Dan BIF www danbif dk Danish Biodiversity Information

  • Slides: 29
Download presentation
Dan. BIF www. danbif. dk Danish Biodiversity Information Facility Seminar om Dan. BIF og

Dan. BIF www. danbif. dk Danish Biodiversity Information Facility Seminar om Dan. BIF og Amterne – Ny mulighed for samlet adgang til naturdata i Danmark Zoologisk Museum, København 8. november 2004 ü Isabel Calabuig - Dan. BIF Projektleder [email protected] ku. dk 1

Dan. BIF www. danbif. dk Danish Biodiversity Information Facility ü Dansk knudepunkt i GBIF

Dan. BIF www. danbif. dk Danish Biodiversity Information Facility ü Dansk knudepunkt i GBIF netværket per. 1. Juli 2001 ü Finansiering: Hidtidig kontrakt mellem det Naturvidenskabelige Fakultet, Københavns Universitet og Statens Naturvidenskabelige Forskningsråd (SNF) ü Vært: Zoologisk Museum, Københavns Universitet 2

Dan. BIF Organisation Bestyrelse Sekretariat Netværk af grund- og sektorforskningsinstitutioner Kreds af yderligere dataholdere

Dan. BIF Organisation Bestyrelse Sekretariat Netværk af grund- og sektorforskningsinstitutioner Kreds af yderligere dataholdere 3

Dan. BIF Mål & Aktiviteter inkluderer bl. a. : Opfylde GBIF medlemskrav, f. eks.

Dan. BIF Mål & Aktiviteter inkluderer bl. a. : Opfylde GBIF medlemskrav, f. eks. – Deltage aktivt i GBIF bestyrelse og komité for netværket af knudepunkter – Opbygge, køre og vedligeholde et IT system og et sekretariat for at opfylde kravene & anbefalinger (samarbejde i relevante internationale (EU) projekter) – Gøre danske biologiske datasæt og oplysninger om dem tilgængelige for søgning via GBIF portal Opbygge og organisere aktiviteter for et netværk af danske forskningsinstitutioner og andre dataleverandører – Skabe forum for mulig skabelse af nye tværgående forskningssamarbejder Blive Dansk videncenter og Internet gateway til information om biodiversitet 4

Dan. BIF Aktiviteter Databaseret katalog for oversigt over naturhistoriske samlinger og andre typer af

Dan. BIF Aktiviteter Databaseret katalog for oversigt over naturhistoriske samlinger og andre typer af samlinger / datasæt fra forskning, forvaltning, industri, amatørbiologer etc. – hvad enten de findes på digital form eller ej – Online spørgeskema om naturhistoriske samlinger - Collections Metadata Inventory – som også publiceres og gøres søgbart IT-Rådgivning/formidling: – digitalisering af naturhistoriske samlinger og andre naturdata – database design og web-implementering Identifikation og klargøring af biologiske databaser for søgning (eller link) via Dan. BIF/GBIF portalerne Dansk Web-portal med samlet adgang til al informationen - http: //www. danbif. dk 5

http: //www. danbif. dk 6

http: //www. danbif. dk 6

7

7

8

8

9

9

Hvorfor har Dan. BIF indbudt Amterne til Seminar? Naturovervågningsdata fra amter, DMU m. fl.

Hvorfor har Dan. BIF indbudt Amterne til Seminar? Naturovervågningsdata fra amter, DMU m. fl. relevant i Dan. BIF-sammenhæng: – Større brugerflade - inkl. amter, kommuner, interesseorganisationer (& lodsejere, m. fl. ) – Amterne lettere adgang til hinandens data og mange andre datakilder! – Lettere indrapportering af data til DMU – Lettere indrapportering fra DMU til Skov- og Naturstyrelsen – Lettere indrapportering fra S&N til EU – BEDRE BREDT FUNDERET VIDENSBASIS FOR VIDTGÅENDE BESLUTNINGER OM BESKYTTELSE AF TRUEDE ARTER – Bevarelse af, og bred adgang til, data, viden og kompetencer – Link til andre datatyper, e. g. miljø, klima, habitatdata 10

GBIF henter følgende data via Dan. BIF Primary biodiversity data: – Eksemplarer – Observationer

GBIF henter følgende data via Dan. BIF Primary biodiversity data: – Eksemplarer – Observationer – Navne • Arter • Litteratur Metadata om ovenstående 11

GBIF søgeportal PROTOTYPE http//www. gbif. net DATAGRUNDLAG, BRUGERFLADE, FUNKTIONALITET øges & udbygges, inkluderer for

GBIF søgeportal PROTOTYPE http//www. gbif. net DATAGRUNDLAG, BRUGERFLADE, FUNKTIONALITET øges & udbygges, inkluderer for nuværende bl. a. : – Data om Danmark fra globale leverandører – Data fra Danmark om arter globalt – Artslister for et land – Globalt ECAT – Synonymer – Udbredelse – HVEM har oplysningerne/eksemplarerne? Senere kommer: – Species Bank – Link til andre datatyper – økologi, abiotiske faktorer, genetik, litteratur, etc. 12

GBIF Portalen Første eksempel på Rødlistearter fra Botanisk Musem, KU til www. gbif. net

GBIF Portalen Første eksempel på Rødlistearter fra Botanisk Musem, KU til www. gbif. net Pilledrager, Pilularia globulifera. Foto: B. Øllgaard. 13

Bemærk landevalg og andre valgmuligheder 14

Bemærk landevalg og andre valgmuligheder 14

Søgeresultat fra MANGE leverandører! 15

Søgeresultat fra MANGE leverandører! 15

Stationære versus Dynamiske Kort! 16

Stationære versus Dynamiske Kort! 16

17

17

18

18

19

19

20

20

21

21

PROTOTYPE men unik ny mulighed, så HUSK: Vi trækker data fra hele verden! Vi

PROTOTYPE men unik ny mulighed, så HUSK: Vi trækker data fra hele verden! Vi trækker fra mange forskellige data formater! Forskelle i skalering! Kortgrundlag er for nuværende meget basalt – samme format for hele verden = laveste fællesnævner, men senere direkte link 22

Dataudveksling inden for GBIF IT-Arkitekturen Provider query UDDI Registry Institutions Services (Providers) Access. Points

Dataudveksling inden for GBIF IT-Arkitekturen Provider query UDDI Registry Institutions Services (Providers) Access. Points Metadata and name query Index Available providers Metadata response Metadata and logs Synonyms, GUIDs Name provider Provider Services Request Manager Cache Accounting Publish availability Portal Data query Query Engine Data response Data provider Provider Services Di. GIR SOAP HTTP Resource Metadata 23

Dan. BIF værktøjet Hvad kræves for at gøre data søgbare online? Kobling (mapping) af

Dan. BIF værktøjet Hvad kræves for at gøre data søgbare online? Kobling (mapping) af datasæts felter/kolonner med Darwin Core 2 skema standarden – Minimum: artsnavn men også gerne indsamler, indsamlingsår, -sted osv. (47 felter) Rensning og evt. Konvertering af data til Darwin Core format (årstal 19? ; 199? ; formatering af georeference) Dan. BIF vil bistå under hele forløbet! Eksport af datasæt til tekstfilformat Oprettelse af struktur v. angivelse af standard oplysninger OM datasættet på Dan. BIF provider serveren – Foregår decentralt via Internettet – Inkl. standardoplysninger om dataleverandøren - Hvorfra kommer datasættet? Uploading af datasættet i tekstfilformat til Dan. BIF provider serveren under den struktur oprettet i forrige punkt Frigivelse af datasættet til offentliggørelse, f. eks. global søgning via GBIF portalen 24

Data Exchange Format: Darwin Core 2 – XML skema for data udveksling, e. g.

Data Exchange Format: Darwin Core 2 – XML skema for data udveksling, e. g. ved forespørgsler fra bruger – Passende for samlinger og observationsdata * = required element – 48 koncepter (data elementer): Date. Last. Modified * Institution. Code * Collection. Code * Catalog. Number * Scientific. Name * Basis. Of. Record Kingdom Phylum Class Order Family Genus Species Subspecies Scientific. Name. Author Identified. By Year. Identified Month. Identified Day. Identified Type. Status Collector. Number Field. Number Collector Year. Collected Month. Collected Day. Collected Julian. Day Time. Of. Day Continent. Ocean Country State. Province County Locality Longitude Latitude Coordinate. Precision Bounding. Box Minimum. Elevation Maximum. Elevation Minimum. Depth Maximum. Depth Sex Preparation. Type Individual. Count Related. Catalog. Item Notes Previous. Catalog. Number Relationship. Type 25

Fremtiden Data vil blive sikkert forvaltet, katalogiseret og vedligeholdt på Dan. BIF serveren Udover

Fremtiden Data vil blive sikkert forvaltet, katalogiseret og vedligeholdt på Dan. BIF serveren Udover GBIF, vil data fra Dan. BIF serveren kunne gøres søgbare på Dan. BIF portalen og/eller andre, e. g. miljøportalen 26

Fremtiden Data bliver beriget ved rensning, intelligent indeksering, og sammenstilling med andre typer data

Fremtiden Data bliver beriget ved rensning, intelligent indeksering, og sammenstilling med andre typer data På sigt vil kunne udvikles software der muliggør udnyttelse af datagrundlaget i mange andre sammenhænge: – så man f. eks. kun arbejder med danske data fra amter, f. eks. via miljøportalen 27

Eksempler på Internetportaler Fishbase - http: //www. fishbase. org/search. cfm Freshwater Life - http:

Eksempler på Internetportaler Fishbase - http: //www. fishbase. org/search. cfm Freshwater Life - http: //www. freshwaterlife. info EEA - http: //local. da. eea. eu. int/ NBN, UK, GBIF knudepunkt - http: //www. nbn. org. uk/ Artportalen, Sverige - http: //artportalen. se/ 28

Dan. BIF – www. danbif. dk Tak for opmærksomheden SPØRGSMÅL? 29

Dan. BIF – www. danbif. dk Tak for opmærksomheden SPØRGSMÅL? 29