CAPTULO 4 FUENTES DE DATOS EN ANTROPOGENTICA Bases

CAPÍTULO 4. FUENTES DE DATOS EN ANTROPOGENÉTICA - Bases de datos del NCBI. - Bases de datos de frecuencias y secuencias. - Otros datos.

Bases de datos del NCBI Una parte muy importante de la información sobre diferentes aspectos del genoma humano que es interesante en Antropogenética, se encuentra en la página del NCBI (National Center for Biotechnology Information), (https: //www. ncbi. nlm. nih. gov/).

Bases de datos del NCBI Entre los recursos más útiles se encuentran las bases de datos bibliográficas, especialmente en la opción Pub. Med.

Bases de datos del NCBI Pub. Med permite realizar búsquedas exhaustivas de bibliografía en revistas con índice de impacto. Si el manuscrito es accesible, aparece un enlace a la revista.

Bases de datos del NCBI En esta base de datos se encuentra la secuencia completa del genoma humano, junto al de otras especies. Puede buscarse la ubicación de una secuencia determinada con la opción Nucleotide

Bases de datos del NCBI Hay disponibles algunas herramientas, como Primer-BLAST, que permite diseñar un par de cebadores para amplificar un fragmento de ADN determinado. ¿Cómo utilizar Primer. BLAST? Práctica O 1

Bases de datos del NCBI Database of Short Genetic Variations (db. SNP) es la base de datos de referencia de todos los SNPs del genoma. Se muestran las regiones flanqueantes, genes próximos, significado clínico, etc. y en sucesivos enlaces pueden encontrarse mapas, frecuencias poblacionales, bibliografía, etc.

Bases de datos del NCBI Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) es una base de datos con información exahustiva sobre todas las enfermedades conocidas con un origen genético.

Bases de datos del NCBI Clin. Var permite encontrar información acerca de las enfermedades asociadas con un gen o un marcador genético.

Bases de datos del NCBI En la base de datos de Genotipos y Fenotipos podemos encontrar genes, SNPs asociados y trabajos con resultados significativos para un gran número de caracteres, patológicos o no.

Bases de datos del NCBI Hay diferentes secciones en función de los tejidos, órganos, etc.

Bases de datos del NCBI En db. Var hay información sobre inserciones Alu y otros elementos de variación estructural del genoma. Hay también información sobre genes, sondas para microarrays, proteínas, etc.

Bases de datos de frecuencias y secuencias 1000 genomes(http: //www. 1000 genomes. org/). La base de datos 1000 genomas incluye la secuencia completa de todos los SNPs de más de 1000 individuos de diferentes continentes. Permite obtener, entre otros recursos, los genotipos individuales de uno o varios SNPs o bien sus frecuencias poblacionales. ¿Cómo obtener y analizar datos de 1000 Genomes? Práctica O 4

Bases de datos de frecuencias y secuencias ALFRED, ALlele FREquency Database (http: //alfred. med. yale. edu/alfred/) Incluye frecuencias alélicas de genes, SNPs, inserciones Alu, STRs, etc. para un gran número de poblaciones

Bases de datos de frecuencias y secuencias YHRD, Y Chromosome Haplotype Reference Database (http: //www. yhrd. org/) Base de datos de STRs y SNPs del cromosoma Y

Bases de datos de frecuencias y secuencias STR Data Base. Short Tandem Repeat DNA Internet Data. Base (http: //www. cstl. nist. gov/div 831/strbase/index. htm) Información exahustiva sobre los STRs del sistema CODIS principalmente, con primers, bibliografía y varias fuentes de frecuencias. También hay algunos programas útiles.

Bases de datos de frecuencias y secuencias ALLST*R. Pueden encontrarse en esta base de datos frecuencias alélicas para un gran número de microsatélites en un gran número de poblaciones.

Bases de datos de frecuencias y secuencias MITOMAP A human mitochondrial genome database (http: //www. mitomap. org/) Base de datos sobre el ADNmt. Incluye la secuencia consenso, mutaciones específicas de continentes, frecuencias por subcontinentes, referencias y enlaces a la base de datos de las secuencias completas individuales del NCBI.

Bases de datos de frecuencias y secuencias Pueden conseguirse secuencias individuales completas de ADNmt a través del NCBI

Bases de datos de frecuencias y secuencias Frecuencias HLA. (http: //www. allelefrequencies. net/) Frecuencias alélicas y haplotípicas de genes HLA

Bases de datos de frecuencias y secuencias A menudo es posible encontrar bases de datos muy interesantes en las páginas de las revistas, como material suplementario de los artículos publicados, o en las páginas de los propios autores. Reich Laboratory – Datasets (https: //reich. hms. harvard. edu/datasets)

Otros datos También existe un número importante de páginas con información sobre grupos étnicos, idiomas y otros aspectos interesantes de poblaciones de todo el mundo. Wikipedia. Lista de grupos étnicos. http: //en. wikipedia. org/wiki/Lists_of_ethnic_groups

Otros datos Ethnologue. (http: //www. ethnologue. com/) Base de datos con todos los idiomas del mundo, incluyendo su distribución y clasificación.