A GENETIKA S A GENETIKAI EPIDEMIOLGIA ALAPFOGALMAI ORVOSI
- Slides: 39
A GENETIKA ÉS A GENETIKAI EPIDEMIOLÓGIA ALAPFOGALMAI, ORVOSI CIKKEK OLVASÁSA ÉS ÍRÁSA Dr Füst György
VIZSGA 1. Számítógépes feladat, az eredmények beírása a vizsgalapba, eredmény értelmezése 2. Feladatlap néhány eldöntendő kérdéssel, ill. egyszerűbb számítással 3. Szóbeli vizsga, 1 előadás=1 tétel 2010 június 23, csütörtök, 16. 30 2010 július 7 csütörtök 16. 30 NET, számítógépes terem
GÉNEK, STB • • Genom Kromoszóma Gén Allél (génvariáns), homozigóta, heterozigóta • Haplotípus • Kiterjesztett haplotípus • Mendel szabályok, domináns, recesszív öröklődés
Az allél-gyakoriság kiszámítása • Az egészséges izlandi populációban vizsgáltuk a Hsp-70 -2 A>G génpolimorfizmus két alléljének gyakoriságát. AA homozigóta: 50 (54. 9%), AG heterozygota: 28 (30. 8%), GG homozygota: 13 (14. 3%). Mennyi a G allél gyakorisága a vizsgált 91 emberben? . A 91 embernek összesen 182 hsp 70 -2 allélja van. Ezekből 13 x 2 + 28 = 26+28 = 54 a G allél. Gyakorisága: 54/182= 0. 297 (0. 30). Az A allél gyakorisága = 1 - 0, 297 = 0. 703 (0, 70).
A Hardy-Weinberg egyensúly • Egy ideális populációban minden egyed azonos valószínűséggel párosodhat bármely más egyeddel (pánmixis). Mivel az egyedek párválasztásának modellünkben nincs hatása a következő nemzedék allélgyakoriságára, az allélgyakoriság kizárólag a gamétákban lévő allélek gyakoriságától függ. (A szemléletesség kedvéért elképzelhetünk egy óriási tavat, amelyben nagyon sok hal él. A nőstények és hímek párzáskor a vízbe eresztik ivarsejtjeiket, amelyek eredetüktől függetlenül, véletlenszerűen egyesülnek. )
A Hardy-Weinberg egyensúly (folyt. ) • Vizsgáljuk egyetlen lokusz két alléljának (A és a) gyakoriságát két egymást követő generációban. Az első generációban legyen A allél relatív gyakorisága p(A), a allélé pedig q(a). A két relatív gyakoriság összege 1, tehát p = 1 - q. Egy gaméta vagy az egyik, vagy a másik allélt hordozza, így az A allélt hordozó gaméták gyakorisága p, az a allélt hordozó gaméták gyakorisága q. Milyen arányban lesz jelen A és a allél a következő generáció gamétáiban? • AA genotípusú zigóta akkor jön létre, ha két A allélt hordozó gaméta találkozik. Két A allélt hordozó gaméta találkozásának valószínűsége p x p= p 2. Ugyanígy, aa genotípusú zigóták q 2 valószínűséggel keletkeznek. Aa genotípusú egyedek kétféleképpen jöhetnek létre: egyrészt úgy, hogy A allélt hordozó hímivarsejt találkozik a allélt hordozó petesejttel, aminek valószínűsége p x q, illetve úgy, hogy a allélt hordozó hímivarsejt találkozik A allélt hordozó petesejttel, aminek valószínűsége q x p. A két valószínűség összege 2 pq.
A Hardy-Weinberg egyensúly (folyt. ) • Az egyes genotípusok létrejöttének valószínűsége és így arányuk a populációban a következőképpen várható: • p 2 AA + 2 pq. Aa + q 2 aa = 1. (1) • azaz • (p + q)2 = 1
A Hardy-Weinberg egyensúly (folyt. ) • Ideális populációban az utódnemzedékben az allélek gyakorisága azonos a szülői nemzedék allélgyakoriságával. Az allélgyakoriságok állandóságának tételét egymástól függetlenül két kutató bizonyította, nevük után az összefüggést Hardy-Weinberg aránynak, vagy Hardy-Weinberg egyensúlynak nevezik.
Megfelelnek-e az izlandi populációban talált allélgyakoriságok a Hardy-Weinberg egyensúlynak? • Az A ill G allél gyakorisága (p, ill q): 0, 70, ill. 0, 30. Ha a H-W egyensúly fennáll, akkor az AA homozigoták p 2, azaz 0, 702=0. 49 arányban kellene lenniük 0. 49 x 91=44, 59, azaz 45 ember kell, hogy AA homozigota legyen. A kapott érték: 50. A heterozígoták várt száma: 2 pq, azaz 2 x 0, 7 x 0, 3=0. 42 x 91= 38, 22=38. A kapott gyakoriság: 28. A GG homozigótákra vonatkozó várt és kapott gyakoriság: 8 ill. 13. Fennáll-e HW egyensúly? Számítás khi-négyzet próbával
AA AG GG Várt 45, 38, 8, Kapott 50, 28, 13, WEB: http: //ihg. gsf. de/cgi-bin/hw/hwa 1. pl Chi-square, df 2. 969, 2 P value 0, 2266 P value summary ns One- or two-sided NA Statistically significant? (alpha<0. 05) No
A kapcsoltsági egyensúly (linkage disequilibrium, LD) • Két (vagy több) lokusz együttes vizsgálatakor az első kérdés az, hogy az egyik lokuszon vett genotípus korrelál -e a másikon vett genotípussal: pl. az A 1 A 1 egyedek között gyakoribb-e a B 1 B 1 genotípus, mint mondjuk az A 2 A 2 egyedek között, vagy az A 1 allélt hordozó gaméták gyakrabban hordoznak B 1 allélt, mint az A 2 gaméták. Ha nincs ilyen korreláció a lokuszok között, akkor azt mondjuk, hogy a lokuszok kapcsoltsági egyensúlyban vannak. Ilyenkor egy gaméta p. A valószínűséggel hordoz A 1 allélt, és ettől függetlenül p. B valószínűséggel rendelkezik B 1 alléllel: az A 1 B 1 gaméták gyakorisága tehát p. Ap. B. Ha a lokuszok nincsenek kapcsoltsági egyensúlyban, akkor az A 1 gaméták gyakrabban (vagy ritkábban) hordoznak B 1 allélt, az A 1 B 1 gaméták gyakorisága eltér a p. Ap. B szorzattól. A kapcsoltsági egyensúlytól való eltérés mértéke az ún. linkage disequilibrium (D), melyet úgy számítunk ki, hogy az A 1 B 1 gaméták tényleges gyakoriságából levonjuk a p. Ap. B szorzatot.
LD (folyt. ) • Véletlenszerűen párosodó populációkban a linkage disequilibrium a rekombináció révén fokozatosan csökken. Ha pl. egy A 1 B 2 kromoszóma rekombináción megy át, akkor az A 1 allél mellé p. B valószínűséggel kerül B 1 allél a homológ kromoszómáról, így az A 1 B 1 kromoszómák gyakorisága közelít p. Ap. B-hez. Ha a két lokusz szorosan kapcsolt, akkor ritkán történik közöttük rekombináció és a linkage disequilibrium sokáig fennmarad. Még különböző kromoszómákon található lokuszok esetén is csak 50% a rekombináns gaméták gyakorisága, ezért független lokuszoknál D minden generációban feleződik.
LD (folyt. ) • Kapcsoltsági egyensúlytól való eltérést okozhatja szelekció (ha bizonyos allélkombinációk kedvezőek a szelekció során), genetikai sodródás vagy nem véletlenszerű párosodás. Az is lehetséges azonban, hogy a linkage disequilibriumhoz vezető ok már megszűnt, csak nem volt még elég idő a kapcsoltsági egyensúly beállásához. Tartósan megmaradó linkage disequilibrium a rekombináció akadályozottságára utalhat: pl. kromoszómainverziók akadályozzák meg, hogy a rekombináció szétzilálja a koadaptált génkomplexeket ("szupergének"). A kromoszómán fizikailag közel levő lokuszok között gyorsan beálló kapcsoltsági egyensúly arra vall, hogy a két lokusz között nagy rekombinációs gyakoriságot mutató "forró pont" található.
LD a Hsp 70 -2 -1267 G és a TNF 2 allélok között (MHC, extended haplotypes) az izlandi populációban • hsp 70 -2 AA AG GG • TNF 2 nincs 45 20 9 • TNF 2 van 5 8 4
LD számítás: khi-négyzet próba vagy speciális (pl. Arlequin) szoftverek
Chi-square, df 5. 534, 2 P value 0, 0629 P value summary ns One- or two-sided NA Statistically significant? (alpha<0. 05) No
Gyakorló feladat: fennáll-e LD ugyanezen két allél között a magyar populációban? • hsp 70 -2 AA • TNF 2 nincs 40 • TNF 2 van 8 AG GG 34 10 25 10 • A khi-négyzet próba P értéke: • LD fennáll: igen - nem
Gyakorló feladat: fennáll-e LD ugyanezen két allél között a magyar populációban? • hsp 70 -2 AA • TNF 2 nincs 40 • TNF 2 van 8 AG GG 34 10 25 10 • A khi-négyzet próba P értéke: p=0. 0051 • LD fennáll: igen - nem
Kiterjesztett (extended) haplotípus
HAPLOTÍPUS HLA-A HLA-B HLA-C RAGE 429 (C>T ) HSP 70 – 21267 (A>G ) LTA -257 (G>A ) HLA-DQ HLA-DR 1 a 24 8 7 T G A 2 3 2 c 1 8 7 C A A 2 3 3 b 26 39 4 5 16 5 c 2 49 7 6 c 24 7 9 b 1 8 16 b 1 16 c C A G 7 11 C G A 5 7 7 T G A 2 3 8 7 C G G 5 16 3 8 7 T G G 2 3 18 d 1 8 7 T G A 2 3 22 b 1 8 T G G 2 3 23 d 3 8 7 T G G 2 3 25 b 29 44 2 C G A 2 3 25 d 1 8 T A G 2 3
III. RÉSZ. HOGYAN OLVASSUNK ÉS ÍRJUNK ORVOSI CIKKEKET? Az olvasás egyik célja egy adott témáról való általános tájékozódás. Erre a legcélszerűbb az összefoglaló tanulmányokat elolvasni, mert az élet rövid és mert, ezeket a tanulmányokat olyanok írják akik nagyon értenek a témához és ezért már az összefoglalt dolgozatokat is kritikusan olvassák. Azoknak a témák esetében, amely az olvasót közelebbről érintik (egy az orvos által elôször diagnosztizált betegség, új gyógyszer, szűkebb kutatási téma) az olvasó feladata a cikkek kritikai értékelése (ennek hiszek, ennek nem). Ilyenkor arra is törekszünk, hogy a legújabb cikkeket is megismerjük.
A kritikai szemlélet a cikk minden részére ki kell terjedjen. A cikkírásnál elkövetett leggyakoribb hibák a következők (minél rangosabb egy folyóirat, annál ritkábbak benne a hibák, de azért benne maradhatnak (pl. egy 9 -es impakt faktorú folyóiratban azt közölték, hogy egy bizonyos immunológiai marker magas értékei esetében a halálozás valószínűsége nagyobb, mint az alacsony értékek esetében, csak azt “felejtették el” megírni, hogy a vizsgált egyének miben haltak meg)
A cikk fő részei: • 1. Strukturált összefoglaló • 2. Bevezetés • 3. Anyagok és módszerek (vizsgált egyének) • 4. Eredmények (alcímekkel!) • 5. Megbeszélés, célja? • 6. Köszönetnyilvánítás • 7. Irodalomjegyzék • 8. Táblázatok • 9. Ábramagyarázat 10. Ábrák • HOGYAN KEZDJÜNK CIKKET ÍRNI? ? ?
A három legfontosabb kritikai kérdés: • 1. Jól volt-e a vizsgálat megtervezve, értékelve és végrehajtva? • 2. Ha igen, a kapott eredmények fontosak-e tudományos szempontból, adatak-e új információt • 3. Ha a különbségek statisztikailag szignifikánsak, szignifikánsak-e tudományos szempontból is. Ha nem, elég beteget (kontrollt) vontak-e be a vizsgálatba?
A típusú hiba • A cikkben (általában a bevezetés utolsó mondatai tartalmazzák ezt) a szerzők nem írják meg, hogy miért végezték el a vizsgálatot. E mögött gyakran az áll, hogy a szerzők nem is tudták elôre, hogy miért hajtották ezt végre. A kiindulópont ekkor: végezzük el a vizsgálatot, gyűjtsünk minél több adatot (ha lehet olyat, amelyet mások még nem néztek) és nézzük meg, hogy van-e ezek között összefüggés. (HALÁSZ-KIRÁNDULÁS). Van, amikor utólag, a véletlenszerűen kapott adatok ismeretében utólag kreálnak célkitűzéseket a vizsgálatnak.
Megjegyzés • Ha a halászkirándulás végén a halakat megfelelôen szortírozzák és becsületesen bevallják, hogy ilyen kirándulásra indultak, akkor az ilyen típusú vizsgálat is hozhat új eredményt, születhet belôle új hipotézis. A baj csak az, ha ezeket a véletlenszerűen kijött összefüggéseket sem a szerzôk, sem mások nem igyekeznek reprodukálni. Ha neves szerzôk közölnek ilyen eredményeket, akkor sokszor ellenôrzés nélkül ezek az eredmények még tankönyvi adatokká is válhatnak.
B típusú hiba: mintakiválasztás. Torzítások I • Prevalencia vagy incidencia torzulás: egy adott faktor hatását vizsgálják egy betegségre, a hatást azonban nem a diagnózis felállítása után azonnal, hanem késôbb vizsgálják. Közben azonban a legsúlyosabb esetek meghaltak. Lehetséges, hogy a halálozásban éppen ez a faktor játszott szerepet. Nagy korai letalitású betegségek esetében néhány nap késés is számíthat.
10 évig tartó prospektív vizsgálat, 10 éves követés után értékelve Hypertónia Él, CVB a vizsgálat kezdetén igen 50 (5%) Exit, stroke Él, nincs CVB-je nem 20 (2%) 80 (8%) 250 (25%) 700 (70%) 900 (90%)
Ugyanaz a vizsgálat végén történő mintakiválasztásssal Betegcsoport A betegek száma a vizsgálat végén CVB igen CVB nem Hypertoniás 50 (6. 7%) 700 Nem hypertoniás 80 (8. 2%) 900
Torzítások II • A kórházi felvételből adódó torzulás. Ha kórházban kezelt betegek esetében egy rizikófaktor hatását vizsgáljuk, de azokat a betegeket, akiknél a rizikófaktor fennáll, gyakrabban veszik fel kórházba, mint azokat, akiknél ez nem áll fenn.
Torzítások III • A csoportba sorolásból adódó torzulás. Pl. paradox megfigyelés: a veszélyes munkahelyeken dolgozók egészségi állapota jobb, mint a veszélytelen munkahelyeken dolgozóké. Miért? Az veszélyes munkahelyre csak az egészséges embereket veszik fel, a többi esetében ezt nem veszik figyelembe
Torzítások IV • Az eljárásra való kiválasztás torzulása. Ez akkor állhat fenn, ha az adott kezelésre a betegek egy csoportját (pl. súlyosabb betegeket) nagyobb gyakorisággal választják ki, mint a kontrollcsoportba. Ez elsősorban akkor fordul elő, ha nem történik randomizálás
ELLENŐRZŐ KÉRDÉSEK (checklist) Strukturált összefoglaló • · a vizsgálat célja fontos-e és érdemes-e • • tanulmányozni? · A vizsgálat célja különbség vagy összefüggés meghatározása-e, pontosan tudható-e ez a cikkből? · Mi a vizsgálat kimenetelének a fő mérési kritériuma (outcome)? Ez folyamatos vagy kategórikus változó-e? · A vizsgált betegek olyanok-e, akik az olvasó praxisában is előfordulnak? Ha a különbségek statisztikailag szignifikánsak, jelentősek-e klinikailag?
ELLENŐRZŐ KÉRDÉSEK (checklist) Bevezetés • · Ha nincs strukturált összefoglaló, a fenti információk itt kell szerepeljenek + Eddig milyen vizsgálatok történtek a vizsgált témával kapcsolatban és ezeknek mi volt az eredménye? Várható-e, hogy a cikk új információkat ad-e?
ELLENŐRZŐ KÉRDÉSEK (checklist) Módszerek • · A vizsgálat tervezése megfelel-e a célnak? • · A vizsgálati periódus elég hosszú-e és nem túl hosszúe? • · Világosan le vannak-e írva a vizsgálatba beválogatás és a kizárás kritériumai? Ettől függ, hogy a konklúziók általánosíthatók-e • · A mérési módszerek ismertek-e, megfelelő referenciák szerepelnek-e, ha új a módszer, jól, reprodukálhatóan vane leírva? • · A használt statisztikai módszerek le vannak-e írva és megfelelőek-e • · Le van-e írva, hogy hány beteg volt szükséges a kívánt hatás-mérték (effect size) eléréséhez?
ELLENŐRZŐ KÉRDÉSEK (checklist) Eredmények I • · A leírt megfigyelések a feltett kérdésekre adott válaszoknak tekinthetőke? • · Az eredmények prezentálása (átlag, S. D. S. E. M. , medián, stb) fel van-e tüntetve és a táblázatból tudjuk-e hogy mi micsoda • · Nincs-e túl sok p érték (minden 20. összehasonlításnál véletlenszerűen is p<0. 05) •
ELLENŐRZŐ KÉRDÉSEK (checklist) Eredmények II • Az összehasonlítandó csoportok alapértékei azonosak-e? Ha nem, akkor ezt a szerzők figyelembe vették-e (egyáltalán leírják-e? ) és ha igen, hogyan tudták a confounding variables hatását kiküszöbölni? • · Az ábrák és táblázatok egymagukban is érthetőek-e? • Ha a cikk egy diagnosztikai eljárásról szól, akkor ennek specificitása és érzékenysége le van-e írva. Ha a szerzők megadják az eljárás prediktív értékét, beszámították-e ebbe a vizsgált betegség prevalenciáját?
ELLENŐRZŐ KÉRDÉSEK (checklist) 1 Megbeszélés • · A feltett kérdések és leírt megfigyelések megfelelően diszkutálva vannak-e? • · A levont következtetések a kapott eredményeken alapulnak-e? A következtetések nem túl általánosak-e? • · A fontos idevonatkozó irodalom meg van-e említve és a saját eredményeit szerzők ezekkel összevetették-e? • · A vizsgálat limitációit, esetleges hibáit, torzításait megtárgyalják-e a szerzők?
VIZSGA 1. Számítógépes feladat, az eredmények beírása a vizsgalapba, eredmény értelmezése 2. Feladatlap néhány eldöntendő kérdéssel, ill. egyszerűbb számítással 3. Szóbeli vizsga, 1 előadás=1 tétel 2010 június 23, csütörtök, 16. 30 2010 július 7 csütörtök 16. 30 NET, számítógépes terem
- Gimnasztika eredete
- Speciális keringés fokozó gyakorlatok rajzírással
- Genetikai mérnökség
- Genetika alapfogalmak
- Orvosi etika alapelvei
- Multimed csikszereda
- Orvosi nyelv
- Doktori fokozatok sorrendje
- Orvosi diploma honositasa magyarorszagon
- Genetika
- Definisi algoritma genetika
- Daltonizam genetika
- Genetika
- Rodoslovno stablo genetika
- Genetika
- Pengertian algoritma genetika
- Genetika
- Mendelov zakon
- Genetika
- Didaktické zásady příklady
- Genetika je nauka o
- Genetika příklady
- Mendeli genetika
- Genetika terapan
- Multipli alelizam
- Genetika je nauka o
- Inbriding genetika
- Gaméták tisztaságának törvénye
- Kodominantzia
- Seratus rasa ptc
- Flowchart percabangan 2 kondisi
- Polymorfizmus genetika