Calcul distribu pour limagerie mdicale JRES 11 Sorina
Calcul distribué pour l'imagerie médicale JRES’ 11 Sorina Pop Rafael Silva Tristan Glatard
Sommaire • Introduction • La plateforme • Amélioration des performances • Résultats • Conclusion Calcul distribué pour l'imagerie médicale JRES’ 11, 22/11/2011 2/15
Introduction • Besoins Partage d’applications et des données Ressources pour le calcul et le stockage • Applications cibles Simulations (images et radiothérapie) Etudes paramétriques • Ressources distribuées et hétérogènes Grille EGI (VO biomed) : 1, 5 PB de stockage et plus de 150 clusters Clusters locaux • Parallélisation Balayage de paramètres Découpage des entrées Partitionnement du nombre d’événements en plusieurs taches indépendantes (Monte-Carlo) Calcul distribué pour l'imagerie médicale JRES’ 11, 22/11/2011 3/15
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Fonctionnalités • Gestion des droits d’utilisateurs Accès aux applications Accès aux données • Transfert de fichiers Gestion d'espaces privés et partagés. • Exécution et suivi de workflows de traitement d’image Accès à des statistiques de performance et utilisation • Catalogue et visualisation de modèles 3 D Calcul distribué pour l'imagerie médicale JRES’ 11, 22/11/2011 5/15
Exécution Web browser Calcul distribué pour l'imagerie médicale JRES’ 11, 22/11/2011 6/15
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Equilibrage de charge (I) Worker : Simule P/n particules Parallélisation statique d'une simulation GATE. Les tâches les plus longues (échouées et re-soumises) pénalisent l'ensemble de la simulation. Calcul distribué pour l'imagerie médicale JRES’ 11, 22/11/2011 8/15
Equilibrage de charge (II) • Figure 2: Parallélisation dynamique d'une Worker : Tant que “stop” non reçu: Simule 1 particule Fin tant que Master : Tant que p ≠ P p ←# particules simulées Fin tant que Stoppe tous les workers simulation Gate. Les temps de terminaison des tâches sont sensiblement identiques et les erreurs n'ont pas besoin de resoumission. Parallélisation dynamique d'une simulation Gate. Les temps de terminaison des tâches sont sensiblement identiques et les erreurs n'ont pas besoin de re-soumission. Calcul distribué pour l'imagerie médicale JRES’ 11, 22/11/2011 9/15
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Utilisation • 70 utilisateurs enregistrés Une quinzaine d’utilisateurs réguliers • Une dizaine d’applications en production Activité des principales applications du 01/01/11 au 01/09/11 Calcul distribué pour l'imagerie médicale JRES’ 11, 22/11/2011 11/15
Exemples de résultats Etude paramétrique de la perfusion hépatique Simulation avec le logiciel GATE. Simulation échocardiographique obtenue avec le logiciel FIELD-II Calcul distribué pour l'imagerie médicale JRES’ 11, 22/11/2011 12/15
Conclusion • La grille comme outil quotidien De plus en plus d’utilisateurs et d’applications • A améliorer Ordonnancement des dernières tâches Gestion de données Faciliter le portage de nouvelles applications • Accès : https: //vip. creatis. insa-lyon. fr Applications existantes Portage de nouvelles applications • Accès aux ressources de la VO biomed http: //wiki. healthgrid. org/LSVRC: Biomed Calcul distribué pour l'imagerie médicale JRES’ 11, 22/11/2011 13/15
Remerciements • Projets ANR Radiotherapy simulation: h. GATE (2010 -2012) Image simulation: VIP (2010 -2012) • France-Grilles • MOTEUR 2 Johan Montagnat ; CNRS I 3 S • Pilot jobs Jakub T. Moscicki ; CERN A. Tsaregorodtsev, V. Hammar ; CPPM • EGI support https: //gus. fzk. de Calcul distribué pour l'imagerie médicale JRES’ 11, 22/11/2011 14/15
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