Comparative Genomic Hybridization CGH CGH is a molecular

Comparative Genomic Hybridization (CGH) CGH is a molecular cytogenetic method of screening a tumor for genetic changes. The alterations are classified as DNA gains and losses and reveal a characteristic pattern that includes mutations at chromosomal and subchromosomal levels.

Small cell lung carcinoma Anomalies cytogénétiques: délétions (vert) ou duplications (rouge) Méthode d’évaluation d’anomalies de plus petites tailles: CGH-array

PRINCIPE DE LA TECHNIQUE DE CGH-ARRAY Mélange, blocage des séquences répétées et co-hybridation marquage ADN de référence ADN test (maladie génétique, cellules cancéreuses) Scan Mesure des intensités de fluorescence Clone délétés dans l’ADN à tester Clone « normaux » dans l’ADN à tester Clone amplifiés dans l’ADN à tester Patients hétérozygotes Patients homozygotes Log 2 Cy 5/Cy 3 0 0, 5 1 1. 5 2. 0 X -1 0 0. 6 1

Exemple Gène CREBBP (16 p 13. 3) responsable du syndrome de Rubinstein -Taybi Tel Cen 31 15 b 15 a 15 15 c 19 13 14 14 12 11 a 11 11 b 6 10 3 9 1 2 8 a 8 b 8 8 d 8 c 7 6 5 3 a 3 4 3 b 2 1 a 1 Cen Produits de PCR (1 -1, 5 kb) Cosmides RT 102 RT 100 RT 203 RT 191 RT 166

Résultats patients # 34/cosmides Tel Cen 31 19 14 6 RT 102 RT 100 Cosmides 3 1 2 RT 203 RT 191 RT 166

Résultats patients 34/produits PCR Gène CREBBP (16 p 13. 3) responsable du syndrome de Rubinstein -Taybi Tel Cen 31 15 b 15 a 15 15 c 19 12 a 14 13 12 b 14 11 a 11 11 b 6 10 3 9 8 a 8 b 8 8 d 8 c 1 2 7 6 5 3 a 3 4 3 b 2 1 a 1 Cen

Detection and mapping of single-copy intrachromosomal losses on chromosome 18 q with CGH arrays Barrett, Michael T. et al. (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101, 17765 -17770 Copyright © 2004 by the National Academy of Sciences

Remerciements • Christophe Rothan, UMR Physiologie Biotechnologie Végétales, IBVI – INRA Bordeaux • Anja Knoll-Gellida, UMR « Nuages » , Université Bordeaux 1 • Marianne Stef, Laboratoire de Génétique Humaine, Développement et Cancer, UB 2 • Béatrice Turcq, Laboratoire Hématologie, UB 2