Biyolojik Veri Tabanlar Dr Hilal AY Biyolojik veriler

Biyolojik Veri Tabanları Dr. Hilal AY

Biyolojik veriler

Biyolojik veri tabanları https: //academic. oup. com/nar

Biyolojik veri tabanları Birincil veri tabanları İkincil veri tabanları Nükleik asit dizileri Prosite Protein dizileri PRINTS Pfam Interpro

Dosya formatı? Düz dosya formatı ASCII (American Standard Code for Information Interchange)

Gen. Bank - https: //www. ncbi. nlm. nih. gov/genbank/

Gen. Bank

Gen. Bank’a veri girişi

Gen. Bank – Entrez

EMBL - European Molecular Biology Laboratory

EMBL – ENA

DDBJ – DNA Data Bank of Japan

Nükleotid dizileri veri tabanları

Protein dizi veri tabanları Uni. Prot NCBI • Protein dizileri • İfade profilleri • İkincil yapı tahmini • Biyolojik/biyokimyasal işlev analizi

Uni. Prot - https: //www. uniprot. org/ SIB EBI Georgetown Üniversitesi Uni. Prot

Uni. Prot - https: //www. uniprot. org/

Uni. Prot - https: //www. uniprot. org/ Uni. Prot. KB (Uni. Prot Bilgi Tabanı) Uni. Ref (Uni. Prot Referans Kümeler Veri Tabanı) Uni. Parc (Uni. Prot Arşivi)

Uni. Prot. KB • Protein dizileri ve açımlamaları, Uni. Prot Bilgi Tabanında (Uni. Prot. KB) depolanmaktadır. • Uni. Prot. KB, iki erişim alanına ayrılmaktadır. • İlki, otomatik olarak açımlanan dizileri içeren Uni. Prot. KB/Tr. EMBL erişim alanıdır. • Diğeri ise manuel olarak açımlanan ve düzenlenen dizilerin depolandığı Uni. Prot. KB/Swiss. Prot erişim alanıdır. • Haziran 2016 itibariyle Uni. Prot. KB/Tr. EMBL yaklaşık 65 milyon veri girdisi içermektedir. Böylece, yaklaşık 550, 000 girdi içeren Uni. Prot. KB/Swiss. Prot erişim alanından 120 kat daha büyüktür. • Manuel düzenleme özelliği nedeniyle Uni. Prot. KB/Swiss. Prot alanı, en önemli protein veri tabanlarından biri olarak kabul edilmektedir. • Genellikle bu erişim alanı, protein açımlamanın altın standardı olarak ifade edilmektedir.

Uni. Prot. KB

Uni. Ref

NCBI Protein Veri Tabanı

İkincil Veri Tabanları Prosite PRINTS Inter. Pro Pfam

Prosite - https: //prosite. expasy. org/ • Prosite [prosite], İsveç Biyoinformatik Enstitüsü (SIB) [expasy] bünyesinde yerleşim gösteren önemli bir ikincil veri tabanıdır. • Prosite veri tabanında proteinlerin sınıflandırılması, tek korunmuş motifler (ilgili proteinlerde korunmuş ve genellikle proteinin işlevinde önemli bir role sahip kısa dizi bölgeleri (10 -20 aminoasit)) kullanılarak tanımlanmaktadır. • Bilinmeyen proteinlerdeki bu tür dizi motiflerinin aranması, bu proteinlerin, bilinen bir protein ailesi veya işlevi ile ilişkilendirilmesi için ilk ipucunu sağlayabilir.

Prosite - https: //prosite. expasy. org/ 1 2 3 4 56 7 [GSTNE]-[GSTQCR]-[FYW]-{ANW}-x(2)-P • Bu düzenli ifade, yedi aminoasit pozisyonuna sahiptir. • İlk aminoasit glisin, serin, treonin, asparajin veya glutamat olabilir. • İkinci pozisyon glisin, serin, treonin, glutamin, sistein veya arjinin; üçüncü pozisyon ise fenilalanin, tirozin veya triptofan olabilir. • Dördüncü pozisyonda alanin, asparajin ve triptofan dışındaki herhangi bir aminoasit bulunabilir. • Beşinci ve altıncı pozisyonlarda herhangi bir aminoasit bulunmaktadır. • Yedinci pozisyonda ise prolin bulunmaktadır.

PRINTS - http: //130. 88. 97. 239/PRINTS/index. php

Pfam - https: //pfam. xfam. org/

Interpro - https: //www. ebi. ac. uk/interpro/