An Integrated Tool of BioinformaticsVector NTI Speaker ShihChieh

An Integrated Tool of Bioinformatics-Vector NTI 成功大學生物資訊中心 Speaker: Shih-Chieh Lin

Why should I use Vector NTI ? • User friendly • Consistent Multi-Interface Pane Interface in All Applications • Easy to understand • Easy to manage • Powerful Illustration Tools for Publication Quality Graphics

What can Vector NTI help you ? • • • Sequence annotation Compare sequence results Help you design primer Verify your original sequence result Map construction

Sequence Annotation

Forward 1 & Reverse 1: amplify Wild type & Variant 1 (113 & 229 bp) Forward 2 & Reverse 2: amplify Wild type & Variant 2 (504 & 162 bp )

Application of Align. X

Map Construction

Introduction • • • How to use Vector NTI How to annotate and analyze your sequence ? Primer design and Oligo analyze Align. X Contig Express How to construct your map

Function of Vector NTI • Bio. Anotator • Align. X • Contig Express • • Blast Search Pub. Med Search Citation Viewer 3 -D Mol

Vector NTI web-resource • http: //www. basic. northwestern. edu/Vector. N TI/Documentation/Vector. NTI/ • http: //www. invitrogen. com/content. cfm? pag eid=10352

打開: 開始 → 程式集→ Infor. Max → Vector NTI Suite 8. 0 →Vector NTI Explorer

如何輸入你有興趣的Sequence file至Vector NTI Database Method One : Copy & Past 滑鼠點選Vector NTI Explorer左上角”Table” 選擇”New” 再點選”Molecule”

按下Molecule之後會出現此畫面輸入Sequence名稱再點選DNA/RNA Molecule

再點選 Edit Sequence

Method Two : Retrieve from NCBI 至NCBI Search選擇Nucleotide 打入欲搜尋之序列名稱點入結果

將網頁下拉至Genomic region, transcripts, and products 點選 NM ID 點選GENEBANK接著按下即可

接著到Vector NTI Explorer點選 Import 選擇 Molecule from Text file 選擇 Gen. Bank 按OK

只要是圖形檔按此鍵預覽列印可將圖形貼至PPT or Word Text pane Add feature Picture pane 圖形 Setup Sequence pane 按了之後執行的功能為該 pane 所有 Molecule Setup Find Sequence 按此鍵後可以移動圖形上文字的部分

How to annotate your sequence ? 1. 首先找到你想要Annotate的區域點選 Edit 再選擇 Find Sequence (記得滑鼠要先點在Sequence區域, Find Sequence此功能才會出現)

再點選 Edit 選擇 New 再選 add Feature To Map 按下左鍵

如何Insert Sequence Ex: 欲insert region 首先先找到你想要Insert的位置選擇 New 再點選 Insert Sequence 按下左鍵

打上欲Insert的sequence 按下OK即可

Predict Restriction Site in your sequence 首先進入Vector NTI Explorer 左上角選擇 Enzymes 此時會list出所有的 RE Enzymes 可以自己建立目前 lab最常用的 vector RE subbase 滑鼠按住左鍵往左拉至subbase內即可

再來點選Vector NTI上的 Analyzes Restriction sites

How to analyze your sequence? 點選 Analyzes Bio. Annoator Analyze Selected Molecule

Primer Design 首先先將欲設計Primer 的region圈選出來再來點選Analyzes Primer Design Find PCR Primers

Design Sequencing primer 首先先將欲設計Primer 的region圈選出來再來點選Analyzes Primer Design Sequenceing Primers

分析一 How to analyze your primer ? 在 PCR primer result中按右鍵選擇 Analyzes

分析二(此方法適用於分析Paired Primer or oligo) 在 PCR primer result中按右鍵選擇 Add To Oligo List

How to use Align. X ? 到Vector NTI Explorer 點選想要作align的序列資料然後點選Align. X-Align Selected Molecule

檔案名稱結果區自行選擇align的個數點選Align Selected Sequences

在結果區按滑鼠右鍵選擇 Camera可將美美的結果貼至PPT or Word 選擇Display Setup 可更改Alignment的參數值選擇Feature Type Color Scheme 可更改結果顏色

選擇 Align 再點選 Show Similarity Tables

How to use Contig Express ? 首先到Vector NTI Explorer 點選Assemble 再點選 Contig. Express-Open New Assemble Project

將核心實驗室E-mail給你的Sequence result file先存至你的電腦再用 Contig. Express 打開點選 Project 再點選 add Fragments 再選 From ABI file

檔案類型選擇 All Files 點選 Sequence result files 按下開啟

按滑鼠右鍵選擇 Open 即可打開你的sequence result file

Sequence result 可搜尋無法辨別之處可直接在結果上搜尋序列 Signal of sequence result

按滑鼠右鍵選擇 Copy 再到 Vector NTI Explorer Paste

點選結果按滑鼠右鍵點選 Make reverse complement 即可得到 Reverse的結果

How to Construct your Map ? 首先將你的Vector Sequence import至Vector NTI explorer(也有內建的Vector, 如果沒有你想要的自行上網抓取), 再根據Data sheet 對Vector作 Annotation, 並且可同時建立此Vector的Restriction site的 Subbase