ComputerAided Molecular Modeling CAMM Research Center Kansai June

計算化学的手法を用いた新規な蛋白質結合分子の探索 関西分子設計研究会 Computer-Aided Molecular Modeling (CAMM) Research Center Kansai 合田　圭吾 June 2002 Keigo Gohda / CAMM-Kansai 1

実際例：　方法 Virtual Screening　 　Tool：　DOCK 4. 0 　3 D DB：　・購入可能な低分子化合物 　ライブラリ 　（Maybridge、SALOR等） 　　　　　　　・CORINA 2. 6で 3 D構造生成 　　　　　　　・約36万3 D化合物データセット 　のうち、ランダムに選んだ 　1000化合物 Docking Simulation 　Tool：　Auto. Dock 3. 0 OHT + 1000化合物 DOCK 1 st screening rigid search DOCK 2 nd screening flexible search Auto. Dock simulation HW SGI O 2 R 5000 (180 MHz) OHTのランク？ June 2002 Keigo Gohda / CAMM-Kansai 5

実際例：　結果（DOCK virtual screening） 1 st screening　（rigid search） OHT　354位 / 1000化合物 2 nd screening　（flexible search） OHT　58位 / 500化合物 1. BLT 00023 2. BR 00129 3. BTB 00333 -27. 0 kcal/mol -26. 6 1. BLT 00019 2. BTB 00244 3. BLT 00039 -31. 1 kcal/mol -30. 6 -29. 8 354. OHT -12. 9 58. OHT -24. 7 CPU 6秒 / 1分子 June 2002 CPU 58秒 / 1分子 Keigo Gohda / CAMM-Kansai 8

実際例：　結果（Auto. Dock docking simulation） Auto. Dock: Top 10 from 2 nd DOCK with OHT、 LGA (10 runs) BLT 00019 BTB 00244 BLT 00039 OHT DOCK kcal/mol -31. 1 -30. 6 -29. 8 -24. 7 Auto. Dock kcal/mol -7. 83 -7. 76 -7. 37 -9. 07 最安定構造（緑）　vs　X線構造（青） June 2002 Keigo Gohda / CAMM-Kansai 9