Bioworkbench Pipeline Execution Management System PEMS Eclipse RCP

Bioworkbench 에 적용된 요소 사용자 계층 작업 분배 계층 작업 수행 계층 Pipeline Execution Management System ( PEMS ) Eclipse RCP Job Distribution Management System ( JDMS ) My. SQL Directory Manager 데이터 관리 계층 Job Execution System ( JES ) 작성자 조성웅 작성일자 2008. 03. 28

표현 정리 PIPELINE ACTIVITY START MODULE PIPELINE END MODULE 작성자 조성웅 작성일자 2008. 03. 28

기록 단위 정리 PIPELINE > || EXECUTION MODULE || > STEP > JOB 작성자 조성웅 작성일자 2008. 03. 28

각 단계별 관계도 Development Submission Registration Execution Pipeline Name + Version으로 파이 프라인 구분 Project Pipeline Module Instance New Submission ( Pipeline ) Pipeline Update Submission ( Pipeline ) Instance 작성자 조성웅 작성일자 2008. 03. 28

단계간 XML 관계 정의 Development Submission Registration Execution Project Development 의 Project XML 과 같은 ID 사용 Submission pipeline XML 의 ID와 다른 ID를 생성하여 사용 Registration pipeline XML 과 같은 ID 사용 Pipeline XML Pipeline Module Pipeline Update Pipeline 작성자 조성웅 작성일자 2008. 03. 28

File Data 독립성 및 접근성 정의 DATA FILE Development Update Pipeline Submission Test 시 Development 사용 Registration Execution Update Pipeline 등록을 위해 일시 저장 모든 계층에서 접근 가능 ( 미구현 ) 작성자 조성웅 작성일자 2008. 03. 28

XML - Pipeline <pipeline id=“pipeline-id” name=“pipeline-name” version=“ 0. 1”> <description></description> <activities> <activity id=“activity-id” name=“activity-name” type=“start” x=“ 50” y=“ 50”> <data-link id=“link-id” target=“data-id”/> </activity> <activity id=“activity-id” name=“activity-name” type=“end” x=“ 150” y=“ 50”> <data-link id=“link-id” target=“data-id”/> </activity> <activity id=“activity-id” name=“activity-name” type=“module” x=“ 100” y=“ 50”> <module-link id=“link-id” target=“module-id”/> </activity> </activities> <transition id=“transaction-id” source=“activity-id” target=“activity-id”/> </transitions> <module id=“module-id” name=“module-name” type=“script” script=“python”> <description></description> <input> <data-link id=“link-id” target=“data-id”/> </input> <output/> </module> <module id=“module-id” name=“module-name” type=“cluster” script=“perl”> <description></description> <input> <data-link id=“link-id” target=“data-id”/> </input> <output> <data-link id=“link-id” target=“data-id”/> </output> </module> <module id=“module-id” name=“module-name” type=“pipeline”> <pipeline-link id=“link-id” target=“pipeline-id” location=“external”> <input> <data-connection id=“connection-id” source-id=“pipeline-data-id” source-name=“data-name” target=“data-id”/> </input> </modules> <data id=“data-id” name=“Data Name” type=“string” > <description></description> <default>default value</default> </data> <data id=“data-id” name=“Data Name” type=“file” editable=“false”> <description></description> <default/> </datas> </pipeline> 작성자 조성웅 작성일자 2008. 02. 21