An Integrated Tool of BioinformaticsVector NTI Speaker ShihChieh
An Integrated Tool of Bioinformatics-Vector NTI 成功大學生物資訊中心 Speaker: Shih-Chieh Lin
Why should I use Vector NTI ? • User friendly • Consistent Multi-Interface Pane Interface in All Applications • Easy to understand • Easy to manage • Powerful Illustration Tools for Publication Quality Graphics
What can Vector NTI help you ? • • • Sequence annotation Compare sequence results Help you design primer Verify your original sequence result Map construction
Sequence Annotation
Forward 1 & Reverse 1: amplify Wild type & Variant 1 (113 & 229 bp) Forward 2 & Reverse 2: amplify Wild type & Variant 2 (504 & 162 bp )
Application of Align. X
Map Construction
Introduction • • • How to use Vector NTI How to annotate and analyze your sequence ? Primer design and Oligo analyze Align. X Contig Express How to construct your map
Function of Vector NTI • Bio. Anotator • Align. X • Contig Express • • Blast Search Pub. Med Search Citation Viewer 3 -D Mol
Vector NTI web-resource • http: //www. basic. northwestern. edu/Vector. N TI/Documentation/Vector. NTI/ • http: //www. invitrogen. com/content. cfm? pag eid=10352
打開: 開始 → 程式集→ Infor. Max → Vector NTI Suite 8. 0 →Vector NTI Explorer
如何輸入你有興趣的Sequence file至Vector NTI Database Method One : Copy & Past 滑鼠點選Vector NTI Explorer左上角”Table” 選擇”New” 再點選”Molecule”
按下Molecule之後會出現此畫面 輸入Sequence名稱 再點選DNA/RNA Molecule
再點選 Edit Sequence
Method Two : Retrieve from NCBI 至NCBI Search選擇Nucleotide 打入欲搜尋之序列名稱 點入結果
將網頁下拉至Genomic region, transcripts, and products 點選 NM ID 點選GENEBANK接著按下即可
接著到Vector NTI Explorer點選 Import 選擇 Molecule from Text file 選擇 Gen. Bank 按OK
只要是圖形檔按此鍵 預覽列印 可將圖形貼至PPT or Word Text pane Add feature Picture pane 圖形 Setup Sequence pane 按了之後執行的功能為 該 pane 所有 Molecule Setup Find Sequence 按此鍵後可以移動圖 形上文字的部分
How to annotate your sequence ? 1. 首先找到你想要Annotate的區域 點選 Edit 再選擇 Find Sequence (記得滑鼠要先點在Sequence區域, Find Sequence此功能才會出現)
再點選 Edit 選擇 New 再選 add Feature To Map 按下左鍵
如何Insert Sequence Ex: 欲insert region 首先先找到你想要Insert的位置 選擇 New 再點選 Insert Sequence 按下左鍵
打上欲Insert的sequence 按下OK即可
Predict Restriction Site in your sequence 首先進入Vector NTI Explorer 左上角選擇 Enzymes 此時會list出所有的 RE Enzymes 可以自己建立目前 lab最常用的 vector RE subbase 滑鼠按住 左鍵往左拉至subbase內即可
再來點選Vector NTI上的 Analyzes Restriction sites
How to analyze your sequence? 點選 Analyzes Bio. Annoator Analyze Selected Molecule
Primer Design 首先先將欲設計Primer 的region圈選出來 再來點選Analyzes Primer Design Find PCR Primers
Design Sequencing primer 首先先將欲設計Primer 的region圈選出來 再來點選Analyzes Primer Design Sequenceing Primers
分析一 How to analyze your primer ? 在 PCR primer result中按右鍵 選擇 Analyzes
分析二(此方法適用於分析Paired Primer or oligo) 在 PCR primer result中按右鍵 選擇 Add To Oligo List
How to use Align. X ? 到Vector NTI Explorer 點選想要作align的序列資料 然後點選Align. X-Align Selected Molecule
檔 案 名 稱 結 果 區 自行選擇align的個數 點選Align Selected Sequences
在結果區按滑鼠右鍵 選擇 Camera可將美美的結果貼至PPT or Word 選擇Display Setup 可更改Alignment的參數值 選擇Feature Type Color Scheme 可更改結果顏色
選擇 Align 再點選 Show Similarity Tables
How to use Contig Express ? 首先到Vector NTI Explorer 點選Assemble 再點選 Contig. Express-Open New Assemble Project
將核心實驗室E-mail給你的Sequence result file先存至你的電腦 再用 Contig. Express 打開 點選 Project 再點選 add Fragments 再選 From ABI file
檔案類型選擇 All Files 點選 Sequence result files 按下開啟
按滑鼠右鍵 選擇 Open 即可打開你的sequence result file
Sequence result 可搜尋無法辨別之處 可直接在結果上搜尋序列 Signal of sequence result
按滑鼠右鍵 選擇 Copy 再到 Vector NTI Explorer Paste
點選結果按滑鼠右鍵 點選 Make reverse complement 即可得到 Reverse的結果
How to Construct your Map ? 首先將你的Vector Sequence import至Vector NTI explorer(也有內建的Vector, 如果沒有你想要的 自行上網抓取), 再根據Data sheet 對Vector作 Annotation, 並且可同時建立此Vector的Restriction site的 Subbase
再來將你的Primer在 5端加入欲 insert Vector上的Restriction site 用 Edit內的Insert 功能 (要注意必須選擇在你Insert sequence上沒有的Restriction Enzyme)
接著點選圖形上你所 insert的 RE site Ex : 先點選Kpn I再按住 shift 點選Bgl II, 即可 點選整段 insert sequence
First select Second select 接著點選圖形上框框所指之處 add Fragment to Goal List
Second select First select 接著回到 Vector部分 先點選Bgl II再按住Shift在點選Kpn I (要注意點選 RE site的順序要跟Insert sequence的順序相反才可選到空的Vector部分)
即完成一個新的Construct Map 圈選的部分為Insert sequence 可再自行作Annotation
儲存方式一 可點選Save in DNA/RNA Molecule Databases 看下箭頭所指之處可選擇欲儲存的subbase
Thank you for your attention
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