Bases de datos secundarias Bases de datos secundarias

Bases de datos secundarias

Bases de datos secundarias Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265 -274

Bases de datos secundarias Puedes descargarte la BD http: //prosite. expasy. org/

Bases de datos secundarias Información almacenada en PROSITE

Bases de datos secundarias - La información de un fichero DAT está organizada en campos definidos por las dos primeras letras de cada línea - Esta información es utilizada por los programas de ordenador que buscan regiones conservadas en una secuencia Información registrada en un Fichero. DAT

Bases de datos secundarias Registro PROSITE. DAT con un patrón (en formato plano)

Bases de datos secundarias Registro PROSITE. DAT con formato PROSITE

Bases de datos secundarias Registro PROSITE. DAT con formato Nice Site (1)

Bases de datos secundarias Registro PROSITE. DAT con formato Nice Site (2)

Bases de datos secundarias Los registros PROSITE. DOC

Bases de datos secundarias Códigos ID 1. - Descripción de las características de la familia o dominio, junto con una lista de las proteínas que lo contienen 2. - La sección técnica describe el patrón o perfil conservado. 3. - Referencias bibliográficas Estructura de un registro PROSITE. DOC (formato plano)

Bases de datos secundarias Descripción Parte técnica Referencias Registro PROSITE. DOC con formato PROSITE

Bases de datos secundarias Registro PROSITE. DOC con formato Nice Site (1)

Bases de datos secundarias El patrón Puedes ir directamente a la parte del registro. DOC que te interesa Puedes ver el logo Registro PROSITE. DOC con formato Nice Site (2)

Bases de datos secundarias Logo del patrón almacenado en PROSITE

Bases de datos secundarias PROSITE también almacena perfiles

Bases de datos secundarias Construcción de perfiles

Bases de datos secundarias Registro PROSITE. DAT que contiene un perfil en formato plano (1)

Bases de datos secundarias Registro PROSITE. DAT que contiene un perfil en formato plano (2)

Bases de datos secundarias Distintos estados M (match) e I (insertion) Penalizaciones aplicadas por defecto a la introduccion de inserciones o deleciones y a sus extensiones Puntuaciones específicas para cada posición Región más tolerante a la presencia de indels Ejemplo de un perfil de PROSITE (PS 50002)

Bases de datos secundarias Registro PROSITE. DAT con un perfil, en formato PROSITE (1)

Bases de datos secundarias Registro PROSITE. DAT con un perfil, en formato PROSITE (2)

Bases de datos secundarias Registro PROSITE. DAT con un perfil, en formato Nice Site (1)

Bases de datos secundarias Registro PROSITE. DAT con un perfil, en formato Nice Site (2)

Bases de datos secundarias Formato plano Formato PROSITE Registro PROSITE. DOC de un perfil

Bases de datos secundarias Registro PROSITE. DOC de un perfil con formato Nice Site (1)

Bases de datos secundarias Registro PROSITE. DOC de un perfil con formato Nice Site (2)

Bases de datos secundarias Registro PROSITE. DOC de un perfil con formato Nice Site (3)

Bases de datos secundarias Las reglas de PRORULE permiten generar anotaciones de forma automática. PRORULE: Las reglas de PROSITE

Bases de datos secundarias http: //prosite. expasy. org/prorule. html Puedes ver los registros de PRORULE según diversos criterios Introduce aquí el código de acceso de la regla o una palabra clave Cómo utilizar PRORULE

Bases de datos secundarias Fichero. DAT de una regla

Bases de datos secundarias Fichero de una regla en formato Nice Site

Bases de datos secundarias Puedes ver los registros de la BD según diversos criterios Acceso directo a un registro de la BD (introduciendo un código o una palabra clave) Acceso directo a un registro de PROSITE

Bases de datos secundarias Introduce aquí el nombre de un dominio: leucine zipper 1. - Búsqueda de un dominio por palabras clave

Bases de datos secundarias Pincha aquí para acceder a la información sobre el dominio (el fichero. DOC) PROSITE: Resultado de la búsqueda

Bases de datos secundarias Pincha aquí para ver el patrón o el perfil (el fichero. DAT) El fichero. DOC contiene información sobre el dominio

Bases de datos secundarias El fichero. DAT describe el perfil del dominio

Bases de datos secundarias http: //prosite. expasy. org/scanprosite/

Bases de datos secundarias Introduce aquí una secuencia en formato FASTA (o un identificador válido) 1. - Búsqueda rápida

Bases de datos secundarias Resultado de la búsqueda (1)

Bases de datos secundarias Ha encontrado dos perfiles Pincha aquí para acceder a la documentación del perfil También ha encontrado dos patrones Resultado de la búsqueda (2)

Bases de datos secundarias Ha encontrado dos patrones Pincha aquí para acceder a la documentación del patrón Resultado de la búsqueda (3)

Bases de datos secundarias 2. - Búsqueda avanzada

Bases de datos secundarias Option 1 - Submit PROTEIN sequences to scan them against the PROSITE collection of motifs Scan Prosite (Búsqueda avanzada) – Opción 1

Bases de datos secundarias Option 2 - Submit MOTIFS to scan them against a PROTEIN sequence database. Scan Prosite (Búsqueda avanzada) – Opción 2

Bases de datos secundarias Option 3 - Submit PROTEIN sequences and MOTIFS to scan them against each other. Scan Prosite (Búsqueda avanzada) – Opción 3

Bases de datos secundarias

Bases de datos secundarias Nucleic Acids Research 29 (2001): 202 -204

Bases de datos secundarias Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95 (1998): 5865 -5871

Bases de datos secundarias http: //motif. stanford. edu/distributions/emotif/ Puedes bajarte el software EMOTIF

Bases de datos secundarias Programas incluidos en el software EMOTIF