DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE DES INFECTIONS URINAIRES ANNE UNIVERSITAIRE 2019

DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE DES INFECTIONS URINAIRES ANNÉE UNIVERSITAIRE: 2019 -2020 MODULE INFECTIEUX: 4ÈME ANNÉE MÉDECINE

PLAN • INTRODUCTION • DÉFINITIONS • RAPPEL ANATOMIQUE • PHYSIOPATHOLOGIE • DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE DES INFECTIONS URINAIRES: - MÉTHODE DE DÉPISTAGE: BU - ECBU

INTRODUCTION • L’INFECTION URINAIRE EST L’UNE DES INFECTIONS COMMUNAUTAIRES LES PLUS FRÉQUENTES, LES VOIES URINAIRES REPRÉSENTENT LE SECONDE SITE D’INFECTION BACTÉRIENNE APRÈS L’ARBRE RESPIRATOIRE CHEZ L’ADULTE COMME CHEZ L’ENFANT • ELLE OCCUPE LE PREMIER RANG PARMI LES INFECTIONS NOSOCOMIALES • L’INFECTION URINAIRE CONSTITUE LE PRINCIPAL MOTIF D’EXPLORATION MICROBIOLOGIQUE: ECBU

DÉFINITIONS

INFECTION URINAIRE • ELLE EST DÉFINIE PAR LA PRÉSENCE DE GERMES EN NOMBRE SIGNIFICATIF ( BACTÉRIES LE PLUS SOUVENT) DANS LES VOIES URINAIRES ET OU LE PARENCHYME RÉNAL OU PROSTATIQUE, PROVOQUANT DANS LA MAJORITÉ DES CAS UNE RÉACTION INFLAMMATOIRE LOCALE • LES INFECTIONS URINAIRES RECOUVRENT UN ENSEMBLE DE SITUATIONS CLINIQUES:

CYSTITE • INFECTION DE LA PAROI VÉSICALE QUI ASSOCIE: DYSURIE, POLLAKIURIE, BRULURES MICTIONNELLES, SANS FIÈVRE OU DOULEURS LOMBAIRES, ELLE PRÉDOMINENT ESSENTIELLEMENT CHEZ LA FEMME, CHEZ L’HOMME UNE CYSTITE S’ACCOMPAGNE PRATIQUEMENT TOUJOURS D’UNE PROSTATITE.

PROSTATITE • INFLAMMATION DE LA GLANDE PROSTATIQUE AVEC AUGMENTATION DES CELLULES INFLAMMATOIRES DANS LES SECRÉTIONS EXOCRINES, ELLE SE MANIFESTE PAR: - SYNDROME INFECTIEUX - POLLAKIURIE, RÉTENTION AIGUE D’URINE - TOUCHER RECTAL DOULOUREUX.

PYÉLONÉPHRITE • C’EST UNE INFLAMMATION MICROBIENNE DU PARENCHYME RÉNAL ET OU DES CAVITÉS PYÉLO-CALICIELLES ( TUBE COLLECTEUR, CALISSES, BASSINET) PRÉCÉDÉE OU NON DE CYSTITE • SIGNES GÉNÉRAUX: FIÈVRE ÉLEVÉE, FRISSON: ATTEINTE PARENCHYMATEUSE, DOULEUR LOMBAIRE OU DU FLANC, IRRADIATION ASCENDANTE, DOULEUR ABDOMINAL À LA PALPATION AVEC CONTACT LOMBAIRE

INFECTION URINAIRE SIMPLE • INFECTION URINAIRE SANS FACTEUR DE RISQUE DE COMPLICATION • NE CONCERNENT QUE LA FEMME JEUNE SANS FACTEUR DE RISQUE PARTICULIER ET LA FEMME DE PLUS DE 65 ANS SANS COMORBIDITÉ • ELLES REGROUPENT : LES CYSTITES AIGUES SIMPLES, LES PYÉLONÉPHRITES AIGUES SIMPLES

INFECTIONS URINAIRES À RISQUE DE COMPLICATION • INFECTION URINAIRE SURVENANT CHEZ UN PATIENT AYANT AU MOINS UN FACTEUR DE RISQUE POUVANT RENDRE L’INFECTION PLUS GRAVE ET LE TRAITEMENT PLUS COMPLEXE, ELLE REGROUPENT: CYSTITES COMPLIQUÉES, PYÉLONÉPHRITES COMPLIQUÉES, LES IU MASCULINES

• LES FACTEURS DE RISQUE DE COMPLICATION: - UNE ANOMALIE ORGANIQUE OU FONCTIONNELLE DE L’ARBRE URINAIRE QUELLE QU’ELLE SOIT (RÉSIDU VÉSICAL, REFLUX, LITHIASE, TUMEUR, ACTE RÉCENT…) - SEXE MASCULIN, DU FAIT DE LA FRÉQUENCE DES ANOMALIES ANATOMIQUES OU FONCTIONNELLES SOUS-JACENTES. - GROSSESSE - SUJET GÉ: PATIENT DE PLUS DE 65 ANS AVEC 3 CRITÈRES DE FRAGILITÉ, OU PATIENT DE PLUS DE 75 ANS - IMMUNODÉPRESSION GRAVE - INSUFFISANCE RÉNALE CHRONIQUE SÉVÈRE ( CLAIRANCE 30 ML/MN)

LES INFECTIONS URINAIRES GRAVES • CE SONT LES PNA ET LES IU MASCULINES ASSOCIÉES À: - UN SEPSIS GRAVE - UN CHOC SEPTIQUE - UNE INDICATION DE DRAINAGE CHIRURGICAL OU INTERVENTIONNEL(RISQUE D’AGGRAVATION DU SPSIS EN PÉRI-OPERATOIRE)

COLONISATION URINAIRE • COLONISATION URINAIRE OU BACTÉRIURIE ASYMPTOMATIQUE EST LA PRÉSENCE D’UN MICRO-ORGANISME DANS LES URINES SANS MANIFESTATIONS CLINIQUES ASSOCIÉES • IL N’Y A PAS DU SEUIL DE BACTÉRIURIE SAUF CHEZ LA FEMME ENCEINTE (10 5 UFC/ML) • LES 2 SEULS SITUATIONS CONSENSUELLES POUR LE DÉPISTAGE ET LE TRAITEMENT DES COLONISATIONS URINAIRES SONT: - AVANT UNE PROCÉDURE UROLOGIQUE INVASIVE PROGRAMMÉ - GROSSESSE À PARTIR DU 4 EME MOIS

INFECTION URINAIRE NOSOCOMIALE • INFECTION URINAIRE ACQUISE DANS UN ÉTABLISSEMENT DE SOIN, QUI N’ÉTAIT NI PRÉSENTE NI EN INCUBATION À L’ADMISSION, UN DÉLAI DE 48 H EST GÉNÉRALEMENT RETENU ENTRE L’ADMISSION ET LE DÉBUT D’INFECTION. CYSTITE RÉCIDIVANTE: AU MOINS 4 ÉPISODES EN 12 MOIS.

RAPPEL ANATOMIQUE

PHYSIOPATHOLOGIE

• L’ARBRE URINAIRE EST NORMALEMENT STÉRILE À L’EXCEPTION DE LA FLORE DE LA PARTIE DISTALE DE L’URÈTRE QUI EST DIVERSE ET REFLÈTE À LA FOIS LA FLORE DIGESTIVE, LA FLORE CUTANÉE ET LA FLORE GÉNITALE.

MÉCANISMES DE COLONISATION • VOIE ASCENDANTE: LA PLUS FRÉQUENTE , SURTOUT CHEZ LA FEMME: LES BACTÉRIES PASSENT DE LA RÉGION ANALE ET VULVAIRE À LA VESSIE EN REMONTANT L’URÈTRE • VOIE HÉMATOGÈNE: RARE, APRÈS UNE BACTÉRIÉMIE • VOIE LYMPHATIQUE • PAR CONTIGUÏTÉ • CONTAMINATION IATROGÈNE: SUITE À DES MANŒUVRES INSTRUMENTALES (ENDOSCOPIQUES, SONDAGE) OU INTERVENTIONS CHIRURGICALES PORTANT SUR LES VOIES URINAIRES

FACTEURS FAVORISANTS L’INFECTION URINAIRE • SEXE FÉMININ: • LA GROSSESSE: • LA MÉNOPAUSE • CERTAINES HABITUDES CHEZ LA FEMME. • FACTEURS FAVORISANTS LA STASE URINAIRE: UROPATHIES MALFORMATIVES OU OBSTRUCTIVES, VESSIE NEUROLOGIQUE AVEC RÉSIDU POST-MICTIONNEL, PRÉSENCE DE CORPS ÉTRANGERS (SOUDE OU LITHIASE); • CERTAINES PATHOLOGIES: IR • FACTEURS LIÉS À LA BACTÉRIE: FACTEURS D’ADHÉSION (FIMBRIAE) ET LES AUTRES FACTEURS NON SPÉCIFIQUES PERMETTANT AUX BACTÉRIES D’ÉCHAPPER

LA FRÉQUENCE DES GERMES UROPATHOGÈNES

DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE DES INFECTIONS URINAIRES

MÉTHODE DE DÉPISTAGE : BU

• DÉPISTAGE RAPIDE DES IU • VALEUR PRÉDICTIVE NÉGATIVE: SUP À 95% POUR LA CYSTITE SIMPLE, • VALEUR PRÉDICTIVE POSITIVE EST MÉDIOCRE POUR LA FEMME: 40 -51% • POUR L’HOMME, UNE BU POSITIVE (LEUCO ET/OU LES NITRITES) A UNE BONNE VALEUR PRÉDICTIVE POSITIVE VPP SUP 90% , MAIS UNE BU NÉGATIVE NE PERMET PAS D’ELIMINER UNE IU • ELLES DÉTECTENT EN MATIÈRE D’INFECTION URINAIRE: - LA LEUCOCYTE ESTÉRASE: PN - LES NITRITES: ENB - ELLE EST RECOMMANDÉE DANS LA CYSTITE AIGUE SIMPLE - DANS TOUTES LES AUTRES SITUATIONS ELLE NE SERT QUE COMME AIDE AU DIAGNOSTIC: CHEZ L’HOMME UNE BU POSITIVE: ECBU SYSTÉMATIQUE

L’ECBU EXAMEN CYTOBACTÉRIOLOGIQUE DES URINES: EXAMEN CLÉ

LES OBJECTIFS DE L’ECBU: • METTRE EN ÉVIDENCE UNE BACTÉRIURIE SIGNIFICATIVE DANS LES URINES. • METTRE EN ÉVIDENCE ET QUANTIFIER UNE LEUCOCYTURIE ET LES ÉLÉMENTS URINAIRES ANORMAUX. • IDENTIFIER ET ÉTUDIER LA SENSIBILITÉ DES BACTÉRIES AUX ANTIBIOTIQUES. • POSER LE DGC D’UNE IU OU COLONISATION. • CONTRÔLER LA STÉRILISATION DES URINES APRÈS TRAITEMENT. • DISTINGUER UNE INFECTION RÉCIDIVANTE D’UNE RECHUTE.

LES INDICATIONS DE L’ECBU • L’ECBU EST INDIQUÉ DEVANT TOUTE SUSPICION CLINIQUE D’IU À L’EXCEPTION DES CYSTITES SIMPLES • IL EST RECOMMANDÉ DE NE PAS FAIRE UN ECBU DE CONTRÔLE DANS LE SUIVI DES IU MASCULINES ET DES PNA SI L’EVOLUTION CLINIQUE EST SATISFAISANTE • SYMPTÔMES ÉVOQUANT UNE INFECTION URINAIRE : - BRÛLURES MICTIONNELLES - DYSURIE - POLLAKIURIE - HÉMATURIE - INCONTINENCE URINAIRE - MODIFICATION DE L’ASPECT DES URINES. - DOULEURS PELVIENNES OU LOMBAIRES. • FIÈVRE ISOLÉE. • DEVANT UNE CHIMIE DES URINES POSITIVE: LEUCOCYTES, NITRITES

• SYSTÉMATIQUE CHEZ LES SUJETS À RISQUE: -FEMME ENCEINTE - SUJET DIABÉTIQUE - PORTEUR DE SONDE - SUJET ALITÉ - ANOMALIE UROLOGIQUE - EN PRÉOPÉRATOIRE EN UROLOGIE OU GYNÉCOLOGIE

ECBU: LES DIFFÉRENTES ÉTAPES

LE PRÉLÈVEMENT • LA QUALITÉ DU PRÉLÈVEMENT CONDITIONNE LA QUALITÉ DE L’EXAMEN. • IL DOIT ÊTRE PRATIQUÉ AVANT TOUTE ANTIBIOTHÉRAPIE ( OU APRÈS FENÊTRE THÉRAPEUTIQUE DE 24 HEURES SI L’ÉTAT DU MALADE LE PERMET)

1 - CAS GÉNÉRAL • APRÈS UNE TOILETTE LOCALE AVEC DU SAVON OU UN ANTISEPTIQUE TYPE DAKIN SUIVI D’UN RINÇAGE A L’EAU. • RECUEILLIR LES PREMIÈRES URINES DU MATIN APRÈS ÉLIMINATION DU PREMIER JET ( 20 ML) ET LE DERNIER JET : TECHNIQUE DU MILIEU DU JET OU À LA VOLÉE( URINE VÉSICALE) • OU À DÉFAUT LES URINES DE LA JOURNÉE 3 À 4 HEURES AU MOINS APRÈS LA DERNIÈRE MICTION.

2 - CHEZ LE NOURRISSON • ON UTILISE UN SAC COLLECTEUR APRÈS NETTOYAGE DE LA RÉGION PÉRINÉALE, CE DERNIER NE DOIT PAS ÊTRE LAISSER EN PLACE PLUS DE 30 MN. (LE RENOUVELER SI PAS DE MICTION EN CE TEMPS LA)

3 - SUJET SONDÉ • NE PAS PRÉLEVER À PARTIR DU SAC COLLECTEUR MAIS CLAMPER LA SONDE EN AVAL PENDANT 10 MN DÉSINFECTER LA SONDE A L’ALCOOL IODÉ ET PONCTIONNER À L’AIDE D’UNE SERINGUE PUIS TRANSVASER DANS UN TUBE STÉRILE.

4 -LE SUJET INCONTINENT OU HANDICAPÉ HOMME : PAR COLLECTEUR PÉNIEN. FEMME : PAR SONDAGE URINAIRE.

5 - PONCTION SUS-PUBIENNE • NE DOIT ÊTRE RÉALISÉ QUE SI LA VOIE NORMALE EST IMPOSSIBLE. • RÉALISÉE SUR VESSIE PLAINE APRÈS DÉSINFECTION SOIGNEUSE (LE GERME ISOLÉ EST IDENTIFIÉ QUELLE QUE SOIT LA NUMÉRATION)

6 - RECHERCHE DE MYCOBACTÉRIES • EXAMEN DE SECONDE INTENTION. • EFFECTUÉ SUR LA TOTALITÉ DE LA PREMIÈRE MICTION DU MATIN APRÈS RESTRICTION HYDRIQUE. • DOIT ÊTRE RÉPÉTÉE À PLUSIEURS REPRISES CAR L’ÉLIMINATION DES MYCOBACTÉRIES DANS LES URINES EST INTERMITTENTE

TRANSPORT ET CONSERVATION • L’URINE CONSTITUE UN BON MILIEU DE CULTURE POUR LA PLUPART DES BACTÉRIES. CECI DIT UNE FOIS PRÉLEVÉE: • ELLE DOIT ÊTRE ACHEMINÉE RAPIDEMENT AU LABORATOIRE • ELLE NE DOIT RESTER PLUS DE 2 HEURES A T°P AMBIANTE. • ELLE PEUT ÊTRE CONSERVER 24 HEURES A + 4 °C SANS MODIFICATION DE LA BACTÉRIURIE (EN SACHANT QUE LA RÉFRIGÉRATION NE PRÉSERVE PAS LEUCOCYTES) • LE PRÉLÈVEMENT DOIT ÊTRE ACCOMPAGNER D’UNE FICHE DE RENSEIGNEMENT:

CONDUITE MÉTHODOLOGIQUE

EXAMEN MACROSCOPIQUE À J 1 • URINES CLAIRES. • TROUBLES (PURULENTES) • SANGLANTES (HÉMATURIE INITIALE, TERMINALE OU TOTALE) • ICTÉRIQUE (JAUNE BRIN ) • ROUGE, VERT (ORIGINE ALIMENTAIRE OU MÉDICAMENTEUSE ) • PRÉSENCE DE DÉPÔT : CRISTALLIN, BLANCH TRE (PHOSPHATE ), ROUGE BRIQUE (ACIDE URIQUE), ROSE (URATE DE SOUDE)

EXAMEN MICROSCOPIQUE À J 1 Quantitatif: Sur urine homogénéisée: * Numération des leucocytes sur cellule Nageotte ou malassez (Ou entre lame et lamelle) Qualitatif: Sur le sédiment : - frottis coloré au Gram: (observation bactéries) frottis coloré au Ziehl Nielsen: (recherche mycobactéries) - Etat frais : * recherche de cellules (hématies, levures. . . ) * recherche de cristaux. * recherche de cylindres

CYLINDRE LEUCOCYTAIRE Leucocytes Cristaux d’oxalate de calcium Levures 42

INTERPRÉTATION DE L’EXAMEN MICROSCOPIQUE • 10 LEUCOCYTES / MM 3 = 104 L/ML • 25 L /MM 3 = 2. 5 X 104 L/ML • 100 L / MM 3 = 105 L/ML • 500 L / MM 3 = 5 X 10 5 L/ ML • URINE PATHOLOGIQUE = LEUCOCYTURIE > 104 /ML OU > À 10 LEUCOCYTES / MM 3 • 1 L TOUS LES 1 À 2 CHAMPS = 5 -10 L /MM 3 • 1 À 2 L/ CHAMP = 10 -25 L /MM 3

MISE EN CULTURE À J 1 • MÉTHODE DE VERON: * DILUTION 1/100 ( 2 GOUTTES D’URINE (O. 1 ML) DANS 10 ML D’EAU DISTILLÉ STÉRILE) , PUIS 0, 1 ML DE CETTE DILUTION SERA ENSEMENCÉE • MÉTHODE DE L’ANCE CALIBRÉE: ANCE CALIBRÉE À 10 MICROL: ENSEMENCEMENT DIRECT • ENSEMENCEMENT: -GN(GÉLOSE NUTRITIVE) - --GSF/GSC SI COCCI À L’EXAMEN DIRECT - LOWOENSTEIN –JENSEN SI PRÉSENCE DE BAAR A L’ED - ½ SABOURAUD SI LEVURES A L’ED.

IDENTIFICATION ET ANTIBIOGRAMME

INTERPRÉTATION DE L’ECBU • VUE LES RISQUE DE CONTAMINATION L’ECBU ON ASSOCIE: • UNE ANALYSE QUANTITATIVE DE LA CULTURE URINAIRE + • UNE ANALYSE QUANTITATIVE DE LA LEUCOCYTURIE.

SELON LA SPILF 2015: • LEUCOCYTURIE PATHOLOGIQUE: ≥ 104/ML • BACTÉRIURIE: • ≥ 103 UFC/ML: E. COLI ET STAPHYLOCOCCUS SAPROPHYTICUS : HOMME OU FEMME ≥ 103 UFC/ML: ENTEROBACTERIES AUTRES QUE E. COLI , ENTEROCOQUE, C. UREALYTICUM, PSEUDOMONAS AERUGINOSA, S. AUREUS: POUR LES HOMMES ET 104 UFC/ML POUR FEMME

LES GERMES INCRIMINÉS DANS L’INFECTION URINAIRE: • GROUPE 1: UROPATHOGENES RECONNUS À UN TAUX ≥ 103 UFC/ML E. COLI, S. SAPROPHYTICUS, PROTEUS SPP, KLEBSIELLA SPP • GROUPE 2: RESPONSABLES D’IU NOSOCOMIALES, LE SEUIL PROPOSÉ QUAND UN SEUL TYPE BACTÉRIEN EST ISOLÉ EST DE 103 UFC/ML CHEZ L’HOMME ET DE 104 UFC/ML CHEZ LA FEMME, IL PASSE À 105 UFC/ML SI 2 TYPES BACTÉRIENS SONT ISOLÉS : AUTRES ENB, ENTEROCOCCUS SPP, PSEUDOMONAS AERUGINOSA, S. AUREUS, CORYNEBACTERIUM UREALYTICUM, HAEMOPHILUS SPP • GROUPE 3: LEUR IMPLICATION EXIGE UN TAUX ≥ 105 UFC/ML, UNE RÉPÉTITION DE LEUR ISOLEMENT SUR AU MOINS 2 ÉCHANTILLONS D’URINES, PLUS OU MOINS DES CRITÈRES CLINIQUES OU D’INFLAMMATION S. AGALACTIAE, CONDIDA SPP, AUTRES SCN, A. BAUMANNII, STENO, BURKHOL, • GROUPE 4: BACTÉRIES DE LA FLORE PÉRI-URÉTRALE ET GÉNITALES, SEUL LEUR ISOLEMENT À PARTIR D’UNE PONCTION SUS PUBIENNE PERMET LEUR INCRIMINATION STREPTOCOQUE ALPHA HEMOLYTIQUE, GARDNERELLA VAGINALIS, LACTOBACILLUS, BACTERIES CORYNÉFORMES

NB: bactériurie 105: c’est la bactériurie significatif qui varie en fonction du germe isolé ou la situation clinique: elle peut aller de 103 - 105 UFC/ML

• CAS PARTICULIER DE LA BACTÉRIURIE ASYMPTOMATIQUE OU COLONISATION: • LA COLONISATION URINAIRE CORRESPOND À UNE SITUATION DE PORTAGE ( ABSENCE DE MANIFESTATION CLINIQUE) • PDT LA GROSSESSE: LE SEUIL : 105 UFC/ML • COLONISATION: PATIENTS GÉS, LES DIABÉTIQUES, LES HÉMODIALYSÉS, NEUTROPÉNIQUES, LES PATIENTS SONDÉS, VESSIE NEUROLOGIQUE.

CONCLUSION v. L’ECBU EST UN EXAMEN DE LABORATOIRE ASSEZ FRÉQUEMMENT DEMANDÉ. IL EST BIEN CODIFIE CES DEUX TEMPS CRITIQUES SONT : * LE PRÉLÈVEMENT TROP SOUVENT VICTIME DE SON APPARENTE SIMPLICITÉ. * L’INTERPRÉTATION MICRO BIOLOGIQUE QUI DOIT S’APPUYER SUR DES ARGUMENTS DÉCISIONNELS IRRÉPROCHABLES v. TOUTES LES BACTÉRIES PEUVENT ENTRAÎNER UNE INFECTION URINAIRE MAIS ÉGALEMENT LES CHAMPIGNONS ET LES VIRUS. v. CORRECTEMENT EFFECTUÉ, LE DÉPISTAGE PAR BANDELETTE A UN BON POUVOIR PRÉDICTIF NÉGATIVE v LES INFECTIONS URINAIRES SONT LA PRINCIPALE CAUSE DE SEPTICÉMIE A GRAM NÉGATIF. 52