BIOINFORMTICA Docente Paulo Fazendeiro CINCIAS BIOMDICAS ANA CATARINA
BIOINFORMÁTICA Docente: Paulo Fazendeiro CIÊNCIAS BIOMÉDICAS ANA CATARINA DUARTE, Nº 25917 ANDRÉ FERREIRA MOREIRA, Nº 24987 LUÍS DANIEL COSTA, Nº 24768
Ortho. Mam: Uma base de dados de marcadores genómicos ortólogos para mamíferos
BASE DE DADOS ORTHOMAN Criada em 2007. Projecto fruto da parceria de várias instituições … Instituto das Ciências Evolutivas - Montpellier Universidade das Ciências e Técnicas de Montpellier (UMII) – Universidade de Montpellier 2 Centro Nacional da Pesquisa científica - Montpellier Centre de recherche LGI 2 P de l'Ecole des Mines d'Alès Montpellier Sup. Agro
… e investigadores: Emmanuel J. P. Douzery Vincent Ranwez Sylvie Ranwez Frédéric Delsuc Khalid Belkhir Marie-ka TILAK
CONTRIBUIÇÃO DE CADA INVESTIGADOR : Emmanuel J. P. Douzery e Vincent Ranwez: • Iniciaram o estudo; • Conceberam e implementaram o “bioinformatic pipeline”. Vincent Ranwez, Sylvie Ranwez e Khalid Belkhir: • Construíram a base de dados; • Desenharam a Web interface. Marie-ka TILAK: • Efectuou amplificações e sequenciamento por PCR. Emmanuel J. P. Douzery, Frédéric Delsuc e Marie-ka TILAK: • Realizaram as análises filogenéticas. Vincent Ranwez, Frédéric Delsuc e Emmanuel J. P. Douzery : • Escreveram o manuscrito.
OBJECTIVO / FINALIDADE - Criar uma base de dados útil na descodificação da árvore filogenética dos mamíferos placentários a diferentes níveis taxonómicos, de modo a obter uma melhor compreensão da dinâmica evolutiva dos seus genomas, isto é, sobre as forças que moldaram as sequências codificadas em termos de restrições selectivas. - O banco de dados Ortho. Ma. M fornece, assim, uma interface intuitiva para consultar milhares de exões ortólogos de potencial uso na sistemática de mamíferos placentários.
OBJECTIVO / FINALIDADE - Permite, também, uma fácil recuperação de grandes conjuntos de exões ortólogos, conservados entre o genoma de mamíferos, disponíveis para realizar análises filogenómicas. Os descritores evolutivos consideram que os marcadores candidatos são de particular interesse para a escolha do marcador filogenético e para a análise comparativa de evolução molecular na escala do genoma. - O “bioinformatic pipeline” permite vislumbrar que o banco de dados será atualizado dinamicamente numa base regular para acompanhar a evolução do Ensembl e, assim, assegurar a sua exatidão.
EVOLUÇÃO / VERSÕES Versão 1 - 2007 • Baseava-se na versão 41 da base Ens. EMBL; • Possuía informação de 12 espécies. Versão 2 - 2008 • Baseava-se na versão 42 da base Ens. EMBL; • A base de dados alargou-se para 23 espécies; • Foram fornecidos alinhamentos dos aminoácidos; • No entanto, surgiram alguns problemas ao nível da conexão de web, o que provocou a perda de alguns dados. Versão 3 - 2008 • Versão 49 do Ens. EMBL; • 25 espécies; • Encontrou-se a solução e resolveu-se o erro anterior que afectava as versões anteriores, tendo os investigadores concluído em que alguns alinhamentos seria melhor propor sequências não órtologas.
EVOLUÇÃO / VERSÕES Versão 4 - 2008 • Inclui informação sobre CDS (região codificante do gene) /exões. Versão 5 -2009 • Versão 54 da base Ens. EMBL; • A base de dados alargou-se para 33 espécies; • Os marcadores podem ser consultados através do identificador do gene humano correspondente na base de dados Ens. EMBL; • A legibilidade das árvores filogenéticas é aumentada pela coloração taxonómica; • Anotações de genes ficam disponíveis para cada marcador. Versão 6 a - 2010 • Versão 56 da base Ens. EMBL; • A base de dados possui 36 espécies. Versão 6 - 2010 • Foram feitas algumas melhorias e simplificações ao nível da acessibilidade à informação existente na base de dados.
EVOLUÇÃO / VERSÕES Versão 7 – Fevereiro de 2012 (Actual) • • Baseia-se na versão 65 da base Ens. EMBL; Possui informação sobre 39 espécies; Melhoramento dos alinhamentos de sequência. E, vários outros melhoramentos foram feitos.
ESPÉCIES A versão corrente inclui 6 611 exões e 13 111 alinhamentos CDS para as 39 espécies.
Exemplo utilização Ortho. Man • http: //www. orthomam. univ-montp 2. fr/orthomam/html/
BIBLIOGRAFIA • http: //www. orthomam. univ-montp 2. fr/orthomam/html/
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