A universal method for automated gene mapping Peder

A universal method for automated gene mapping Peder Zipperlen, Knud Nairz, Ivo Rimann, Konrad Basler, Ernst Hafen, Michael Hengartner and Alex Hajnal Genome Biology 2005, 6: R 19 Bioinformatika Szakirodalmi Tanulmányok 2005 Csörgő Bálint

Szekvencia polimorfizmusok alkalmazása a genotipizálásban SNP (single-nucleotide polymorphism) detektálás -SNP-t átfedő PCR amplifikátum szekvenálása -5’ nukleáz próba -DHPLC (denaturing high-performance liquid chromatography) -RFLP (restriction fragment length polymorphism) -Primer-extenzió alapú módszerek -DNS chip technológia STR (short tandem repeat) detektálás -fragmens hossz különbségek detektálása In. Del (small insertions and deletions) detektálás -FLP (fragment length polymorphism)

Az FLP nehézségei

C. elegans és Drosophila FLP térképei

Mire jó a térkép? (Proof of principle kísérletek) 3 jól leírt mutációnak a térképezése: -let-23(sy 1): vulva nélküli fenotípus -rol-1(e 91): testtengely körüli forgás -unc-52(e 444): bénulást okozó mutáció

FLP alkalmazása ismeretlen pozíciójú mutáció térképezésére I.

FLP alkalmazása ismeretlen pozíciójú mutáció térképezésére II.

Összefoglalás FLP térképezéssel napok alatt térképezhető ~200 lehetséges génre egy ismeretlen mutáció; a módszer nagy része automatizálható

Köszönöm a figyelmet!