Contare e ordinare files di testo Per contare

Contare e ordinare files di testo Per contare i caratteri, le righe e le parole in un file di testo wc (word count) % wc human_proteins. fa % cat human_proteins. fa | wc Conta le parole nel file % ls | wc Conta i file nella directory corrente Per ordinare le righe di un file: sort % sort file 1 > file 2 % comando 1 | sort L’ordinamento è in base ai caratteri. Per un ordinamento numerico: % sort -n file 1 > file 2

Ricerca di parole e pattern: grep Cerca la parola ‘hypothetical’ in un file di testo % grep hypothetical human_proteins. fa La ricerca è case sensitive. per cercare Hypothetical o HYPOTHETICAL % grep -i hypothetical human_proteins. txt Altre opzioni importanti: -v Mostra solo le righe che NOT contengono la parola -n Mostra anche il numero di riga in cui compare la parola -c Mostra solo il conto delle righe in cui compare la parola -w Mostra solo i match esatti Selezione di porzioni di file con grep % grep -2 hypothetical human_proteins. fa (mostra 5 righe. Le due precedenti e le due successive alla parola cercata) % grep -A 2 hypothetical human_proteins. txt (mostra 3 righe. Le due successive alla parola cercata) % grep -B 2 hypothetical human_proteins. txt (mostra 3 righe. Le due precedenti alla parola cercata)

Caratteri speciali e espressioni regolari Usare grep -E per le espressioni regolari. [] | Un carattere qualsiasi Un insieme di caratteri [az] a oppure z. [a-z] tutti i caratteri minuscoli dalla a alla z [^az] né a né z. [^a-z] tutti i caratteri tranne le minuscole Oppure ‘kinase|phosphorylase’ * + ? {m} {m, n} Un qualsiasi numero di volte Una o più volte Zero o una volta m volte Almeno m e non più di n ^ $ Inizio riga Fine riga