4 9 -10 2 8 -10 Staphylocoque. sp 2 -3 4 -5 Streptocoque/en térocoque Autres bactéries gram négatif Candida albicans 1 2 -4 1. 5 5 -6 Proteus. sp Klebsiella. sp 2 7

BU (Bandelette Urinaire) + ECBU = Examens clés 8

BU (Bandelette Urinaire) + ECBU = Examens clés 8

II- ECBU EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQU E DES URINES 9

II- ECBU EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQU E DES URINES 9

 L’infection du tractus urinaire est l’une des infections les plus fréquentes ECBU une

L’infection du tractus urinaire est l’une des infections les plus fréquentes ECBU une des analyses microbiologiques les plus demandées. 10

A- APPORT DES EXAMENS BACTERIOLOGIQUES DANS LES I. U Les objectifs de l’ECBU sont

A- APPORT DES EXAMENS BACTERIOLOGIQUES DANS LES I. U Les objectifs de l’ECBU sont de: • Mettre en évidence la présence de bactéries dans les urines (bactériurie). • Mettre en évidence et quantifier une leucocyturie et les éléments urinaires anormaux. • Identifier et étudier la sensibilité des bactéries aux antibiotiques. • Contrôler la stérilisation des urines après traitement. • Distinguer une infection récidivante d’une 11 rechute.

B- INDICATIONS DE l’ECBU Ø Symptômes évoquant une infection urinaire : - Brûlures mictionnelles

B- INDICATIONS DE l’ECBU Ø Symptômes évoquant une infection urinaire : - Brûlures mictionnelles • Dysurie - Pollakiurie • Hématurie - Incontinence urinaire • Modification de l’aspect des urines. • Douleurs pelviennes ou lombaires. Ø Fièvre isolée. 12

Ø Devant une chimie des urines positive: Leucocytes, nitrites, sang ou protéines. 13

Ø Devant une chimie des urines positive: Leucocytes, nitrites, sang ou protéines. 13

Ø Systématique chez les sujets à risque: • Femme enceinte - Diabétique • Porteur

Ø Systématique chez les sujets à risque: • Femme enceinte - Diabétique • Porteur de sonde - Sujet alité • Anomalie urologique • En préopératoire en urologie ou gynécologie. Ø Contrôle post thérapeutique. 14

C- EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE DES URINES PROPREMENT DIT 1/- LE PRELEVEMENT : « La qualité

C- EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE DES URINES PROPREMENT DIT 1/- LE PRELEVEMENT : « La qualité du prélèvement conditionne la qualité de l’examen» • Il doit être pratiqué avant toute antibiothérapie ( ou après fenêtre thérapeutique de 24 heures si l’état du malade le permet) 15

1 -Cas général habituel • Après une toilette locale avec du savon ou un

1 -Cas général habituel • Après une toilette locale avec du savon ou un antiseptique type dakin suivi d’un rinçage a l’eau. • Recueillir les premières urines du matin après élimination du premier jet ( 20 ml) • ou à défaut les urines de la journée 3 à 4 heures au moins après la dernière miction. 16

2 -Situations particulières • Chez la femme : éviter la contamination des urines par

2 -Situations particulières • Chez la femme : éviter la contamination des urines par les leucocytes et les bactéries de la flore vaginale. • Chez l’homme : Sondage proscrit car risque d’infection urinaire chronique. 17

 • Chez le nourrisson : On utilise un sac collecteur après nettoyage de

• Chez le nourrisson : On utilise un sac collecteur après nettoyage de la région périnéale, ce dernier ne doit pas être laisser en place plus de 30 mn. (Le renouveler si pas de miction en ce temps la) 18

 • Chez le sujet sonde : Ne pas prélever à partir du sac

• Chez le sujet sonde : Ne pas prélever à partir du sac collecteur mais clamper la sonde en aval pendant 10 mn désinfecter la sonde a l’alcool iode et ponctionner à l’aide d’une seringue puis transvaser dans un tube stérile. 19

 • Chez le sujet incontinent ou handicapé : Homme par collecteur pénien. Femme

• Chez le sujet incontinent ou handicapé : Homme par collecteur pénien. Femme par sondage urinaire. 20

 • Ponction sus pubienne : (Geste spécialisé) ü Ne doit être réalisé que

• Ponction sus pubienne : (Geste spécialisé) ü Ne doit être réalisé que si la voie normale est impossible. ü Réalisée sur vessie plaine après désinfection soigneuse (le germe isolé est identifié quelle que soit la numération) 21

 • Recherche de mycobactéries: ü Examen de seconde intention. ü Effectué sur la

• Recherche de mycobactéries: ü Examen de seconde intention. ü Effectué sur la totalité de la première miction du matin après restriction hydrique. ü Doit être répétée à plusieurs reprises car l’élimination des mycobactéries dans les urines est intermittente. 22

2/- Transport et conservation • L’urine constitue un bon milieu de culture pour la

2/- Transport et conservation • L’urine constitue un bon milieu de culture pour la plupart des bactéries. Ceci dit une fois prélevée: • Elle doit être acheminée rapidement au laboratoire • Elle ne doit rester plus de 2 heures a t°p ambiante. • Elle peut être conserver 24 heures a + 4 °c sans modification de la bactériurie (en sachant que la réfrigération ne préserve pas leucocytes) 23

3/- Fiche de renseignement Nom: ……………. . . Prénom: ……………. . Age: …………………Sexe: ………………….

3/- Fiche de renseignement Nom: ……………. . . Prénom: ……………. . Age: …………………Sexe: …………………. . . . Service: …………Heure du prélèvement: ……. . . Signes cliniques: ………. traitement en cours Antécédents : infection urinaire antérieure Type de germe: …………………. . Grossesse Diabète ………. . etc 24

PRINCIPALES ETAPES DE L’ECBU Examen macroscopique à J 1 • Urines claires. • Troubles

PRINCIPALES ETAPES DE L’ECBU Examen macroscopique à J 1 • Urines claires. • Troubles (purulentes) • sanglantes (hématurie initiale, terminale ou totale) • Ictérique (jaune brin ) • Rouge, vert (origine alimentaire ou médicamenteuse ) • Présence de dépôt : cristallin, blanchâtre (phosphate ), rouge brique (acide urique), 25 rose (Urate de soude)

Examen Microscopique à J 1 Qualitatif: Sur le sédiment : - frottis coloré au

Examen Microscopique à J 1 Qualitatif: Sur le sédiment : - frottis coloré au Gram: Centrifugation (observation bactéries) Urine entière -frottis coloré au Ziehl Nielsen: (recherche mycobactéries) - Etat frais : Quantitatif: * recherche de cellules Sur urine homogénéisée: (hématies, * Numération des levures. . . ) leucocytes sur cellule * recherche de cristaux. Nageotte ou malassez * recherche de cylindres (Ou entre lame et 26 lamelle)

Cylindre leucocytaire Leucocytes Cristaux d’oxalate de calcium Levures 27

Cylindre leucocytaire Leucocytes Cristaux d’oxalate de calcium Levures 27

INTERPRETATION DE L’EXAMEN MICROSCOPIQUE Ø 10 leucocytes / mm 3 = 104 L/ml Ø

INTERPRETATION DE L’EXAMEN MICROSCOPIQUE Ø 10 leucocytes / mm 3 = 104 L/ml Ø 25 L /mm 3 = 2. 5 x 104 L/ml Ø 100 L / mm 3 = 105 L/ml Ø 500 L / mm 3 = 5 x 10 5 L/ ml • URINE PATHOLOGIQUE = Leucocyturie > 104 /ml ou > à 10 leucocytes / mm 3 1 L tous les 1 à 2 champs = 5 -10 L /mm 3 1 à 2 L/ champ = 10 -25 L /mm 3 28

Mise en culture à J 1 Méthode de Veron * dilution 1/100 ( 2

Mise en culture à J 1 Méthode de Veron * dilution 1/100 ( 2 gouttes d’urine (O. 1 ml) dans 10 ml d’eau distillé stérile) * ensemencement : 2 gouttes de la dilution (0. 1 ml) sur ½ de culture: - GN(gélose nutritive) - GSF/GSC si cocci à l’examen direct - Lowoenstein –Jensen si présence de BAAR a l’ED - ½ sabouraud si levures a l’ED. * incubation: 18 heures à 37°C 29

Dénombrement et différentiation des colonies à J 2 30

Dénombrement et différentiation des colonies à J 2 30

DENOMBREMENT DES COLONIES • Selon la loi de KASS : Le Nombre de bactéries

DENOMBREMENT DES COLONIES • Selon la loi de KASS : Le Nombre de bactéries = Nombre de colonies x 100. Donc 1 colonie = 103 bactéries. 31

 • On interprète de la manière suivante : * Bactériurie <103 UFC /ml

• On interprète de la manière suivante : * Bactériurie <103 UFC /ml : Absence d’infection. * Bactériurie > 105 UFC /ml : Infection urinaire. * Bactériurie entre 104 et 105 : zone douteuse tenir compte d’autres paramètres (examen direct, clinique, , conditions du prélèvement, ECBU précédant …etc) 32

Identification et antibiogramme à J 3 33

Identification et antibiogramme à J 3 33

Vue les risque de contamination l’ECBU associe: une analyse quantitative de la culture urinaire

Vue les risque de contamination l’ECBU associe: une analyse quantitative de la culture urinaire + une analyse quantitative de la leucocyturie. 34

INTERPRETATION DE L’ECBU 35

INTERPRETATION DE L’ECBU 35

Interprétation de l’ECBU - Seuil de leucocyturie retenu : ≥ 104/m. L (ou 10/mm

Interprétation de l’ECBU - Seuil de leucocyturie retenu : ≥ 104/m. L (ou 10/mm 3) - Seuil de bactériurie associé à une leucocyturie significative modifié en tenant compte de la forme clinique et de l’espèce bactérienne : > 103 UFC/ml pour les cystites aiguës à E. coli et autres entérobactéries notamment Proteus spp, Klebsiella spp et pour S. saprophyticus >105 UFC/ml pour les cystites à autres bactéries (notamment entérocoque) > 104 UFC/ml pour les pyélonéphrites et prostatites. Dans tous les cas, le seuil ne peut être opposé à tableau clinique évident

Interprétation de l’ECBU Leucocytes/ml Bactériurie (UFC/ml) ≥ 104 ≥ 105 <104 103 104 ≥

Interprétation de l’ECBU Leucocytes/ml Bactériurie (UFC/ml) ≥ 104 ≥ 105 <104 103 104 ≥ 105 Nombre d’espèces 1 ou 2 1 1 2 1 ou 2 Niveau de pathogénicité 1 ou 2 ou 3 1 ou 2 1 1 1 ou 2 ou 3 suivant les espèces Infection probable oui Non sauf si ID Dans les autres cas refaire ECBU Niveau 1 : bactéries considérées pathogènes même en cas de bactériurie faible (≥ 103 UFC/ml) : E coli, Proteus, Klebsiella S saprophyticus Niveau 2 : bactéries souvent impliquées (notamment dans les IUN) : entérobactéries autres que E coli S aureus Entérocoques Corynebacterium urealyticum P aeruginosa Niveau 3 : bactéries dont l’implication est peu probable : Staphyloocques à coagulase négative (≠ S saprophyticus) S agalactiae Aerococcus urinae Pseudomonaceae≠ P aeruginosa Acinetobacter spp Stenotophomonas maltophilia Niveau 4 : espèces appartenant aux flores uréthrales et génitales, à considérer en général comme des contaminants (streptocoques hémolytiques, Gardnerella vaginalis, Lactobacillus spp, bacilles corynéformes ≠ Corynebacterium urealyticum

LEUCOCYTE BACTERIURIE INTERPRETATION CONDUITE <104 00 ECBU STERILE AUCUNE >104 <105 TRT ATB REFAIRE

LEUCOCYTE BACTERIURIE INTERPRETATION CONDUITE <104 00 ECBU STERILE AUCUNE >104 <105 TRT ATB REFAIRE ET GERME EXIGENT(BK) ADAPTER LEUCOCYTES GENITAUX LA TECHNIQUE. NEPHRITE INTERSTITIELLE CYSTITE VIRALE TUMEUR PROSTATIQUE <104 > 105, 1 TYPE INFECTION DEBUTANTE IDENTIFICATION INFECTION APLASIQUE + ATB CONTAMINATION ID , AGEE, GROSSESE >104 >105, 1 TYPE INFECTION TYPIQUE IDENTIFICATION + ATB <104 >105, +sieurs type SOUILLURE AUCUNE >104 >105 , 2 ou + INFECTION SUR SONDE ? A CONTROLER >104 <105 , 2 ou + I. polymicrobienne? A refaire 38

E-ANTIBIOGRAMME q En cas d’urgence médicale on peut réaliser l’ATB le premier jour directement

E-ANTIBIOGRAMME q En cas d’urgence médicale on peut réaliser l’ATB le premier jour directement à partir de l’urine. q Tester les disques d’ATB selon le spectre de sensibilité probable de la bactérie et la diffusion dans le parenchyme rénal. q Les ATB généralement testés sont : Bétalactamines, Aminosides, Fluoroquinolones, quinolones de première génération, Cotrimoxazole, Fosfomysine, Nitrofurantoine Nibiol…. . etc q Le niveau de résistance aux antibiotiques des germes incriminés est en augmentation. 39

Choix antibiotiques : principes généraux Critères de choix des schémas anti-infectieux : Bénéfices :

Choix antibiotiques : principes généraux Critères de choix des schémas anti-infectieux : Bénéfices : - éradication clinique - éradication bactériologique Risques : - toxicité - pression de sélection individuelle - pression de sélection collective

SENSIBILITE AUX ATB DE E. COLI Antibiotiques 1989 1998 Amoxicilline 74 53 Amox +acide

SENSIBILITE AUX ATB DE E. COLI Antibiotiques 1989 1998 Amoxicilline 74 53 Amox +acide clavulanique Ciprofloxacine 94 61 - 97 Cotrimoxazole 90 63 - 99. 5 Gentamicine 41

Résistance d’ E. coli aux antibiotiques : données 2007 • amoxicilline-clav • C 3

Résistance d’ E. coli aux antibiotiques : données 2007 • amoxicilline-clav • C 3 G • pivmecillinam • cotrimoxazole • quinolones : nal • F-quinolones : • fosfomycine-trométamol • nitrofurantoïne • aminosides R : 40 -50 % R : 25 -35 % R : 2 % (C 3 Gi) à 5 % (céfixime) R : 25 % R : 20 % R : 14 % R : 10 % mais 5 % chez femmes 15 -65 ans R : 3 % R : < 5 % R : 3 %

F- CONCLUSION v. L’ECBU est un examen de laboratoire assez fréquemment demandé. il est

F- CONCLUSION v. L’ECBU est un examen de laboratoire assez fréquemment demandé. il est bien codifie ces deux temps critiques sont : * le prélèvement trop souvent victime de son apparente simplicité. * l’interprétation micro biologique qui doit s’appuyer sur des arguments décisionnels irréprochables v. Toutes les bactéries peuvent entraîner une infection urinaire mais également les champignons et les virus. 43

v. Correctement effectué, le dépistage par bandelette a un bon pouvoir prédictif négatif. v.

v. Correctement effectué, le dépistage par bandelette a un bon pouvoir prédictif négatif. v. Un ECBU de contrôle est réalisé après 48 h de traitement ainsi qu’après l’arrêt du TRT. v Les infections urinaires sont la principale cause de septicémie a gram négatif, Il ne faut donc pas oublier non plus de pratiquer des hémocultures en cas d’infection urinaire haute ou en cas de fièvre. 44