Aminokyseliny a blkoviny Peptidov vazba Aminokyselina Peptidov vazba

Aminokyseliny a bílkoviny

Peptidová vazba Aminokyselina Peptidová vazba

Peptidová vazba

Peptidová vazba spojuje aminokyseliny do řetězců bílkovin

Aminokyseliny se kladně nabitým polárním postranním řetězcem (se zásaditým postranním řetězcem; zásaditým = tj. vážícím vodíkové ionty)

Aminokyseliny se záporně nabitým polárním postranním řetězcem (s kyselým postranním řetězcem)

Aminokyseliny s nenabitým polárním postranním řetězcem

Aminokyseliny s nepolárním postranním řetězcem

Polární a nepolární postranní řetězce kolem peptidové páteře bílkovin

Iontové, vodíkové a van der Waalsovy vazby určují 3 D strukturu bílkoviny

Ve vodném prostředí polární postranní řetězce bílkoviny vytvářejí vodíkové můstky s vodou, nepolární (hydrofóbní) postranní řetězce jsou uvnitř „sbalené“ bílkoviny

Priony Jedna molekula bílkoviny může přiblížení ovlivnit prostorové uspořádání druhé molekuly. Příkladem kdy to může vést k patologickým důsledkům jsou priony.

Jednou z typických 3 D struktur v bílkovinách jsou šroubovnicové struktury: tzv. alfa-šroubovnice Alfa. helix Animace: 5, 54 MB

Druhou z typických 3 D struktur v bílkovinách jsou skládané páskové struktury: tzv. beta-pásky Beta –skládaný list Animace: 3, 83 MB

Kostrový model 3 D uspořádání

Stužkový model znázornění 3 D uspořádání

Drátový model znázornění 3 D uspořádání

3 D struktura bílkovin spolu s jejich vzájemnou interakcí umožňuje realizaci nejrůznějších funkcí („nanostroje“) Animace: 0, 98 MB Struktura bílkovin v proteinové databázi Animace: 7, 42 MB Tzv. kalotový (kuličkový) model znázornění 3 D uspořádání

Figure 2 -9 (1 of 6)

Figure 2 -9 (2 of 6)

Proteiny

Protein Interactions • Soluble and insoluble • Binding – Selectivity – Specificity – Affinity

Selective Binding: Induced-Fit Model The induced-fit model of protein-ligand binding Figure 2 -16

Factors that Affect Affinity • Isoforms • Activation – Cofactors – Lysis Figure 2 -18

Modulators Alter Binding or Activity

Competitive Inhibition Figure 2 -19

Allosteric Modulation Figure 2 -20 a

Allosteric Modulation Figure 2 -20 b

Physical Regulators • • Temperature p. H Concentration of protein Concentration of ligand

Summary • • • Atoms in review Four types of chemical bonds Four kinds of biomolecules Aqueous solutions and p. H Proteins in focus Vodíkové ionty