Datov a informan zkladna pro management pandemie COVID19

Datová a informační základna pro management pandemie COVID-19 Stručné shrnutí současné epidemiologické situace dle dostupných dat

V jaké epidemiologické situaci se nacházíme? Denní záchyty jsou relativně vysoké, a běžně se již v pracovní dny pohybují kolem hodnoty 300. Vysoký počet diagnostikovaných koresponduje s velkým objemem prováděných testů. V naprosté většině okresů ČR jde o záchyty sporadické, ojedinělé, negenerující nebezpečné clustery. Nejvýznamnějším lokálním ohniskem je za poslední týden Praha, která dosahuje denních průměrných přírůstků cca 74. Lokality se zvýšeným výskytem v Moravskoslezském kraji se významně zklidňují a nevykazují žádný růst rizika. Nedochází k zásahu zranitelných skupin obyvatel, nerostou počty hospitalizovaných. Mortalita je velmi nízká a většina případů je bezpříznaková nebo jen s lehkým průběhem.

Typický obrázek posledních dnů: velké množství nízkých, nerizikových, záchytů v mnoha okresech

Situace v okresech ČR: nárůsty diagnostikovaných s COVID-19 od 1. 8. Nárůst celkového počtu pozitivních v období 01. 08. – 23. 08. 2020 (23 dní) 0 1– 10 11– 20 21– 50 51– 100 101– 200 201– 500 >500

5/ 5/1/2 5/2/202 5 3/ 0 0 5//4/220220 5/5/2020 5/6/2020 5/7/2020 8 0 55/ /9/20020 5/10/2020 5/11/2020 5/12/2020 5 13/2 20 5//14/20020 5/15/2020 5 16/2 20 5//17/20020 5/18/2020 5/19/2020 5/20/2020 5 21/2 20 5//22/20020 5/23/2020 5 24/2 20 5//25/20020 5/26/2020 5/27/2020 5/28/2020 5/29/2020 5/30/2020 3/ 6/1/220220 6/1/2020 6 2/ 0 0 6//3/220220 6/4/2020 6/5/2020 6/6/2020 6/7/2020 8 0 66/ /9/20020 6/10/2020 6/11/2020 6/12/2020 6 13/2 20 6//14/20020 6/15/2020 6/16/2020 6/17/2020 6/18/2020 6 19/2 20 6//20/20020 6/21/2020 6/22/2020 6/23/2020 6 24/2 20 6//25/20020 6 26/2 20 6//27/20020 6/28/2020 6/29/2020 3/ 7/0/220220 7/1/2020 7/2/2020 7 3/ 0 0 7//4/220220 7/5/2020 7/6/2020 7/7/2020 8 0 77/9/2020 7//10/20020 7 11/2 20 7//12/20020 7 13/2 20 7//14/20020 7 15/2 20 7//16/20020 7 17/2 20 7//18/20020 7/19/2020 7/20/2020 7/21/2020 7 22/2 20 7//23/20020 7 24/2 20 7//25/20020 7/26/2020 7/27/2020 7/28/2020 7 29/2 20 7//30/20020 3/ 8/1/220220 8/1/2020 8/2/2020 8/3/2020 8/4/2020 8/5/2020 8/6/2020 8/7/2020 8 0 88/ /9/20020 8/10/2020 8/11/2020 8/12/2020 8/13/2020 8/14/2020 8/15/2020 8/16/2020 8/17/2020 8 18/2 20 8//19/20020 8/20/2020 8 21/2 20 22 /22/20020. 0 /2020 8. 20 20 20 Počet osob s COVID-19 600 500 400 300 200 100 506 Denní počet osob s nově prokázanou nákazou COVID-19 260 305 201 149 91 132 139 121 75 51 118 129 105 141 53 59 64 103 134 137 128 112 91 169 207 245 231 278 132 114 194 276 274 253 231 123 101 208 287 240 214 323 175 122 140 287 290 329 291 197 121 191 281 316 247 239 55 18 26 38 77 78 57 46 18 28 53 45 48 82 55 50 20 111 61 74 33 59 77 65 47 48 36 54 56 34 38 34 62 74 57 34 38 61 69 54 73 62 52 53 33 40 47 51 118 126 42 50 63 89 127 93 168 Zjištěná ohniska se daří podchytávat, hodnota R je blízká 1 Aktuální odhad reprodukčního čísla pro ČR 1, 10 (95% IS 1, 07– 1, 14)* Prevalence na 100 000 obyvatel 0 * Výpočet funkcí estimate_R v software R (balíček Epi. Estim), 14 denní časové okno, předpoklad rozdělení sériového intervalu: průměr 4. 8, SD 2. 3 (Nishiura et al. , 2020), odhad uveden jako medián a 2, 5%– 97, 5% kvantily

5/ 5/1/2 5/2/202 5 3/ 0 0 5//4/220220 5/5/2020 5/6/2020 5/7/2020 8 0 55/ /9/20020 5/10/2020 5/11/2020 5/12/2020 5 13/2 20 5//14/20020 5/15/2020 5 16/2 20 5//17/20020 5/18/2020 5/19/2020 5/20/2020 5 21/2 20 5//22/20020 5/23/2020 5 24/2 20 5//25/20020 5/26/2020 5/27/2020 5/28/2020 5/29/2020 5/30/2020 3/ 6/1/220220 6/1/2020 6 2/ 0 0 6//3/220220 6/4/2020 6/5/2020 6/6/2020 6/7/2020 8 0 66/ /9/20020 6/10/2020 6/11/2020 6/12/2020 6 13/2 20 6//14/20020 6/15/2020 6/16/2020 6/17/2020 6/18/2020 6 19/2 20 6//20/20020 6/21/2020 6/22/2020 6/23/2020 6 24/2 20 6//25/20020 6 26/2 20 6//27/20020 6/28/2020 6/29/2020 3/ 7/0/220220 7/1/2020 7/2/2020 7 3/ 0 0 7//4/220220 7/5/2020 7/6/2020 7/7/2020 8 0 77/9/2020 7//10/20020 7 11/2 20 7//12/20020 7 13/2 20 7//14/20020 7 15/2 20 7//16/20020 7 17/2 20 7//18/20020 7/19/2020 7/20/2020 7/21/2020 7 22/2 20 7//23/20020 7 24/2 20 7//25/20020 7/26/2020 7/27/2020 7/28/2020 7 29/2 20 7//30/20020 3/ 8/1/220220 8/1/2020 8/2/2020 8/3/2020 8/4/2020 8/5/2020 8/6/2020 8/7/2020 8 0 88/ /9/20020 8/10/2020 8/11/2020 8/12/2020 8/13/2020 8/14/2020 8/15/2020 8/16/2020 8/17/2020 8 18/2 20 8//19/20020 8/20/2020 8/21/2020 22 22//2020. 0 22 8. 020 20 Počet osob s COVID-19 20 10 0 7 9 8 20 24 10 15 20 7 14 18 17 5 12 3 14 4 8 1 17 4 42 38 48 Denní počet osob s nově prokázanou nákazou COVID-19 3 11 4 11 9 3 24 15 7 11 4 9 9 9 15 12 8 28 7 11 14 22 15 8 12 4 17 12 9 14 19 15 19 25 8 6 4 30 26 40 19 50 2 1 4 60 8 0 1 0 3 4 5 0 0 1 0 6 4 1 0 2 2 0 10 0 1 6 1 1 1 0 0 0 2 2 1 0 2 1 4 5 0 4 1 1 1 2 0 3 Zjištěná ohniska se daří podchytávat: příklad Frýdek-Místek Aktuální odhad reprodukčního čísla: okres Frýdek-Místek 0, 62 (95% IS 0, 52– 0, 72)* * Výpočet funkcí estimate_R v software R (balíček Epi. Estim), 14 denní časové okno, předpoklad rozdělení sériového intervalu: průměr 4. 8, SD 2. 3 (Nishiura et al. , 2020), odhad uveden jako medián a 2, 5%– 97, 5% kvantily

COVID-19: ne všechny sledované parametry jsou stejně významné Parametry pouze popisné Počty nově diagnostikovaných občanů / pacientů Celkové počty aktuálně pozitivních občanů / pacientů Jakékoli kumulativní údaje od počátku epidemie Parametry indikující riziko Podíl pozitivních záchytů z provedených testů, dle typu testu Významnost eskalace trendů a forma šíření nemoci Riziko pro zranitelné skupiny obyvatel, podíl hospitalizovaných Kapacita intenzivní lůžkové péče, změny v organizaci péče

ČR: statistický přehled za období 1. 8. – 23. 8. 2020 Analyzované období: 1. 8. – 23. 8. 2020 Celková populace Populace 65+ Populace 75+ Počet diagnostikovaných: 5 359 Počet diagnostikovaných: 580 Počet diagnostikovaných: 275 Počet vyléčených: 3 743 Počet vyléčených: 388 Počet vyléčených: 189 Počet zemřelých: 35 Počet zemřelých: 30 Počet zemřelých: 21 Nově hospitalizovaní: 269 Nově hospitalizovaní: 148 Nově hospitalizovaní: 78 Z toho s těžkým průběhem: 37 Z toho s těžkým průběhem: 27 Z toho s těžkým průběhem: 11 export dat 24. 08. 2020 18: 01

ČR: statistický přehled za období 1. 8. – 23. 8. 2020 Analyzované období: 1. 8. – 23. 8. 2020 m e k Celková populace Populace 65+ ů l Populace 75+ e t c h n h : c í e c ý i Počet diagnostikovaných: h n an Počet diagnostikovaných: e c c a š a h e v v 5 359 580 v 275 h p š o c c h o v z % ý i c % ý k l ti 1 an ý 6 % n a , 1 n s 5 t a 0 Početv vyléčených: m ov i o Počet vyléčených: a : p v o m n h 388 e 3 743 os k o k 189 e g i i k ě k l t k a t i h l i b s s e t e ů no s c no ě zd c r : o v : p Počet zemřelých: + g n o g + % 5 ý a g a N 5 i k 30 6 a 21 35 7 i d ž d k k ěd ě ě Tě z ě v V hospitalizovaní: V ov Nově hospitalizovaní: no n 148 269 78 Z toho s těžkým průběhem: 37 export dat 24. 08. 2020 18: 01 Z toho s těžkým průběhem: 27 Z toho s těžkým průběhem: 11

Hospitalizovaní v souvislosti s COVID-19 Počet osob v těžkém stavu a/nebo s vysoce intenzivní péčí (UPV, ECMO) v daném dni Aktuální počty hospitalizovaných K 23. 8. 2020 Celkem: 122 10 20 30 Těžký stav / UPV / ECMO 40 29 N=6 Moravskoslezský kraj 28 N=8 Kraj Vysočina 4 Pardubický kraj 4 Ústecký kraj 3 Jihočeský kraj 1 Karlovarský kraj 1 Středočeský kraj Liberecký kraj 150 N=1 % 6 , 0 Olomoucký kraj 200 18 7 0: Královéhradecký kraj 02 8 250 . 2 Plzeňský kraj N=2 300 08 12 Zlínský kraj N=5 350 3. 19 400 k 2 Hlavní město Praha Jihomoravský kraj Kraj nemocnice 450 Celkem bylo za celé období hospitalizováno 2 022 pacientů, z toho 78 % bylo vyléčeno. V nemocnicích je hospitalizováno 122 pacientů, z toho 18, 0 % v těžkém stavu. 100 50 0 3/ 1 3/ 0/2 1 0 3/ 3/2 20 1 0 3/ 6/2 20 1 0 3/ 9/2 20 2 0 3/ 2/2 20 2 0 3/ 5/2 20 2 0 3/ 8/2 20 31 02 4/ /20 0 3 2 4/ /20 0 6 2 4/ /20 0 4/ 9/2 20 1 0 4/ 2/2 20 1 0 4/ 5/2 20 1 0 4/ 8/2 20 21 02 4/ /2 0 4/ 4/2 20 2 0 4/ 7/2 20 30 02 5/ /20 0 3 2 5/ /20 0 6/ 20 5/ 9/2 20 1 0 5/ 2/2 20 1 0 5/ 5/2 20 1 0 5/ 8/2 20 2 0 5/ 1/2 20 2 0 5/ 4/2 20 27 02 5/ /2 0 30 02 6/ /20 0 2 2 6/ /20 0 5 2 6/ /20 0 6/ 8/2 20 1 0 6/ 1/2 20 1 0 6/ 4/2 20 17 02 6/ /2 0 6/ 0/2 20 2 0 6/ 3/2 20 26 02 6/ /2 0 29 02 7/ /20 0 2 2 7/ /20 0 5 2 7/ /20 0 7/ 8/2 20 1 0 7/ 1/2 20 1 0 7/ 4/2 20 17 02 7/ /2 0 7/ 0/2 20 23 02 7/ /2 0 7/ 6/2 20 29 02 8/ /20 0 1 2 8/ /20 0 4 2 8/ /20 0 7 8/ /2 20 1 0 8/ 0/2 20 1 0 8/ 3/2 20 16 02 8/ /2 0 1 0 8/ 9/2 20 22 02 /2 0 0 Počet hospitalizovaných osob v daném dni (bez komplikovaného stavu)

Pozitivně diagnostikovaní z denního počtu provedených testů (%) 20% 18% 16% 14% Podíl aktuálně hospitalizovaných z celkového počtu prevalentních Počet aktuálně hospitalizovaných za daný den/ počet prevalentních případů k danému dni Počet nových pozitivních případů za daný den/ počet provedených testů za daný den 18% 16% 14% 12% 10% 8% 8% 6% 6% 4% 4% 2% 2% 0% 0% Aktuálně hospitalizovaní z celkového počtu prevalentních (%) 12% 3/13/2020 3/15/2020 3/17/2020 3/19/2020 3/21/2020 3/23/2020 3/25/2020 3/27/2020 3/29/2020 3/31/2020 4/2/2020 4/4/2020 4/6/2020 4/8/2020 4/10/2020 4/12/2020 4/14/2020 4/16/2020 4/18/2020 4/20/2020 4/22/2020 4/24/2020 4/26/2020 4/28/2020 4/30/2020 5/2/2020 5/4/2020 5/6/2020 5/8/2020 5/10/2020 5/12/2020 5/14/2020 5/16/2020 5/18/2020 5/20/2020 5/22/2020 5/24/2020 5/26/2020 5/28/2020 5/30/2020 6/1/2020 6/3/2020 6/5/2020 6/7/2020 6/9/2020 6/11/2020 6/13/2020 6/15/2020 6/17/2020 6/19/2020 6/21/2020 6/23/2020 6/25/2020 6/27/2020 6/29/2020 7/1/2020 7/3/2020 7/5/2020 7/7/2020 7/9/2020 7/11/2020 7/13/2020 7/15/2020 7/17/2020 7/19/2020 7/21/2020 7/23/2020 7/25/2020 7/27/2020 7/29/2020 7/31/2020 8/2/2020 8/4/2020 8/6/2020 8/8/2020 8/10/2020 8/12/2020 8/14/2020 8/16/2020 8/18/2020 8/20/2020 8/22/2020 ČR celkem: podíl pozitivních případů a podíl hospitalizovaných Denní podíl pozitivně diagnostikovaných z denního počtu provedených testů 20%

Datum úmrtí nebo zahájení hospitalizace 2 20 22 8/ 4 /0 20 23 22 15 8/ 6 /0 20 4 20 8/ /0 1 20 11 12 18 13 13 8/ 2 /0 20 20 16 1 8/ 9 /0 20 8/ 13 14 1 1 /0 20 12 12 8/ 14 12 9 /0 20 14 10 3 2 2 2 2 8/ 8 /0 20 10 08 8/ /0 20 15 06 8/ /0 20 9 04 8/ /0 11 20 Nově hospitalizovaní 02 13 7/ 1 1 /0 20 4 31 7/ 1 2 /0 3 20 25 29 8 7/ 10 10 /0 20 7/ 2 2 27 /0 1 20 3 7/ 10 25 4 /0 20 10 10 23 2 7/ /0 20 8 21 22 7/ 5 /0 20 5 5 19 1 1 7/ 3 3 /0 20 15 17 7/ 7 /0 20 20 1 15 7/ /0 13 20 3 2 22 1 7/ /0 11 7/ /0 20 1 7/ 9 09 10 /0 20 7/ 4 07 /0 20 5 05 7/ 74 72 71 70 73 69 76 84 71 66 62 63 69 69 78 75 74 74 73 71 77 90 89 93 90 89 108 114 117 118 114 116 110 115 117 112 107 106 109 113 111 102 105 115 106 105 115 107 112 117 119 120 122 30 /0 20 10 03 7/ /0 01 Počet zemřelých a nově hospitalizovaných – denní počty Zemřelí a hospitalizovaní: od 1. 7. 2020 – celá ČR Celkový počet hospitalizovaných (zdroj ISIN – klinika) Zemřelí 21 19 17 14 13 11 8 6 7 3 3 3 0 2

Datová a informační základna pro management pandemie COVID-19 Datový servis pro místní samosprávu obcí a krajů

Primárním cílem je zpřístupnit data na úrovni obcí s rozšířenou působností Nárůst celkového počtu pozitivních v období 01. 08. – 23. 08. 2020 (23 dní) 0 1– 10 11– 20 21– 50 51– 100 101– 200 201– 500 >500

Jsou připraveny komplexní datové sady ve verzi 1. 0 Nově diagnostikovaní s COVID 19 Kumulativní trend počtu diagnostikovaných Celkový počet pozitivních na COVID-19 Vývoj nákazy ve zranitelných skupinách, 65+, 75+ Počet a typologie testů, podíl pozitivních záchytů, Test indikující subjekty Hospitalizovaní s COVID-19 Obec s rozšířenou působností (ORP) + Datové sady na úrovni okresu s vymezením rizika pro jednotlivé obce Denní data Týdenní souhrn

Jak budou data předávána Informační systém infekčních nemocí Iniciální kontakt přes datové schránky Zabezpečené uložiště Oponentura první verze dat Technické doladění Kraje ČR: kontaktní osoby Zabezpečená forma předávání dat prostřednictvím autentizovaného online rozhraní: API a dedikovaný API klíč / Autentizovaný sdílený disk / Autentizovaný webový portál

Stejný „informační most“ je již vybudován pro krajské samosprávy a IZS Sdílené uložiště share. uzis. cz Exporty pro portál COVID‑ 19: Přehled aktuální situace v ČR Časy aktualizace: 00 a 17: 00 ISIN Epidemiologický report (kraj) { Datum Kraj ve formátu CZ-NUTS Kumulativní počet pozitivních osob Kumulativní počet hospitalizovaných osob Aktuální počet hospitalizovaných osob Zemřelí za hospitalizace Incidence Kumulativní počet vyléčených Kumulativní počet zemřelých Prevalence Podíl 65+ na kumulativním počtu pozitivní osob Podíl 65+ na kumulativním počtu hospitalizovaných Podíl 65+ na aktuálním počtu hospitalizovaných Podíl 65+ na incidenci Podíl 65+ na kumulativním počtu vyléčených Podíl 65+ na kumulativním počtu zemřelých Podíl 65+ na prevalenci } Epidemiologický report (obec) { Datum Obec kód Obec název PSC OPOU kód OPOU název ORP kód ORP název Okres kód Okres název Kraj kód Kraj název Kumulativní počet pozitivních osob Kumulativní počet hospitalizovaných osob Aktuální počet hospitalizovaných osob Incidence Počet vyléčení za den Kumulativní počet vyléčených Počet zemřelých za den Zemřelí za hospitalizace Kumulativní počet zemřelých Prevalence } Kraje ČR

Datová a informační základna pro management pandemie COVID-19 DĚKUJI ZA POZORNOST