DETEKSI VIRUS MELALUI ENZYMELINKED IMMUNOSORBENT ASSAY ELISA Lokasi
DETEKSI VIRUS MELALUI ENZYMELINKED IMMUNOSORBENT ASSAY (ELISA) Lokasi Pengambilan Sampel Bogor Garut Ciamis Sukabumi Pasaman Barat Brebes Pakpak Bharat Antiserum Potyvirus TMV CMV BBWV 1 BBWV 2 2/5* 3/15 5/9 0/20 20/45 0/23 0/6 0/5 0/15 0/9 0/20 n 0/23 0/6 n n n 7/20 1/45 0/23 0/6 n n n 0/20 0/45 9/23 0/6 Keterangan *a/b: a sampel menunjukkan positif terinfeksi dari b sampel yang diuji. n : belum diuji
DETEKSI VIRUS MELALUI REVERSE TRANSCRIPTASE-POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR) M 1 2 3 4 5 6 7 327 bp Visualisasi DNA dari produk RT-PCR menggunakan degenerate primers (MJ 1&MJ 2) pada agarose gel electrophoresis 1, 2%. M=marker 100 bp. (1) sampel nilam varietas Sidikalang asal Bogor; (2) sampel nilam varietas Sidikalang asal Bogor; (3) sampel nilam varietas Lhokseumawe asal Bogor; (4) sampel nilam varietas Tapaktuan asal Bogor; (5) sampel nilam varietas Aceh asal Ciamis; (6) sampel nilam varietas Aceh asal Garut; dan (7) Kontrol Positif.
AMPLIFIKASI GEN CP POTYVIRUS MELALUI REVERSE TRANSCRIPTASEPOLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR) M 1 2 3 4 5 6 800 bp Hasil amplifikasi DNA sampel daun nilam yang bergejala mosaik dengan metode RT-PCR menggunakan pasangan primer CPUP dan CP 9502. Lajur No. 1= kontrol negatif, Lajur No. 2, 3, 4, 5 dan 6 masing-masing menun jukkan hasil amplifikasi isolat Pasaman, Ciamis, Garut, , Bogor varietas Tapak tuan dan Bogor varietas Sidikalang. M= marker DNA 100 bp.
ANALISA SIKUEN GEN CP POTYVIRUS Sikuen gen CP Potyvirus isolat Indonesia = 800 b atggagaaccgtgctgttccaaacactggtgataatggtggtcgccgcaatcctctggttagaccgttagatgattgcgtagatgacgaggtgcagaacttgggcaggagggacgatccaac atctatcattccggctaatcgatcttccagttgggctttgttgaacccggatactattataacgagttaaggaaattgaaggtacactccactaggggtgatactcttaccttgactca ggaagaggagttcgagaagatactcgaatccttctgcaggcgaataatcggtgagacccagatgacggataagattttcgctggtttctacatgtctatgtgtcaggccattgtaaaccaaggg acctcagttaaagcagccggtaataacagtcttgaaaattactttgaggtagatggcgcgagatttaagtgcaaaactccggatttgataaatgaggttagacccaaaatggccgatgttcca aacgctatacgtcggtacgccaggagtcatgaaaagattattcaggactttatcaactccggtcttataaagcctgattatcatttacaattcaaacatggcgtattaccaagccatgtgtttggta ccggcgattatataaatggttcgttgatgaatatctcagatgatcaacttatctcgaacctgcttatgaaaagaaacgctttgtgcaagggtaacgagggcaaggaactgtacaacgttaacca gcttgcatcgataactggttgctaaatggaaaacttatctggtaatgcaaactatgatgaaactaacaccagtcgtgtaaactctgatggaattggaagtcacatggagcat gatgatgatgacaggtcaacggacctccaagtgatgagataaacaatcatactacgagatctgttcatggtagagatcacacgtcaggtaatataggagatta ctcaaaagctgacttgaatagaattatggtcaaggtcagtagaccggatgctatgagtgaatccgatagtaacttgtataaagaggtgattgttgaatatctgaaaaa caattgtactggaggtgcggaaccggataaagttttagtggttgcattttttgttgcactatgtcagtatgctctcaactctggcacttcggttaaagcaataggtgacag gactgtggatttgagttttgggtatgacaatcaaaaatatacagttaaagcgggacatttcttatcatatgctcaatctagaacgtcaggtcacccaaacgctctaagga ggttcatgcgatctagtctggaaacagttaaacaactacaagatgttgggctgatatattctaatggagtcgtggccgcgaaacatggggttgtgaaagaattcagaa acagctatgcagactttgacactggtcatctagacagaatgtctaacgacgatctggctgcgttgatgttagctaaatgtcatgcattgaagaaatccgaaggtaatag tagaactatatacaatacggtgcaattggctgatatgaaacacccatgctaa
ANALISA SIKUEN GEN CP POTYVIRUS [ALIGNMENT DENGAN SIKUEN GEN CP VIRUS LAIN] Pasaman Barat Garut Ciamis
- Slides: 5