Aratrma sonularnn tekrarlanabilirlii https doi org10 5281zenodo 3695300

Araştırma sonuçlarının tekrarlanabilirliği https: //doi. org/10. 5281/zenodo. 3695300 This image was created by Scriberia for The Turing Way community and is used under a CC-BY licence. Veri Yöneticisi (Data Steward) @ TU Delft y. turkyilmaz-vandervelden@tudelft. nl Twitter: @Yasemin. Turkyilm |ORCID i. D: 0000 -0003 -2562 -0452 Yansılar için: https: //doi. org/10. 5281/zenodo. 4113958

Kendim hakkında Lisans Biyoloji ODTÜ Yüksek Lisans Doktora Moleküler Genetik Bölümü Hastalıkların Moleküler Mekanizmaları Erasmus Üniversitesi Rotterdam Radboud Üniversitesi Nijmegen UV ışını kaynaklı DNA hasar & tamiri Viroloji & Kök hücre

Kendim hakkında Veri Yöneticisi TU Delft Üniversitesi Güvenli veri saklama ve paylaşma Öneri Veri Ücret Yönetim Arşivleme hesaplama Planı Mevcut veri arşivleri hakkında bilgi Çalıştay ve seminerler Öneri ve Destek Uygunluk Fon veren kuruluş yayımcı, üniversite politikaları Araçlar Eğitim Veri ve yazılım yönetimi https: //www. tudelft. nl/en/library/current-topics/research-data-management/data-stewardship/

Ortada bir tekrarlanabilirlik krizi var mı? Bilmiyorum Evet, ciddi bir kriz Hayır, ortada bir kriz yok Evet, hafif bir kriz Nature 533, 452– 454 (26 May 2016) doi: 10. 1038/533452 a

Bir deneyi tekrarlamayı başaramadınız oldu mu? Bir başkasının deneylerini Kendi deneylerimi Nature 533, 452– 454 (26 May 2016) doi: 10. 1038/533452 a

Araştırmaların tekrarlanamamasına hangi faktörler sebep oluyor? Seçici raporlama Yayın baskısı Nature 533, 452– 454 (26 May 2016) doi: 10. 1038/533452 a

Yayınla ya da Yok Ol Copyright: https: //velica. deviantart. com/art/Publish-or-Perish-645355248

Ön kayıt (Preregisteration) Ön kayıt nedir? ● Araştırma planının veri toplamaya başlamadan önce oluşturulan zaman damgalı, salt okunur bir sürümü ○ Open Science Framework ○ As. Predicted https: //www. cos. io/initiatives/prereg

Kayıtlı Raporlar (Registered Reports) Fikir geliştirme Çalışmayı tasarlama Veri toplama ve analiz etme 1. Aşama Hakem değerlendirmesi ● Raporu yazma Raporu yayınlama 2. Aşama Hakem değerlendirmesi 264 Akademik Dergi https: //www. cos. io/initiatives/registered-reports

Araştırmaların tekrarlanamamasına hangi faktörler sebep oluyor? Metodoloji ve kod erişilebilir değil Ham veri erişilebilir değil Nature 533, 452– 454 (26 May 2016) doi: 10. 1038/533452 a

Araştırmaların tekrarlanamamasına hangi faktörler sebep oluyor? • Bilim ancak birbirimizin sonuçlarının üzerine inşa edebilirsek ilerleyebilen bir süreç • Mevcut sonuçların doğrulanması ve tekrarlanması bu süreçteki ilk adım Metodoloji ve kod erişilebilir değil Ham veri erişilebilir değil Nature 533, 452– 454 (26 May 2016) doi: 10. 1038/533452 a

Araştırmaların tekrarlanamamasına hangi faktörler sebep oluyor? • Makalelerde yayınlanan veriler doğrulama, tekrarlama veya yeniden kullanım için erişime açık mı? • Peki verilerin toplanması ve analizi esnasında izlenen metodoloji yeteri kadar açık bir şekilde paylaşılıyor mu? Metodoloji ve kod erişilebilir değil Ham veri erişilebilir değil Nature 533, 452– 454 (26 May 2016) doi: 10. 1038/533452 a

"İstek üzerine" paylaşılabilir olan verilere erişilemiyor • Verilerin erişilebilirliği her sene 17% oranında düşüyor • E-posta adreslerinin ulaşılabilirliği her sene 7% oranında düşüyor http: //dx. doi. org/10. 1016/j. cub. 2013. 11. 014

"İstek üzerine" paylaşılabilir olan verilere erişilemiyor • Verilerin erişilebilirliği her sene 17% oranında düşüyor • E-posta adreslerinin ulaşılabilirliği her sene 7% oranında düşüyor https: //orcid. org/ http: //dx. doi. org/10. 1016/j. cub. 2013. 11. 014

"İstek üzerine" paylaşılabilir olan verilere erişilemiyor • Verilerin erişilebilirliği her sene 17% oranında düşüyor • E-posta adreslerinin ulaşılabilirliği her sene 7% oranında düşüyor Peki "istek üzerine" paylaşmanın alternatifi nedir? http: //dx. doi. org/10. 1016/j. cub. 2013. 11. 014

Peki "istek üzerine" paylaşmanın alternatifi nedir? Veri arşivleme http: //www. re 3 data. org/ Genel kullanımlı arşivler Konu arşivleri https: //libguides. ku. edu. tr/c. php? g=678674&p=4836570

Peki "istek üzerine" paylaşmanın alternatifi nedir? https: //doi. org/10. 1016/j. msea. 2019. 03. 055

Peki "istek üzerine" paylaşmanın alternatifi nedir? DOI: Digital Object Identifier Dijital Nesne Tanımlayıcı https: //doi. org/10. 4121/uuid: 67 e 93016 -8 a 24 -4381 -880 c-073975797 eac

Peki "istek üzerine" paylaşmanın alternatifi nedir? DOI: Digital Object Identifier Dijital Nesne Tanımlayıcı Sadece makalelerden değil, veri setlerinden de atıf Daha fazla görünürlük ve etki https: //doi. org/10. 4121/uuid: 67 e 93016 -8 a 24 -4381 -880 c-073975797 eac

Peki "istek üzerine" paylaşmanın alternatifi nedir? Yazılım arşivleme Sürüm (versiyon) kontrolü sistemi Git Depoları için barındırma hizmeti https: //guides. github. com/activities/citable-code/ Tüm araştırma çıktıları için arşiv

Peki "istek üzerine" paylaşmanın alternatifi nedir? Deney protokolü arşivleme Ayrıntılar için yazarla iletişime geçin Bu ve benzeri yayınlarda bildirilen yöntemin biraz değiştirilmiş bir versiyonunu kullanıyoruz https: //www. youtube. com/watch? v=84 B 8 P 6 BAOg. M https: //www. protocols. io/

Açık Veri Lisansları https: //creativecommons. org/choose/? lang=tr

Açık Kaynak Kodlu Yazılım Lisansları https: //choosealicense. com/

Verinin tanımlanması Makine tarafından okunabilen • Üst veri (metadata) (veri hakkında veri): – Tanımlayıcı bilgiler – Genel konulu ve çalışılan konu alanı için üst veri standartları https: //acikveri. ulakbim. gov. tr/acik-veri-acik-bilim/bolum-3 -veri-isleme/3 -5 -verinin-tanimlanmasi/

Verinin tanımlanması İnsan tarafından okunabilen • Beni. Oku (Read. Me) dosyası: – Veri üretimi ve analizi esnasında kullanılan metodoloji – Veriyi tanımlayıcı bilgiler (parametreler, değişkenler, sütun başlıkları, kullanılan semboller…) https: //data. research. cornell. edu/content/readme

Elektronik Laboratuar Defterleri Illustrated by Connie Clare • Dijital dokümantasyon, kategorizasyon ve bağlantı • Ham ve işlenmiş veriler • Deneysel ve ölçüm parametreleri • Fiziksel örnekler • Arama yapmak mümkün • Sürüm kontrolü https: //openworking. wordpress. com/2018/05/21/event-report-digital-notebooks-productivity-tools-for-researchers-on-15 -03 -2018/ https: //openworking. wordpress. com/2019/07/05/keep-calm-and-go-paperless-electronic-lab-notebooks-can-improve-your-research/

Jupyter Defteri, ● denklemler, görselleştirmeler, dokümantasyon ve canlı kod içerir ● etkileşimli olarak yürütülebilir. ● Veri analizinde şeffaflık ● Tekrarlanabilirlik ● Tüm iş akışının dokümantasyonu sağlar. Ainsworth, Rachael. (2018, October). Reproducibility and Open Science. Zenodo. http: //doi. org/10. 5281/zenodo. 1464853

http: //www. veridefteri. com/? s=jupyter

Veri Yönetim Planı • Yeni bir araştırmaya başlamadan hazırlanan ve veri yaşam döngüsündeki her bir adımın nasıl gerçekleştirileceğinin anlatıldığı dokümandır. • Ufuk 2020 dahil pek çok fon veren kuruluş ve enstitü tarafından kullanımı beklenmektedir. https: //acikveri. ulakbim. gov. tr/acik-veri-acik-bilim/bolum-2 -arastirma-verisi-hazirlama-sureci/2 -2 -veri-yonetimininplanlanmasi/

https: //doi. org/10. 1016/j. patter. 2020. 100099 Turing Way, tekrarlanabilir, etik, kapsayıcı ve işbirliğine dayalı veri bilimi için açık kaynaklı, topluluk odaklı bir kılavuz. https: //the-turing-way. netlify. app/welcome ● ● ● Dünya genelinde araştırmacılara temel kodlama ve veri bilimi becerileri öğretmek İşbirliği içinde geliştirilen derslere açıkça erişmek mümkün https: //carpentries. org/

Tekrarlanabilir şekilde çalışmak için beş bencil neden https: //doi. org/10. 1186/s 13059 -015 -0850 -7 ● Neden 1: felaketten kaçınmaya yardımcı olur ● Neden 2: makale yazmayı kolaylaştırır ● Neden 3: çalışmanızı değerlendiren hakemlerin sizin açınızdan görmesine yardımcı olur ● Neden 4: çalışmanızın sürekliliğini sağlar ● Neden 5: itibarınızı oluşturmanıza yardımcı olur

Teşekkürler! Sorularınız var mı? Rainbow of open science practices | Açık bilim uygulamalarının gökkuşağı https: //doi. org/10. 5281/zenodo. 1147025 Yansılar icin: https: //doi. org/10. 5281/zenodo. 4113958