Biyoinformatie Giri Dr Hilal AY Biyoinformatik nedir Biyotik

Biyoinformatiğe Giriş Dr. Hilal AY

Biyoinformatik nedir? • Biyotik sistemlerde bilgi süreçlerinin çalışılması (Hogeweg 1978)

Biyoinformatik nedir? • Büyük miktardaki biyolojik verinin saklanması, geri çağrılması ve analizi ile ilgilenen bilim dalı (Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü, https: //www. ebi. ac. uk/)

Biyoinformatik nedir? • Biyolojik verilerin anlaşılması ve etkili kullanımı için bilgisayar teknolojisinin uygulanması (İsveç Biyoinformatik Enstitüsü, https: //www. sib. swiss/bioinformatics-for-all/)

Biyoinformatik nedir?

Nükleik asitler Proteinler DNA – genetik bilgiyi taşır RNA – yaşamın hücresel süreçlerini kontrol eden proteinlerin biyosentezine katılır

DNA ve RNA nükleik asitlerinin yapısı Heterosiklik baz Beş karbonlu şeker Fosfat Nükleik asit

DNA ve RNA nükleik asitlerinin yapısı • Antiparalel iki nükleotid zinciri • Hidrojen bağları

• Pürin – Pirimidin • Bazlar arası 0. 34 nm • Dönüş açısı 36°C • Sarmal çapı 2 nm

Genetik bilginin korunumu DNA A T G C Protein 20 farklı aminoasit

Genetik bilginin korunumu

Proteinlerin yapısı Şekil. Aminoasitlerin özellikleri

Proteinlerin yapısı

Proteinlerin yapısı – Birincil yapı

Proteinlerin yapısı – İkincil yapı • Sarmal • Tabaka • Dönüş • İlmek

Proteinlerin yapısı – İkincil yapı • Bir polipeptidin zincir biçimi, aminoasit bileşenlerinin Cα-N bağı (ϕ) ve Cα-C bağı (ψ) etrafındaki bükülme açılarıyla tanımlanabilir.

Ramachandran grafiği

Proteinlerin yapısı – Üçüncül yapı

Proteinlerin yapısı – Dördüncül yapı

Proteinler Şekil. At pankreasından elde edilen lipaz enziminin domeyinlerinin ikincil yapısı (solda sadece Beta-tabakalar, sağda Alfa-sarmal ve Beta-tabakalar. Turuncu zincirler alfa-sarmalları, mor oklar ise beta-tabakaları temsil etmektedir. Üçüncül yapıyı stabilize eden disülfit köprüleri sarı ile gösterilmektedir.

Biyoinformatik çalışmalarının aşamaları Araştırma Entegre etme Biyoinformatik deneyleri Modelleme Karşılaştırma

Araştırma

Karşılaştırma

Modelleme

Entegre etme

NCBI – Gen. Bank veri tabanındaki gelişim