Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

Asam nukleat merupakan makromolekul dlm inti sel yg mengandung semua informasi untuk aktivitas maupun reproduksi sel. Berperan: a) Menyimpan informasi genetik b) Proses replikasi dan transkripsi Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

Nukleotida Asam nukleat dibentuk dari nukleotida yg memiliki suatu gula, basa nitrogen, dan fosfat. Base PO 4 Sugar Nukleosida Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

Molekul Gula pada Nukleotida Ribosa merupakan penyusun utama DNA 2 -Deoksiribosa merupakan molekul gula pada DNA Perhatikan: Ikatan gula ribosa dengan basa nitrogen (pada atom karbon nomor 1). Ikatan gula ribosa dengan gugus fosfat (pada atom karbon nomor 5). Gugus hidroksil pada atom karbon nomor 2 Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

Basa Nitrogen Basa nitrogen berikatan dengan ikatan-β pada atom karbon nomor 1' dari gula ribosa atau deoksiribosa. Pirimidin berikatan ke gula ribosa pada atom N-1 dari struktur cincinnya. Purin berikatan ke gula ribosa pada atom N-9 dari struktur cincinnya. Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

Ribonukleotida – penyusun RNA Gula ribosa yang berikatan dengan basa nitrogen (dalam contoh di samping adalah suatu pirimidin, urasil dan sitosin) pada atom karbon nomor 1‘nya disebut ribonukleosida (dalam contoh di samping adalah uridin dan sitidin). Ribonukleosida yang terfosforilasi pada atom karbon nomor 5‘nya disebut ribonukleotida (dalam contoh di samping adalah uridilat atau sitidilat) Penyampaian ribonukleotida biasanya dalam bentuk singkatan (misalnya) U, atau UMP (uridin monofosfat) Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

Ribonukleotida utama: Perhatikan atom N 9 (pada purin) dan N 1 (pada pirimidin) yang berikatan dengan atom C nomor 1’ dari ribosa Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

Deoksiribonukleotida – penyusun DNA Gula 2'-deoksiribosa yang berikatan dengan basa nitrogen (dalam contoh di samping adalah purin; adenin dan guanin) pada atom karbon nomor 1‘nya disebut deoksiribonukleosida (dalam contoh di samping adalah deoksiadenosin dan deoksiguanosine). Deoksiribonukleosida yang terfosforilasi pada atom karbon nomor 5‘nya disebut deoksiribonukleotida (dalam contoh di samping adalah deoksiadenilat dan deoksiguanilat). Penyampaian deoksiribonukleotida biasanya dalam bentuk singkatan (misalnya) A, atau d. A (deoksi. A), atau d. AMP (deoksiadenosin monofosfat) Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

Deoksiribonukleotida Utama: Perhatikan atom N 9 (pada purin) dan N 1 (pada pirimidin) yang berikatan dengan atom C nomor 1’ dari ribosa Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

Penamaan Nukleotida: Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

Penamaan Nukleotida: Nukleosida Difosfat dan Nukleosida trifosfat Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

Senyawa Siklik AMP, Adenosin 3` -monofosfat, dan Adenosin 2`, 3`monofosfat Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

Struktur Primer DNA dan RNA A, G, T, C DNA A, G, U, C RNA ikatan phosphodiester Ikatan kovalen yang terjadi antara gugus phosphate pada satu nukleotida, dengan gugus OH pada nukleotida lainnya. Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

Struktur tulang punggung DNA, RNA DNA: 5’-ACGTA-3’ /p. Ap. Cp. Gp. Tp. A RNA: 5’-ACGTA-3’ /p. Ap. Cp. Gp. Tp. A ? ? Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

Struktur sekunder DNA dan RNA Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

ANALISIS DNA

Ekstraksi DNA Lisis dinding sel dan membran sentrifugasi Pengendapan DNA oleh isopropanol Sentrifugasi kembali larutkan DNA Cuci DNA dengan etanol

Kualitas DNA 12, 000 bp Ukuran DNA genom dr beberapa Species (kbp) E. Coli Yeast Fruit Fly Human Pea 4, 640, 000 bp 12, 100, 000 bp 140, 000 bp 3, 000, 000 bp 4, 800, 000 bp Wheat 17, 000, 000 bp 1 kbp and 100 bp ladders Genomic DNA of 5 species of cereals

DNA plasmid

Kualitas DNA Ladder A B C D E Intensitas rendah Jumlah sedikit/tipis Tdk ada pemurnian phenol RNA

Konsentrasi DNA 260 Optical Density Spektrofotometer (UV): 260 nm. Wave Length

Total RNA, diisolasi dari jaringan tikus menggunakan EXT-0003 lane 1: total RNA bag Otak. lane 2: total RNA bag hati lane 3: total RNA bag paru-paru lane 4: total RNA bag limpa Pita r. RNA (ada 2, ukuran besar dan kecil), smear kemungkinan m. RNA dgn berbagai ukuran. Pita yg Paling bawah t. RNA Total RNA: r. RNA, t. RNA, dan m. RNA Kira-kira 95 -98% adalah r. RNA Total RNA terlihat baik, bila proses ekstraksi baik

Aplikasi DNA Ubur-ubur goresan bakteri mengekspresikan GFP Struktur 3 D GFP (Green Fluorescent Protein) GFP Pada Macaca GFP Pada Mencit Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB